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- PDB-6lxq: TvCyP2 in apo form 3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxq
タイトルTvCyP2 in apo form 3
要素Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
キーワードISOMERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclosporin A binding / peptidylprolyl isomerase / peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity / protein folding / intracellular membrane-bounded organelle / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase, conserved site / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase signature. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain profile. / Cyclophilin-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase domain / Cyclophilin type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase/CLD / Cyclophilin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Aryal, S. / Chen, C. / Hsu, C.H.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2628-B-002-013 台湾
Ministry of Science and Technology (MoST, Taiwan)108-2628-M-002-011 台湾
引用ジャーナル: Biomolecules / 年: 2020
タイトル: N-Terminal Segment of TvCyP2 Cyclophilin fromTrichomonas vaginalisIs Involved in Self-Association, Membrane Interaction, and Subcellular Localization.
著者: Aryal, S. / Hsu, H.M. / Lou, Y.C. / Chu, C.H. / Tai, J.H. / Hsu, C.H. / Chen, C.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,17712
ポリマ－20,1491
非ポリマー1,02711
水1,910106
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, MONOMERIC PROTEIN
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1940 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area9180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.307, 54.643, 59.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peptidyl-prolyl cis-trans isomerase / Cyclophilin A protein / PPIase


分子量: 20149.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Trichomonas vaginalis (ちつほねまくむし)
遺伝子: TVAG_062520 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2DLL4, peptidylprolyl isomerase
#2: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.24 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.2 M di-Ammonium hydrogen Phosphate, 20% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→27.15 Å / Num. obs: 14941 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.6 % / CC1/2: 0.981 / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.855→1.921 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Num. unique obs: 1076 / CC1/2: 0.924 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5YBA

5yba


解像度: 1.85→27.15 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 17.89
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1827 2401 9.96 %
Rwork0.1463 --
obs0.15 14941 82.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 97.33 Å2 / Biso mean: 24.2913 Å2 / Biso min: 5.77 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→27.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1374 0 61 106 1541
Biso mean--64.08 35.41 -
残基数----183
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.855-1.89270.2141640.175356137
1.8927-1.93380.2369790.169172446
1.9338-1.97880.1839880.165184355
1.9788-2.02830.19081060.155595761
2.0283-2.08310.18311260.1444109771
2.0831-2.14440.20061280.1491118577
2.1444-2.21360.19071480.1412128283
2.2136-2.29270.19361480.1381133388
2.2927-2.38440.20061670.1405144892
2.3844-2.49290.1911490.1437149597
2.4929-2.62420.20441690.1521530100
2.6242-2.78860.17891760.15071543100
2.7886-3.00370.19141710.14541540100
3.0037-3.30560.17721670.14031540100
3.3056-3.78310.16531720.12331538100
3.7831-4.76320.1541720.13471542100
4.7632-29.9580.19341710.18141546100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5989-0.092-0.10310.0501-0.1890.450.55130.0567-0.3881-0.5824-0.32680.08390.40360.25450.32190.21910.11660.0090.20790.00360.105-4.989-2.3562-5.5399
20.6654-0.07730.35830.3657-0.26420.7597-0.13460.2273-0.6294-0.2029-0.0203-0.16990.45280.2620.03190.19920.00430.05690.0413-0.02350.2364-12.474-19.274412.5797
30.2931-0.08730.24750.0374-0.07670.3091-0.1290.2732-0.1041-0.18570.0628-0.13710.12990.4409-0.01720.1672-0.01880.01750.18130.02140.1429-6.8121-6.27766.7747
40.22730.15130.12660.61950.08750.548-0.0397-0.03860.00370.01250.0563-0.2710.07810.59780.080.11940.0275-0.02330.2561-0.00270.1764-1.0182-8.013120.1212
50.1299-0.02630.04910.05190.10110.16050.05130.0422-0.12330.1651-0.07040.06050.163-0.0011-0.01950.1220.0151-0.01740.1160.00730.138-13.2586-12.180621.0954
60.10660.1173-0.12210.1473-0.11050.09980.0176-0.08350.05240.0408-0.01410.13330.0818-0.1053-00.1060.01380.00620.1228-0.01160.109-17.9131-7.639222.0634
70.3559-0.1228-0.25690.1196-0.0720.2187-0.00060.07560.11570.01240.0071-0.1209-0.19580.28130.00040.1476-0.0432-0.0270.1227-0.0060.1316-8.98971.266115.0856
80.6993-0.1941-0.06020.4055-0.46820.39740.01250.03260.05790.0220.0184-0.0017-0.1010.00840.03120.0928-0.00390.00150.0543-0.00240.0729-15.0406-0.480613.8062
90.2662-0.15420.32010.3584-0.02950.50880.08470.0364-0.0993-0.3690.00640.170.0888-0.24550.16680.1754-0.0294-0.03890.1268-0.00220.1743-22.7562-14.69539.5498
100.31120.0046-0.05750.0063-0.0130.01730.01690.0263-0.02910.1469-0.12310.4466-0.0126-0.1871-0.0030.1838-0.00560.05050.1544-0.02910.2345-27.6056-12.875121.0665
110.92080.24251.01151.07860.29891.2367-0.01470.5371-0.3831-0.43770.0375-0.14740.46140.3240.31290.24840.06810.04320.260700.2127-5.6849-17.422311.4727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 16 )A5 - 16
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 17 through 31 )A17 - 31
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 32 through 42 )A32 - 42
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 43 through 64 )A43 - 64
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 65 through 77 )A65 - 77
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 78 through 94 )A78 - 94
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 95 through 120 )A95 - 120
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 121 through 155 )A121 - 155
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 156 through 165 )A156 - 165
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 166 through 175 )A166 - 175
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 176 through 187 )A176 - 187

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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