PDB-6m09: The ligand-free structure of the chloroplast protein At3g03890

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6m09

タイトル

The ligand-free structure of the chloroplast protein At3g03890

要素

AT3G03890 protein

キーワード

PLANT PROTEIN (植物) / heme binding protein

機能・相同性

機能・相同性情報

heme catabolic process /

葉緑体 /

heme binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.101 Å

データ登録者

Wang, J. / Liu, L.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020
タイトル: The Arabidopsis locus AT3G03890 encodes a dimeric beta-barrel protein implicated in heme degradation.
著者: Wang, J. / Guo, Q. / Li, X. / Wang, X. / Liu, L.

履歴

登録	2020年2月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6m09.cif.gz	213.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6m09.ent.gz	167.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6m09.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m09 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/6m09	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6m0aC 4n7rS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6m0a-2 1d3y-d 6m0a-1 1x7o-d 1x7p-d 7bx9-1 4j2g-d 6bku-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: AT3G03890 protein

B: AT3G03890 protein

C: AT3G03890 protein

D: AT3G03890 protein

128 kDa, 4 ポリマー
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1

A: AT3G03890 protein

B: AT3G03890 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
63.9 kDa, 2 ポリマー
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2

C: AT3G03890 protein

D: AT3G03890 protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
63.9 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	59.930, 79.964, 80.151
Angle α, β, γ (deg.)	99.630, 109.800, 104.480
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 70 through 75 or (resid 76...
2	1	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...
3	1	(chain C and (resid 70 through 75 or (resid 76...
4	1	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain A and (resid 70 through 75 or (resid 76...	A	A	70 - 75	41 - 46
1	2	GLU	GLU	ALA	ALA	(chain A and (resid 70 through 75 or (resid 76...	A	A	76 - 79	47 - 50
1	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain A and (resid 70 through 75 or (resid 76...	A	A	70 - 317	41 - 288
1	4	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain A and (resid 70 through 75 or (resid 76...	A	A	70 - 317	41 - 288
1	5	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain A and (resid 70 through 75 or (resid 76...	A	A	70 - 317	41 - 288
1	6	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain A and (resid 70 through 75 or (resid 76...	A	A	70 - 317	41 - 288
2	1	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	70 - 95	41 - 66
2	2	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	97	68
2	3	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	99 - 106	70 - 77
2	4	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	152	123
2	5	PHE	PHE	LYS	LYS	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	68 - 319	39 - 290
2	6	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	152	123
2	7	PHE	PHE	LYS	LYS	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	68 - 319	39 - 290
2	8	PHE	PHE	LYS	LYS	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	68 - 319	39 - 290
2	9	PHE	PHE	LYS	LYS	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	68 - 319	39 - 290
2	10	PHE	PHE	LYS	LYS	(chain B and (resid 70 through 95 or resid 97...	B	B	68 - 319	39 - 290
3	1	LEU	LEU	GLU	GLU	(chain C and (resid 70 through 75 or (resid 76...	C	C	70 - 75	41 - 46
3	2	GLU	GLU	ALA	ALA	(chain C and (resid 70 through 75 or (resid 76...	C	C	76 - 79	47 - 50
3	3	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain C and (resid 70 through 75 or (resid 76...	C	C	70 - 317	41 - 288
3	4	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain C and (resid 70 through 75 or (resid 76...	C	C	70 - 317	41 - 288
3	5	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain C and (resid 70 through 75 or (resid 76...	C	C	70 - 317	41 - 288
3	6	LEU	LEU	ALA	ALA	(chain C and (resid 70 through 75 or (resid 76...	C	C	70 - 317	41 - 288
4	1	LEU	LEU	ILE	ILE	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	70 - 95	41 - 66
4	2	GLY	GLY	GLY	GLY	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	97	68
4	3	LEU	LEU	TYR	TYR	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	99 - 106	70 - 77
4	4	ALA	ALA	ARG	ARG	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	150 - 151	121 - 122
4	5	PHE	PHE	SER	SER	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	68 - 320	39 - 291
4	6	ASP	ASP	ASP	ASP	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	152	123
4	7	PHE	PHE	SER	SER	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	68 - 320	39 - 291
4	8	PHE	PHE	SER	SER	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	68 - 320	39 - 291
4	9	PHE	PHE	SER	SER	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	68 - 320	39 - 291
4	10	PHE	PHE	SER	SER	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	68 - 320	39 - 291
4	11	PHE	PHE	SER	SER	(chain D and (resid 70 through 95 or resid 97...	D	D	68 - 320	39 - 291

#1: タンパク質	AT3G03890 protein / FMN binding protein 分子量: 31964.373 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At3g03890, F20H23.6, F20H23_6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8LDU1
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 568 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.63 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.23 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 / 詳細: ammonium acetate, trisodium citrate, PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 73700 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2 % / B_iso Wilson estimate: 25.18 Å² / CC_1/2: 0.989 / R_merge(I) obs: 0.047 / R_pim(I) all: 0.047 / R_rim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.548 / Num. unique obs: 7308 / CC_1/2: 0.577 / R_pim(I) all: 0.548 / R_rim(I) all: 0.775 / % possible all: 96.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.12	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4N7R

4n7r

解像度: 2.101→37.763 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.49

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2395	3358	5.08 %
R_work	0.1996	-	-
obs	0.2016	66069	87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 86.14 Å² / B_iso mean: 34.7165 Å² / B_iso min: 8.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.101→37.763 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7442	0	0	568	8010
B_iso mean	-	-	-	33.52	-
残基数	-	-	-	-	997

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4269	X-RAY DIFFRACTION	10.052	TORSIONAL
1	2	B	4269	X-RAY DIFFRACTION	10.052	TORSIONAL
1	3	C	4269	X-RAY DIFFRACTION	10.052	TORSIONAL
1	4	D	4269	X-RAY DIFFRACTION	10.052	TORSIONAL

LS精密化シェル

解像度: 2.101→2.176 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.29	-	-
R_work	0.25	-	-
obs	-	4002	52.78 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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