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万見
- PDB-6m3m: Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal R... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m3m
タイトルCrystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein N-terminal RNA binding domain
要素Nucleoprotein
キーワードVIRAL PROTEIN / coronavirus / nucleocapsid protein / RNA binding domain / SARS-CoV 2 / NTD
機能・相同性
機能・相同性情報


: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling ...: / response to host immune response / viral RNA genome packaging / negative regulation of interferon-beta production / poly(U) RNA binding / Maturation of nucleoprotein / intracellular membraneless organelle / positive regulation of NLRP3 inflammasome complex assembly / MHC class I protein binding / CD28 dependent PI3K/Akt signaling / SARS-CoV-2 targets host intracellular signalling and regulatory pathways / protein sequestering activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / NOD1/2 Signaling Pathway / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / molecular condensate scaffold activity / MHC class I protein complex / Interleukin-1 signaling / Interferon alpha/beta signaling / RNA stem-loop binding / viral capsid / PIP3 activates AKT signaling / Transcription of SARS-CoV-2 sgRNAs / viral nucleocapsid / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / Translation of Structural Proteins / Virion Assembly and Release / host extracellular space / Induction of Cell-Cell Fusion / Attachment and Entry / host cell perinuclear region of cytoplasm / ribonucleoprotein complex / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / protein homodimerization activity / RNA binding / extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleocapsid protein, betacoronavirus / Nucleocapsid protein, coronavirus / Nucleocapsid protein, C-terminal / Nucleocapsid protein, N-terminal / Nucleocapsid (N) protein, C-terminal domain, coronavirus / Nucleocapsid (N) protein, N-terminal domain, coronavirus / Coronavirus nucleocapsid / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein N-terminal (NTD) domain profile. / Coronavirus nucleocapsid (CoV N) protein C-terminal (CTD) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Chen, S. / Kang, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31770801 中国
引用ジャーナル: Acta Pharm Sin B / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of SARS-CoV-2 nucleocapsid protein RNA binding domain reveals potential unique drug targeting sites.
著者: Kang, S. / Yang, M. / Hong, Z. / Zhang, L. / Huang, Z. / Chen, X. / He, S. / Zhou, Z. / Zhou, Z. / Chen, Q. / Yan, Y. / Zhang, C. / Shan, H. / Chen, S.
履歴
登録2020年3月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Structure summary / カテゴリ: entity / Item: _entity.pdbx_description
改定 1.22020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年9月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42021年2月24日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: citation / entity ...citation / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entry_details / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _citation.country / _entity.pdbx_description ..._citation.country / _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.52023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleoprotein
B: Nucleoprotein
C: Nucleoprotein
D: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,5784
ポリマ－59,5784
非ポリマー00
水2,342130
1
A: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Nucleoprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,8951
ポリマ－14,8951
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)58.888, 92.685, 97.325
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Nucleoprotein / N / Nucleocapsid protein / Protein N


分子量: 14894.591 Da / 分子数: 4 / 断片: N-terminal RNA binding domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DTC9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.35 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20 mM sodium acetate, 100 mM sodium cacodylate (pH 6.5), 26 % PEG 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: OXFORD RUBY CCD / 検出器: CCD / 日付: 2020年2月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→20.92 Å / Num. obs: 15133 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 33.94 Å2 / CC1/2: 0.99 / CC star: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.1043 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.1135 / Net I/σ(I): 14.97
反射 シェル解像度: 2.7→2.796 Å / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.3172 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1481 / CC1/2: 0.96 / CC star: 0.99 / Rpim(I) all: 0.1303 / Rrim(I) all: 0.3436 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrysalisProデータ収集
CrysalisProデータ削減
CrysalisProデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXphenix.refine精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2OG3

2og3


解像度: 2.7→20.92 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2934 1481 -
Rwork0.2578 --
obs-15131 99 %
原子変位パラメータBiso mean: 31.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3822 0 0 130 3952
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00413931
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7175363
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0474559
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005712
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.52911401
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.7-2.80.40581380.355113431481100
2.8-2.910.35541600.330213121472100
2.91-3.040.36761470.311813541501100
3.04-3.20.32911530.298113371490100
3.2-3.40.35791480.27213471495100
3.4-3.660.26511510.258613671518100
3.66-4.030.24971500.223313481498100
4.03-4.60.28511530.225713741527100
4.6-5.780.25371500.229113881538100
5.78-21.220.24631640.23241443160799

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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