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万見
- PDB-6m1u: Crystal structure of the vertebrate conserved region (VCR) of hum... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6m1u
タイトルCrystal structure of the vertebrate conserved region (VCR) of human METTL16
要素RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16,RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16
キーワードRNA BINDING PROTEIN / Methyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / 23S rRNA (adenine(1618)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation ...snRNA (adenine-N6)-methylation / U6 snRNA m6A methyltransferase / U6 snRNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase activity / negative regulation of 3'-UTR-mediated mRNA stabilization / 23S rRNA (adenine(1618)-N(6))-methyltransferase activity / U6 snRNA 3'-end binding / mRNA m6A methyltransferase / mRNA m(6)A methyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / rRNA base methylation / regulation of mRNA splicing, via spliceosome / post-transcriptional regulation of gene expression / mRNA destabilization / mRNA catabolic process / mRNA processing / RNA stem-loop binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyltransferase METTL16/PsiM / RNA methyltransferase / METTL16/RlmF family / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.791 Å
データ登録者Aoyama, T. / Yamashita, S. / Tomita, K.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18H03980 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)18J23142 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)26113002 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: Mechanistic insights into m6A modification of U6 snRNA by human METTL16.
著者: Aoyama, T. / Yamashita, S. / Tomita, K.
履歴
登録2020年2月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16,RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1791
ポリマ－19,1791
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)139.610, 139.610, 53.130
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

#1: タンパク質 RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16,RNA N6-adenosine-methyltransferase METTL16 / Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine- ...Methyltransferase 10 domain-containing protein / Methyltransferase-like protein 16 / N6-adenosine-methyltransferase METTL16 / U6 small nuclear RNA (adenine-(43)-N(6))-methyltransferase


分子量: 19179.477 Da / 分子数: 1 / 変異: delta_1-309,delta_411-508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: METTL16, METT10D / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q86W50, mRNA m6A methyltransferase, U6 snRNA m6A methyltransferase

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM Tris-HCl, pH 7.4, 20% (w/v) PEG3350, 200 mM sodium citrate, 4% (w/v) formamide and 5 mM dextran sulfate sodium salt.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.79→48.641 Å / Num. obs: 5022 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 81.688 % / Biso Wilson estimate: 85.4 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.343 / Rrim(I) all: 0.346 / Χ2: 0.862 / Net I/σ(I): 17.68 / Num. measured all: 410237 / Scaling rejects: 32
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.79-2.8681.7924.7611.26291183633560.6344.79198.1
2.86-2.9484.0813.721.76311943713710.753.743100
2.94-3.0383.683.0332.28282003373370.8283.052100
3.03-3.1283.32423.53285803433430.9262.012100
3.12-3.2281.1331.6784.37256383163160.9291.688100
3.22-3.3479.3711.265.8258753263260.9671.268100
3.34-3.4673.6431.0277.16226823083080.9761.034100
3.46-3.675.8950.66411.26223892952950.9850.669100
3.6-3.7686.1580.5913.45245552852850.9920.593100
3.76-3.9587.1590.41118.79236202712710.9970.413100
3.95-4.1686.6860.33922.22226252612610.9970.341100
4.16-4.4186.5670.23430.13218152522520.9990.236100
4.41-4.7285.9460.15939.17189942212210.9990.16100
4.72-5.183.1490.15638.82183762212210.9990.157100
5.1-5.5882.1710.17734.98163521991990.9990.178100
5.58-6.2477.7660.2329.2143091841840.9970.232100
6.24-7.2169.4750.1634.71109771581580.9990.161100
7.21-8.8381.9730.10449.771196814614610.105100
8.83-12.4881.7940.06274.47875210710710.063100
12.48-48.64164.8920.06566.17421867650.9990.06597

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.791→48.641 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 251 5.01 %
Rwork0.2336 --
obs0.2349 5013 99.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 234.79 Å2 / Biso mean: 87.7021 Å2 / Biso min: 50.97 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.791→48.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数987 0 0 0 987
残基数----122
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7911-3.51630.31011240.3161235099
3.5163-48.640.2481270.21052412100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 24.4936 Å / Origin y: 64 Å / Origin z: 18.062 Å
111213212223313233
T0.4674 Å2-0.0327 Å20.0211 Å2-0.51 Å2-0.0143 Å2--0.507 Å2
L4.2908 °2-0.8019 °20.5164 °2-3.5085 °2-0.3153 °2--5.1619 °2
S0.1142 Å °0.435 Å °0.2573 Å °-0.2474 Å °-0.0931 Å °0.0384 Å °0.2383 Å °-0.4737 Å °-0.017 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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