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- PDB-6m7e: Structure of bovine lactoperoxidase with multiple iodide ions in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m7e
タイトルStructure of bovine lactoperoxidase with multiple iodide ions in the distaline heme cavity.
要素Lactoperoxidase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxide family
機能・相同性
機能・相同性情報


Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding ...Events associated with phagocytolytic activity of PMN cells / thiocyanate peroxidase activity / peroxidase / lactoperoxidase activity / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / antibacterial humoral response / response to oxidative stress / defense response to bacterium / heme binding / calcium ion binding / extracellular space / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Myeloperoxidase, subunit C / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Haem peroxidase, animal-type / Haem peroxidase domain superfamily, animal type / Animal haem peroxidase / Animal heme peroxidase superfamily profile. / Haem peroxidase superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / IODIDE ION / 1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE / THIOCYANATE ION / Lactoperoxidase
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Maurya, A. / Viswanathan, V. / Pandey, N. / Singh, A.K. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of bovine lactoperoxidase with multiple iodide ions in the distaline heme cavity.
著者: Maurya, A. / Viswanathan, V. / Pandey, N. / Singh, A.K. / Sinha, M. / Kaur, P. / Sharma, S. / Singh, T.P.
履歴
登録2020年3月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年4月15日ID: 4GN6
改定 1.02020年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年5月4日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22023年11月29日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lactoperoxidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,98730
ポリマ－67,7731
非ポリマー4,21429
水3,405189
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2300 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area24980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.810, 80.673, 74.442
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.070, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lactoperoxidase / LPO


分子量: 67773.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P80025, peroxidase

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 8種, 214分子

#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: I / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物
ChemComp-SCN / THIOCYANATE ION / チオシアン酸アニオン


分子量: 58.082 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CNS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#9: 化合物 ChemComp-OSM / 1-(OXIDOSULFANYL)METHANAMINE


分子量: 79.122 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH5NOS / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#10: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#11: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 189 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.97 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Ammonium Iodide, PEG 3350, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP,

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データ収集

回折平均測定温度: 81 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2010年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→43.99 Å / Num. obs: 22380 / % possible obs: 93.8 % / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 3.4
反射 シェル解像度: 2.42→2.48 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1766 / Rsym value: 0.314 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0258精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4GN6

4gn6
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.42→43.953 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / WRfactor Rfree: 0.26 / WRfactor Rwork: 0.179 / SU B: 11.362 / SU ML: 0.253 / Average fsc free: 0.872 / Average fsc work: 0.9073 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 1.19 / ESU R Free: 0.332 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2687 1146 5.121 %
Rwork0.1836 21234 -
all0.188 --
obs-22380 94.053 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 57.688 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.257 Å20 Å2-0.1 Å2
2---0.025 Å2-0 Å2
3---0.297 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→43.953 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4771 0 153 189 5113
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0135052
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174578
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4741.6846868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1921.60210644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8145596
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.48621.841277
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.52515826
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.6041538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2630
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr_other0.0670.21
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.025630
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021101
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2110.21182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1940.24572
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1650.22333
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0790.22091
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2310.2187
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0520.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1260.25
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1550.220
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2340.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2330.213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.0316.0752386
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.0326.0722380
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.0979.1022976
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.0869.1072976
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.1746.3742666
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.1736.3742666
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.2679.4443891
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.2679.4443891
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it11.264111.33722977
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other11.257111.36522923
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRfactor allNum. reflection allFsc freeFsc work% reflection obs (%)WRfactor Rwork
2.42-2.4830.432670.26412000.27317600.6960.80271.98860.215
2.483-2.550.32760.23213170.23716900.8250.85182.4260.184
2.55-2.6240.368660.23713920.24316540.7970.85488.14990.188
2.624-2.7040.334590.21314690.21816130.8520.89494.73030.169
2.704-2.7930.335770.20914320.21515550.8570.90197.04180.171
2.793-2.890.306880.19913970.20515080.8550.90598.47480.163
2.89-2.9990.349740.21113790.21814620.8560.89399.38440.184
2.999-3.1210.369660.21713260.22414000.8330.89899.42860.19
3.121-3.2590.299750.21212460.21713320.8670.999.17420.19
3.259-3.4170.29510.19512350.212970.9020.92299.15190.182
3.417-3.6010.305610.18911610.19412370.8830.92898.78740.183
3.601-3.8170.258620.16910590.17411510.9180.94197.39360.165
3.817-4.0790.21510.1559970.15810930.9480.95595.88290.154
4.079-4.4030.224610.149260.14510250.9440.9696.29270.145
4.403-4.8180.238480.1558450.1599410.9460.95694.8990.167
4.818-5.3780.262350.1647970.1698620.9570.95996.51970.18
5.378-6.1950.246400.186910.1847450.9320.94898.12080.199
6.195-7.550.257380.1726120.1786520.9290.94599.69330.193
7.55-10.5230.215320.1614740.1645070.9470.96499.80280.189
10.523-43.9530.199190.2182790.2173050.9450.95497.70490.261

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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