PDB-6m0t: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falcip...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m0t

タイトル

Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Plasmodium falciparum complexed with L-lysine and Cladosporin derivative (CL-2)

要素

Lysine--tRNA ligase

キーワード

LIGASE/LIGASE INHIBITOR / Cladosporin analog / Stereochemistry / LIGASE-LIGASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / diadenosine tetraphosphate biosynthetic process / tRNA binding / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.68 Å

データ登録者

Babbar, P. / Sharma, A. / Manickam, Y.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Acs Infect Dis. / 年: 2021
タイトル: Design, Synthesis, and Structural Analysis of Cladosporin-Based Inhibitors of Malaria Parasites.
著者: Babbar, P. / Das, P. / Manickam, Y. / Mankad, Y. / Yadav, S. / Parvez, S. / Sharma, A. / Reddy, D.S.

履歴

登録	2020年2月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年4月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0t ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m0t	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4pg3S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kcn-1 4pg3-1 6kab-2 6hcu-d 6kab-1 6kcn-2 6agt-2 6bni-d 6kbf-d 6c86-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (7) #227 - 2018年11月テロメラーゼ (Telomerase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

C: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

237 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Lysine--tRNA ligase

B: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Lysine--tRNA ligase

D: Lysine--tRNA ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
118 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	299.560, 59.140, 141.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase 分子量: 58706.934 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum 3D7 (マラリア病原虫) 株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1350100 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8IDJ8, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物	ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₅N₂O₂
#3: 化合物	ChemComp-EZ3 / (3R)-3-[(R)-[(2R,6S)-6-methyloxan-2-yl]-oxidanyl-methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydroisochromen-1-one 分子量: 308.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₂₀O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.03 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1M Carboxylic acids,0.1 M Buffer System1 6.5- Imidazole and MES monohydrate, 50%v/v Precipitant Mix - 25% v/vMPD, 25% PEG 1000, 25% w/V PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293.14 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97626 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97626 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.68→36.841 Å / Num. obs: 72044 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 12.6
反射シェル	解像度: 2.68→7.26 Å / R_merge(I) obs: 1.664 / Num. unique obs: 3514 / CC_1/2: 0.501

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
xia2		データスケーリング
PHENIX	1.15rc1_3423	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
DIALS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4PG3

4pg3

解像度: 2.68→36.841 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.83
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2463	3505	4.87 %
R_work	0.1903	-	-
obs	0.1931	71965	99.91 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 191.92 Å² / B_iso mean: 70 Å² / B_iso min: 30 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.68→36.841 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15951	0	98	114	16163
B_iso mean	-	-	57.8	55.77	-
残基数	-	-	-	-	1955

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work
2.68-2.7167	0.3931	132	0.3262	2669
2.7167-2.7555	0.3563	120	0.3115	2696
2.7555-2.7966	0.3511	134	0.2966	2742
2.7966-2.8403	0.333	139	0.2595	2685
2.8403-2.8869	0.3629	121	0.2496	2696
2.8869-2.9366	0.3057	138	0.2425	2729
2.9366-2.99	0.3127	143	0.2402	2674
2.99-3.0475	0.2861	135	0.2416	2686
3.0475-3.1097	0.2985	139	0.2438	2772
3.1097-3.1772	0.3464	145	0.2267	2648
3.1772-3.2511	0.2718	128	0.2205	2746
3.2511-3.3324	0.3025	146	0.2126	2702
3.3324-3.4224	0.2582	155	0.2095	2702
3.4224-3.523	0.2418	105	0.2042	2746
3.523-3.6366	0.2904	140	0.1983	2735
3.6366-3.7665	0.2751	150	0.1948	2723
3.7665-3.9171	0.2556	156	0.1774	2734
3.9171-4.0952	0.2072	147	0.1723	2696
4.0952-4.3108	0.2086	157	0.157	2742
4.3108-4.5804	0.2239	143	0.1451	2778
4.5804-4.9333	0.1841	135	0.1371	2781
4.9333-5.4284	0.243	139	0.1557	2773
5.4284-6.2106	0.2275	151	0.1846	2780
6.2106-7.8124	0.2168	144	0.2007	2848
7.8124-36.841	0.2105	163	0.1867	2977

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2666	-0.3065	-0.1264	2.6589	-0.5053	3.5364	-0.1815	0.3981	0.3764	-0.7131	0.0392	-0.6258	-0.5225	0.0201	0.1497	0.8951	-0.2344	0.2386	0.588	0.0219	0.5896	-23.026	29.221	-10.214
2	4.837	-2.1116	-0.4805	3.8081	-1.6569	3.938	-0.4482	0.2868	-0.1036	0.126	0.237	-0.1671	0.011	-0.0943	0.1656	0.5408	-0.2173	0.0402	0.5417	-0.0525	0.446	-42.652	8.464	14.035
3	1.691	-0.2022	0.8004	0.6479	-0.6949	1.5498	-0.1407	0.5254	-0.2474	-0.451	0.1151	0.047	0.352	-0.236	0.0549	0.6958	-0.2036	0.052	0.6876	-0.0964	0.3929	-55.423	1.316	10.296
4	1.2905	0.3601	-0.114	0.7463	-0.1927	0.0178	-0.5104	0.6364	-0.2747	-0.4271	0.3737	0.0608	0.4537	-0.3239	0.1644	0.8261	-0.2265	0.0805	0.7694	-0.1313	0.5294	-55.758	-3.014	12.443
5	2.8747	-0.9427	-0.5832	4.627	-0.1026	2.4257	-0.0525	-0.4533	-0.2367	0.0994	0.0472	0.2655	0.1207	-0.2799	-0.0283	0.438	0.0192	0.0294	0.5156	0.0396	0.3281	-63.854	7.451	44.113
6	1.8722	0.3402	-0.5471	1.2968	-0.5622	1.1691	-0.1688	-0.0498	-0.1901	-0.0615	0.0328	-0.1351	-0.0604	-0.0079	0.1243	0.4537	-0.0138	0.009	0.4167	-0.0886	0.3365	-45.664	8.485	33.486
7	1.902	0.0452	-0.3589	1.3507	0.1798	1.6159	-0.2066	-0.1762	-0.1422	0.0267	-0.0403	-0.4988	-0.0006	0.3378	0.1535	0.57	-0.0682	0.1114	0.5459	-0.011	0.6392	-17.526	15.216	22.567
8	1.8576	0.3894	-1.5555	1.6645	0.0227	3.6246	-0.2211	-0.0552	-0.1747	-0.1971	0.0407	-0.5571	0.0431	0.3325	0.2221	0.3749	-0.0615	0.1018	0.4511	-0.0341	0.5868	-18.291	15.534	17.958
9	0.1207	0.1943	-0.0473	0.3307	-0.1156	1.7398	0.2409	-0.1731	0.0263	0.1016	-0.0773	0.271	-0.0519	-0.1755	-0.1686	0.736	-0.058	0.0177	0.6631	-0.2124	0.7121	-41.734	1.445	-30.718
10	4.3257	6.7259	-6.1648	2.0001	-9.8153	2	0.7985	-0.0161	0.0701	3.7932	-2.1889	0.395	-2.2906	2.0539	1.3449	0.8306	-0.1218	0.0984	0.5425	-0.1532	0.733	-20.887	14.074	15.199
11	4.2029	-0.8906	-1.501	4.4424	-0.152	3.6299	0.1402	0.1289	0.2541	-0.4128	-0.041	-0.3421	-0.6484	0.4313	-0.0763	0.6376	-0.0981	0.0471	0.5059	0.0236	0.3988	-23.479	28.694	-81.546
12	7.3347	0.9341	-1.673	6.9969	-0.6748	6.1101	-0.6727	1.015	-0.1277	-1.1872	0.1613	-0.0242	0.3302	-0.2515	0.291	0.4973	-0.0083	0.1099	0.5053	-0.0937	0.3659	-30.252	7.097	-80.606
13	4.1398	-2.4126	0.378	2.3497	-0.9036	5.1769	-0.2309	-0.3165	-0.0877	0.4648	0.1497	0.0923	-0.1042	0.075	0.0923	0.3	-0.0925	-0.0355	0.3076	-0.0121	0.3705	-43.259	3.324	-57.174
14	1.1488	-0.4053	-0.5333	1.6238	-0.406	2.427	-0.1277	0.1382	-0.0089	-0.077	-0.0425	0.1264	0.2152	-0.2333	0.1556	0.3836	-0.0055	0.0379	0.4079	-0.0545	0.3298	-54.608	-6.051	-60.268
15	2.2644	1.1288	-1.3707	3.3267	0.6377	4.9537	-0.2879	0.1864	-0.336	0.0332	0.1101	-0.2223	0.4584	0.0685	0.1083	0.3502	-0.0005	0.0325	0.4849	-0.0799	0.3799	-57.837	-14.441	-57.37
16	2.4952	0.8034	-2.4171	1.236	-2.1435	6.8632	-0.1041	0.0573	0.0237	-0.0163	-0.0056	0.0948	0.3162	-0.2142	0.1783	0.4707	0.0076	-0.0033	0.3454	-0.0915	0.4537	-46.027	-2.609	-59.083
17	1.6124	0.2018	-0.9404	1.2402	-0.5771	2.2624	0.061	-0.2869	-0.0195	0.4035	-0.1001	0.1219	-0.1443	-0.2173	0.0489	0.5016	-0.0179	-0.0073	0.6107	-0.0639	0.3827	-55.773	3.401	-33.206
18	0.8131	0.2293	-0.3503	0.8958	0.2059	1.387	0.0655	-0.3029	-0.094	0.2091	-0.1533	-0.3039	-0.107	0.6268	0.0657	0.4535	-0.0526	-0.0416	0.7086	0.0457	0.4985	-19.715	13.173	-49.563

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN C AND RESID 80:244 )	C	80 - 244
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN C AND RESID 245:294 )	C	245 - 294
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND RESID 295:435 )	C	295 - 435
4	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN C AND RESID 436:581 )	C	436 - 581
5	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN D AND RESID 80:176 )	D	80 - 176
6	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN D AND RESID 177:294 )	D	177 - 294
7	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN D AND RESID 295:456 )	D	295 - 456
8	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN D AND RESID 457:581 )	D	457 - 581
9	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:601 )	A	601
10	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:601 )	C	601
11	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN C AND RESID 601:601 ) OR ( CHAIN B AND RESID 601:601 )	B	601
12	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN D AND RESID 601:601 )	D	601
13	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 80:215 )	A	80 - 215
14	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN A AND RESID 216:244 )	A	216 - 244
15	X-RAY DIFFRACTION	13	( CHAIN A AND RESID 245:294 )	A	245 - 294
16	X-RAY DIFFRACTION	14	( CHAIN A AND RESID 295:434 )	A	295 - 434
17	X-RAY DIFFRACTION	15	( CHAIN A AND RESID 435:536 )	A	435 - 536
18	X-RAY DIFFRACTION	16	( CHAIN A AND RESID 537:581 )	A	537 - 581
19	X-RAY DIFFRACTION	17	( CHAIN B AND RESID 80:294 )	B	80 - 294
20	X-RAY DIFFRACTION	18	( CHAIN B AND RESID 295:581 )	B	295 - 581

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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