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- PDB-6m7z: A divergent kinase lacking the glycine-rich loop regulates membra... -

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基本情報

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m7z

タイトル

A divergent kinase lacking the glycine-rich loop regulates membrane ultrastructure of the Toxoplasma parasitophorous vacuole

要素

Bradyzoite pseudokinase 1

キーワード

TRANSFERASE / kinase / atypical / SIGNALING PROTEIN

機能・相同性

cyst wall / protein kinase activity / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / extracellular space / ATP binding / Bradyzoite pseudokinase 1

機能・相同性情報

生物種

Toxoplasma gondii (トキソプラズマ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Beraki, T. / Borek, D.M. / Reese, M.L.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2019
タイトル: Divergent kinase regulates membrane ultrastructure of theToxoplasmaparasitophorous vacuole.
著者: Beraki, T. / Hu, X. / Broncel, M. / Young, J.C. / O'Shaughnessy, W.J. / Borek, D. / Treeck, M. / Reese, M.L.

履歴

登録	2018年8月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年3月20日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2019年4月10日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロードとリンク

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m7z.cif.gz	640.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m7z.ent.gz	535.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m7z.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6m7z_validation.pdf.gz	490.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6m7z_full_validation.pdf.gz	502.5 KB	表示
XML形式データ	6m7z_validation.xml.gz	57.1 KB	表示
CIF形式データ	6m7z_validation.cif.gz	79.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7z ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/6m7z	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	4ycy-d 3mwg-1 4lap-d 4y3s-d 4rj7-d 5is4-d 5r36-d 5r26-d 5hyh-d 4lhh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

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集合体

登録構造単位

A: Bradyzoite pseudokinase 1

B: Bradyzoite pseudokinase 1

C: Bradyzoite pseudokinase 1

D: Bradyzoite pseudokinase 1

E: Bradyzoite pseudokinase 1

F: Bradyzoite pseudokinase 1

ヘテロ分子

217 kDa, 6 ポリマー
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A: Bradyzoite pseudokinase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: software-determined (PISA v1.52)
36.1 kDa, 1 ポリマー
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B: Bradyzoite pseudokinase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.2 kDa, 1 ポリマー
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C: Bradyzoite pseudokinase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.3 kDa, 1 ポリマー
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D: Bradyzoite pseudokinase 1

ソフトウェアが定義した集合体
35.9 kDa, 1 ポリマー
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E: Bradyzoite pseudokinase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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F: Bradyzoite pseudokinase 1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
36.1 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	171.466, 123.068, 86.615
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	68 - 371	10 - 313
2	1	ALA	ALA	ARG	ARG	B	B	68 - 371	10 - 313
1	2	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	68 - 372	10 - 314
2	2	ALA	ALA	TYR	TYR	C	C	68 - 372	10 - 314
1	3	THR	THR	TYR	TYR	A	A	71 - 372	13 - 314
2	3	THR	THR	TYR	TYR	D	D	71 - 372	13 - 314
1	4	ALA	ALA	ARG	ARG	A	A	68 - 371	10 - 313
2	4	ALA	ALA	ARG	ARG	E	E	68 - 371	10 - 313
1	5	ALA	ALA	TYR	TYR	A	A	68 - 372	10 - 314
2	5	ALA	ALA	TYR	TYR	F	F	68 - 372	10 - 314
1	6	PRO	PRO	ARG	ARG	B	B	66 - 371	8 - 313
2	6	PRO	PRO	ARG	ARG	C	C	66 - 371	8 - 313
1	7	THR	THR	ARG	ARG	B	B	71 - 371	13 - 313
2	7	THR	THR	ARG	ARG	D	D	71 - 371	13 - 313
1	8	ILE	ILE	ARG	ARG	B	B	65 - 371	7 - 313
2	8	ILE	ILE	ARG	ARG	E	E	65 - 371	7 - 313
1	9	ILE	ILE	ARG	ARG	B	B	65 - 371	7 - 313
2	9	ILE	ILE	ARG	ARG	F	F	65 - 371	7 - 313
1	10	THR	THR	TYR	TYR	C	C	71 - 372	13 - 314
2	10	THR	THR	TYR	TYR	D	D	71 - 372	13 - 314
1	11	PRO	PRO	TYR	TYR	C	C	66 - 372	8 - 314
2	11	PRO	PRO	TYR	TYR	E	E	66 - 372	8 - 314
1	12	PRO	PRO	TYR	TYR	C	C	66 - 372	8 - 314
2	12	PRO	PRO	TYR	TYR	F	F	66 - 372	8 - 314
1	13	THR	THR	TYR	TYR	D	D	71 - 372	13 - 314
2	13	THR	THR	TYR	TYR	E	E	71 - 372	13 - 314
1	14	THR	THR	TYR	TYR	D	D	71 - 372	13 - 314
2	14	THR	THR	TYR	TYR	F	F	71 - 372	13 - 314
1	15	ILE	ILE	TYR	TYR	E	E	65 - 372	7 - 314
2	15	ILE	ILE	TYR	TYR	F	F	65 - 372	7 - 314

NCSアンサンブル:

ID
1
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5
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15

詳細

THE AUTHOR STATES THAT THE BIOLOGICAL UNIT OF THIS PROTEIN IS UNKNOWN.

-
要素

#1: タンパク質	Bradyzoite pseudokinase 1 / BPK1 分子量: 35939.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Toxoplasma gondii (トキソプラズマ) 株: RH / 遺伝子: BPK1 / プラスミド: pGEX4T / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21/Rosetta2 / 参照: UniProt: A0A452CSY6*PLUS, EC: 2.7.99.1
#2: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 381 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験情報

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 41.95 % / Mosaicity: 0.569 °
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.4 / 詳細: 0.2M Proline, 0.1M HEPES 7.4, 10% PEG-3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 1.038 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.038 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 64181 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8 % / R_merge(I) obs: 0.088 / R_pim(I) all: 0.034 / R_rim(I) all: 0.095 / Χ²: 1.003 / Net I/σ(I): 9.5 / Num. measured all: 512518

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.5-2.54	7.3	0.855	3158	0.761	0.345	0.925	0.788	99.8
2.54-2.59	7.6	0.738	3141	0.803	0.294	0.796	0.762	99.7
2.59-2.64	7.8	0.68	3182	0.852	0.266	0.731	0.774	100
2.64-2.69	7.9	0.645	3161	0.827	0.25	0.693	0.855	100
2.69-2.75	8.1	0.544	3156	0.926	0.207	0.583	0.788	100
2.75-2.82	8.2	0.461	3207	0.939	0.175	0.493	0.802	100
2.82-2.89	8.2	0.378	3176	0.955	0.143	0.404	0.805	100
2.89-2.96	8.2	0.308	3170	0.965	0.116	0.329	0.812	100
2.96-3.05	8.2	0.266	3164	0.977	0.1	0.284	0.831	100
3.05-3.15	8.2	0.188	3198	0.987	0.071	0.201	0.843	100
3.15-3.26	8.2	0.147	3191	0.991	0.055	0.157	0.9	100
3.26-3.39	8.2	0.118	3176	0.994	0.044	0.126	0.964	100
3.39-3.55	8.2	0.105	3200	0.992	0.04	0.112	1.136	100
3.55-3.73	8.2	0.091	3223	0.994	0.034	0.097	1.314	100
3.73-3.97	8.1	0.08	3207	0.995	0.03	0.085	1.405	100
3.97-4.27	8.1	0.071	3231	0.996	0.026	0.076	1.427	100
4.27-4.7	8	0.069	3238	0.996	0.026	0.073	1.559	100
4.7-5.38	7.9	0.064	3268	0.996	0.024	0.068	1.386	100
5.38-6.78	7.7	0.05	3303	0.997	0.019	0.053	0.873	100
6.78-50	7.4	0.046	3431	0.997	0.018	0.049	0.956	99

-
位相決定

位相決定	手法: 多波長異常分散

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SHELXDE		位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.5→47.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 17.847 / SU ML: 0.201 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.93 / ESU R Free: 0.302 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23877	2987	5.1 %	RANDOM
R_work	0.19721	-	-	-
obs	0.1993	58472	90.9 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 43.39 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.94 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.47 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.5→47.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12413	0	67	381	12861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.014	12717
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	11920
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.244	1.655	17185
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.852	1.63	27958
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.374	5	1545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.512	21.153	659
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.362	15	2268
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.996	15	108
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.064	0.2	1590
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	13941
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2159
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.079	1.599	6240
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.079	1.598	6239
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.15	2.369	7759
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.15	2.369	7760
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.359	2.149	6477
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	5.358	2.149	6477
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.707	2.984	9425
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.305	19.181	13558
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.311	19.081	13504
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	7726	0.09
1	2	B	7726	0.09
2	1	A	7932	0.09
2	2	C	7932	0.09
3	1	A	7783	0.09
3	2	D	7783	0.09
4	1	A	7970	0.08
4	2	E	7970	0.08
5	1	A	7826	0.08
5	2	F	7826	0.08
6	1	B	7739	0.09
6	2	C	7739	0.09
7	1	B	7521	0.1
7	2	D	7521	0.1
8	1	B	7818	0.08
8	2	E	7818	0.08
9	1	B	7735	0.09
9	2	F	7735	0.09
10	1	C	7771	0.09
10	2	D	7771	0.09
11	1	C	7928	0.09
11	2	E	7928	0.09
12	1	C	7811	0.1
12	2	F	7811	0.1
13	1	D	7742	0.09
13	2	E	7742	0.09
14	1	D	7721	0.09
14	2	F	7721	0.09
15	1	E	7892	0.09
15	2	F	7892	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.59 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.289	155	-
R_work	0.238	2824	-
obs	-	4024	63.5 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	8.0742	1.3123	4.3277	0.2324	0.7853	15.8599	-0.5969	-0.5391	0.0164	-0.1526	-0.0371	-0.0021	-0.636	-0.4739	0.6341	0.4527	0.0394	0.0143	0.2668	-0.0019	0.2832	36.0195	51.9959	23.5461
2	3.266	2.6656	1.1684	9.136	-4.1305	4.1689	0.114	0.1395	0.0146	0.4096	-0.1379	-0.0111	-0.2954	0.2287	0.024	0.3196	0.0111	0.0332	0.2281	-0.036	0.2637	40.1648	50.3997	30.1227
3	4.374	-4.4658	4.221	4.6152	-3.9376	9.3166	-0.1379	0.0211	0.4475	0.2141	-0.0464	-0.4081	-0.168	0.1676	0.1843	0.3081	-0.055	0.0749	0.2513	-0.0834	0.2805	45.6644	43.6123	42.4822
4	11.27	-7.0319	1.8618	5.5198	-1.9946	6.9357	-0.0464	0.1773	-0.0393	0.3667	-0.3093	-0.5366	-0.2254	-0.3154	0.3556	0.3489	-0.0929	-0.0776	0.2153	0.0252	0.3435	53.9295	32.2263	39.6943
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6	2.4612	1.7386	-3.6661	6.3616	-3.5051	5.6259	-0.3186	-0.3538	-0.3504	0.3199	-0.3436	-1.0617	0.3533	0.5569	0.6622	0.3208	0.046	-0.0521	0.4044	0.0715	0.1797	45.2528	28.7717	44.6571
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75	X-RAY DIFFRACTION	75	D	286 - 307
76	X-RAY DIFFRACTION	76	D	317 - 327
77	X-RAY DIFFRACTION	77	D	328 - 349
78	X-RAY DIFFRACTION	78	D	350 - 359
79	X-RAY DIFFRACTION	79	D	360 - 368
80	X-RAY DIFFRACTION	80	D	369 - 372
81	X-RAY DIFFRACTION	81	E	64 - 80
82	X-RAY DIFFRACTION	82	E	81 - 87
83	X-RAY DIFFRACTION	83	E	88 - 92
84	X-RAY DIFFRACTION	84	E	93 - 98
85	X-RAY DIFFRACTION	85	E	99 - 105
86	X-RAY DIFFRACTION	86	E	106 - 112
87	X-RAY DIFFRACTION	87	E	113 - 119
88	X-RAY DIFFRACTION	88	E	120 - 146
89	X-RAY DIFFRACTION	89	E	147 - 164
90	X-RAY DIFFRACTION	90	E	165 - 177
91	X-RAY DIFFRACTION	91	E	178 - 195
92	X-RAY DIFFRACTION	92	E	196 - 204
93	X-RAY DIFFRACTION	93	E	205 - 250
94	X-RAY DIFFRACTION	94	E	251 - 286
95	X-RAY DIFFRACTION	95	E	287 - 318
96	X-RAY DIFFRACTION	96	E	319 - 330
97	X-RAY DIFFRACTION	97	E	331 - 345
98	X-RAY DIFFRACTION	98	E	346 - 352
99	X-RAY DIFFRACTION	99	E	353 - 358
100	X-RAY DIFFRACTION	100	E	359 - 372
101	X-RAY DIFFRACTION	101	F	65 - 71
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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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