PDB-6m0y: KR-12 analog derived from human LL-37

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m0y

タイトル

KR-12 analog derived from human LL-37

要素

LYS-ARG-ILE-VAL-LYS-ARG-ILE-LYS-LYS-TRP-LEU-ARG

キーワード

ANTIBIOTIC / STRUCTURE FROM CYANA 2.1

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / na

データ登録者

Yun, H. / Min, H.J. / Lee, C.W.

資金援助

韓国, 2件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR Structure and Bactericidal Activity of KR-12 Analog Derived from Human LL-37 as a Potential Cosmetic Preservative
著者: Yun, H. / Min, H.J. / Lee, C.W.

履歴

登録	2020年2月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年2月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m0y.cif.gz	110.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m0y.ent.gz	83.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m0y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1dpk-d 1tm6-d 5mwq-1 5z31-d 2gmc-d 2bta-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 36316KR-12 analog derived from human LL-37

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: LYS-ARG-ILE-VAL-LYS-ARG-ILE-LYS-LYS-TRP-LEU-ARG

1.63 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質・ペプチド	LYS-ARG-ILE-VAL-LYS-ARG-ILE-LYS-LYS-TRP-LEU-ARG 分子量: 1631.130 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	Sample state	Spectrometer-ID	タイプ
1	1	1	isotropic	1	2D DQF-COSY
1	2	1	isotropic	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	isotropic	1	2D 1H-1H NOESY

-
試料調製

詳細	タイプ: solution / 内容: 2 mM KR-12-pa, trifluoroethanol/water / Label: KR-12-pa / 溶媒系: trifluoroethanol/water
試料	濃度: 2 mM / 構成要素: KR-12-pa / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態	イオン強度: 50 mM / Label: condition_1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	開発者	分類
CYANA	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	structure calculation
NMRView	Johnson, One Moon Scientific	chemical shift assignment
NMRPipe	Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax	解析

精密化

手法: na / ソフトェア番号: 2

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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