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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6m5p | ||||||
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タイトル | A class C beta-lactamase | ||||||
要素 | Beta-lactamase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / beta-lactamase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / outer membrane-bounded periplasmic space / response to antibiotic / nucleotide binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.25 Å | ||||||
データ登録者 | Bae, D.W. / Jung, Y.E. / Cha, S.S. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020 タイトル: Novel inhibition mechanism of carbapenems on the ACC-1 class C beta-lactamase. 著者: Bae, D.W. / Jung, Y.E. / Jeong, B.G. / Cha, S.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6m5p.cif.gz | 94.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6m5p.ent.gz | 66.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6m5p.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5p ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m5/6m5p | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 40697.316 Da / 分子数: 1 / 変異: Y150F / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: bla-ACC-1, acc-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9XB24, beta-lactamase |
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#2: 化合物 | ChemComp-MER / ( |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.06 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 30% polyethylene glycol 1500, 0.1M sodium cacodylate (pH 5.5), 0.2M sodium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.25→50 Å / Num. obs: 102328 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 31.55 |
反射 シェル | 解像度: 1.25→3.39 Å / Num. unique obs: 4615 / CC1/2: 0.766 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6K8X 解像度: 1.25→34.461 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 /
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原子変位パラメータ | Biso mean: 16.86 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.25→34.461 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.25→1.294 Å
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