PDB-6lzy: Structure of Phytolacca americana UGT3 with 18-crown-6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lzy

タイトル

Structure of Phytolacca americana UGT3 with 18-crown-6

要素

Glycosyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / 18-crown-6

機能・相同性

機能・相同性情報

UDP-glucosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
類似検索 - 分子機能

生物種

Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S. / Inoue, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2020
タイトル: Crown-ether-mediated crystal structures of the glycosyltransferase PaGT3 from Phytolacca americana.
著者: Maharjan, R. / Fukuda, Y. / Nakayama, T. / Nakayama, T. / Hamada, H. / Ozaki, S.I. / Inoue, T.

履歴

登録	2020年2月19日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年6月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年6月17日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lzy.cif.gz	203.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lzy.ent.gz	154.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lzy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lzy_validation.pdf.gz	856.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lzy_full_validation.pdf.gz	869 KB	表示
XML形式データ	6lzy_validation.xml.gz	33.8 KB	表示
CIF形式データ	6lzy_validation.cif.gz	46.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/6lzy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lz/6lzy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6lzxC 2pq6S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lzx-d 4hgf-d 4hgi-d 4h23-d 3dgi-d 3jus-d 4dtw-d 4due-d 2wst-d 3wsp-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (1) #220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Glycosyltransferase

B: Glycosyltransferase

ヘテロ分子

117 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, monomer in solution

単位格子

Length a, b, c (Å)	93.732, 103.864, 111.638
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン: (詳細: Chains AAA BBB)

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Glycosyltransferase 分子量: 57629.793 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Phytolacca americana (アメリカヤマゴボウ) 遺伝子: PaGT3 / プラスミド: pColdI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: B5MGN9, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物	ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド分子量: 79.904 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物	ChemComp-O4B / 1,4,7,10,13,16-HEXAOXACYCLOOCTADECANE / 18-クラウン-6 分子量: 264.315 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₂₄O₆
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.36 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M Sodium Bromide 20% w/v PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→49.22 Å / Num. obs: 43272 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.17 / R_pim(I) all: 0.07 / R_rim(I) all: 0.19 / Net I/σ(I): 11.2
反射シェル	解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 6.4 % / R_merge(I) obs: 1.22 / Num. unique obs: 4442 / CC_1/2: 0.7 / R_pim(I) all: 0.52 / R_rim(I) all: 1.33 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2PQ6

2pq6

解像度: 2.4→49.217 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / SU B: 10.441 / SU ML: 0.233 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.477 / ESU R Free: 0.29 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	2119	4.904 %
R_work	0.2413	-	-
all	0.243	-	-
obs	-	43210	99.776 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.553 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.463 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.604 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.067 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→49.217 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7278	0	75	81	7434

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.013	7513
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7135
X-RAY DIFFRACTION	r_ext_dist_refined_d	0.01	0.01	11300
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.522	1.638	10118
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.278	1.568	16545
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.482	5	901
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.287	22.124	386
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.791	15	1329
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.883	15	46
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	945
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	8219
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1607
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	1427
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	6410
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.164	0.2	3501
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	3693
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.163	0.2	142
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.029	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.25	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.166	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.156	0.2	45
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.096	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.929	4.734	3622
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.918	4.734	3621
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	6.171	7.09	4517
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	6.171	7.091	4518
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.605	5.044	3891
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.605	5.045	3892
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.862	7.391	5601
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.862	7.391	5602
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	11.272	86.752	31099
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	11.275	86.77	31070
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.104	0.05	14420

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.462	0.421	149	0.343	2973	X-RAY DIFFRACTION	98.6414
2.462-2.529	0.341	165	0.321	2889	X-RAY DIFFRACTION	99.8692
2.529-2.603	0.407	147	0.312	2857	X-RAY DIFFRACTION	99.9002
2.603-2.683	0.368	129	0.318	2780	X-RAY DIFFRACTION	99.9313
2.683-2.771	0.335	125	0.309	2662	X-RAY DIFFRACTION	99.8567
2.771-2.868	0.384	127	0.323	2618	X-RAY DIFFRACTION	99.9272
2.868-2.976	0.394	137	0.315	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.9247
2.976-3.097	0.274	124	0.261	2423	X-RAY DIFFRACTION	99.8824
3.097-3.235	0.278	110	0.254	2325	X-RAY DIFFRACTION	99.836
3.235-3.392	0.294	103	0.262	2233	X-RAY DIFFRACTION	99.8291
3.392-3.575	0.299	128	0.261	2116	X-RAY DIFFRACTION	99.9555
3.575-3.792	0.273	105	0.235	1997	X-RAY DIFFRACTION	99.9524
3.792-4.053	0.23	95	0.2	1912	X-RAY DIFFRACTION	99.9502
4.053-4.376	0.202	81	0.166	1784	X-RAY DIFFRACTION	100
4.376-4.792	0.193	105	0.167	1613	X-RAY DIFFRACTION	100
4.792-5.355	0.271	84	0.183	1494	X-RAY DIFFRACTION	100
5.355-6.179	0.278	59	0.207	1343	X-RAY DIFFRACTION	100
6.179-7.555	0.254	67	0.211	1120	X-RAY DIFFRACTION	99.4137
7.555-10.632	0.268	45	0.199	911	X-RAY DIFFRACTION	99.8955
10.632-49.21	0.192	34	0.295	525	X-RAY DIFFRACTION	97.5567

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