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- PDB-6m4k: X-ray crystal structure of wild type alpha-amylase I from Eisenia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m4k
タイトルX-ray crystal structure of wild type alpha-amylase I from Eisenia fetida
要素Alpha-amylase
キーワードHYDROLASE / TIM barrel / GH family 13 / carbohydrase / cold-active
機能・相同性
機能・相同性情報


alpha-amylase / alpha-amylase activity / carbohydrate metabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily ...Alpha-amylase, C-terminal domain / Aamy_C / Alpha-amylase/branching enzyme, C-terminal all beta / Alpha amylase, C-terminal all-beta domain / Alpha amylase / Glycosyl hydrolase, family 13, catalytic domain / Alpha-amylase domain / Glycosyl hydrolase, all-beta / Glycosidases / Glycoside hydrolase superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / alpha-amylase
類似検索 - 構成要素
生物種Eisenia fetida (シマミミズ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Hirano, Y. / Tsukamoto, K. / Ariki, S. / Naka, Y. / Ueda, M. / Tamada, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: X-ray crystallographic structural studies of alpha-amylase I from Eisenia fetida.
著者: Hirano, Y. / Tsukamoto, K. / Ariki, S. / Naka, Y. / Ueda, M. / Tamada, T.
履歴
登録2020年3月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-amylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,59212
ポリマ－58,3501
非ポリマー1,24211
水13,205733
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area170 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area17610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.245, 96.245, 121.980
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Space group name HallP322"
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+2/3
#3: -x+y,-x,z+1/3
#4: x-y,-y,-z+1/3
#5: -x,-x+y,-z+2/3
#6: y,x,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-610-

PG4

21A-894-

HOH

31A-899-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Alpha-amylase


分子量: 58349.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Eisenia fetida (シマミミズ) / 遺伝子: alpha-amylase / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 参照: UniProt: A0A173N065, alpha-amylase

-
非ポリマー , 7種, 744分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.89 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 1.3 M lithium sulfate, 3% (v/v) PEG 400, 0.1 M magnesium chloride, 0.1 M sodium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→49.2203 Å / Num. obs: 160191 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.9 % / Biso Wilson estimate: 16.5515777525 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rrim(I) all: 0.056 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル解像度: 1.3→1.32 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.858 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 7805 / CC1/2: 0.847 / Rrim(I) all: 0.965 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KXQ

1kxq


解像度: 1.3→49.22 Å / SU ML: 0.112884114388 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33016062502 / 位相誤差: 18.9317217916
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.183266623059 8087 5.05090250453 %
Rwork0.167132596014 152023 -
obs0.167933873213 160110 99.9825150807 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.1494242133 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.3→49.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3909 0 73 733 4715
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005450620504894728
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8562660458776469
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0821277962344636
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00624410812954883
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.67290283661712
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.3-1.31480.2691335622642650.2625743908664977X-RAY DIFFRACTION99.9809269502
1.3148-1.33020.2517964574212740.2514493806834993X-RAY DIFFRACTION100
1.3302-1.34650.2705989713792460.2465120264445053X-RAY DIFFRACTION100
1.3465-1.36350.2455350095182830.2385720926145027X-RAY DIFFRACTION100
1.3635-1.38150.2429930834262240.225850919145065X-RAY DIFFRACTION99.9810964083
1.3815-1.40040.2179578063792760.2226747415995020X-RAY DIFFRACTION99.9622499056
1.4004-1.42040.2313508775822600.2197499830865027X-RAY DIFFRACTION99.9810892587
1.4204-1.44160.2313688786642440.2160366644055062X-RAY DIFFRACTION100
1.4416-1.46410.2265491754183020.212823487624991X-RAY DIFFRACTION99.9811106913
1.4641-1.48810.2155590095532850.2015879640395037X-RAY DIFFRACTION99.9812136014
1.4881-1.51380.2089855385333220.1946621252644954X-RAY DIFFRACTION100
1.5138-1.54130.2023831197692920.1944200247555034X-RAY DIFFRACTION100
1.5413-1.5710.2302270259672750.1926982940665056X-RAY DIFFRACTION100
1.571-1.6030.2188785345642590.1889095806865056X-RAY DIFFRACTION100
1.603-1.63790.2038281819172710.1857496120764995X-RAY DIFFRACTION100
1.6379-1.6760.2095184175512830.1835015326835023X-RAY DIFFRACTION99.9811569625
1.676-1.71790.1978905619842830.1839447287195067X-RAY DIFFRACTION99.9813119043
1.7179-1.76440.1931523796712390.1833813718615059X-RAY DIFFRACTION99.9811285148
1.7644-1.81630.2085042075462890.1791023226485041X-RAY DIFFRACTION99.9812417933
1.8163-1.87490.2092742649362830.1762336448925053X-RAY DIFFRACTION99.9812628818
1.8749-1.94190.182137105062680.1651990591785080X-RAY DIFFRACTION100
1.9419-2.01970.1704021811922680.1655453539225065X-RAY DIFFRACTION100
2.0197-2.11160.1883674710832500.16317586615085X-RAY DIFFRACTION100
2.1116-2.22290.1635614640542520.1537251759625125X-RAY DIFFRACTION99.9628183677
2.2229-2.36220.1677954783242600.1545140386595072X-RAY DIFFRACTION99.9812488281
2.3622-2.54460.1653769935832260.1611091505515184X-RAY DIFFRACTION100
2.5446-2.80060.185615269642730.1657668147945099X-RAY DIFFRACTION99.9441860465
2.8006-3.20580.1813160500972890.1620093588745155X-RAY DIFFRACTION100
3.2058-4.03870.1485361283622780.1380916978255179X-RAY DIFFRACTION99.9816782704
4.0387-49.220.1750891430672680.1568250829935389X-RAY DIFFRACTION99.8411577833

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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