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万見
- PDB-6lxf: Aromatic interactions drive the coupled folding and binding of th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lxf
タイトルAromatic interactions drive the coupled folding and binding of the intrinsically disordered Sesbania mosaic virus VPg protein.
要素Polyprotein
キーワードPLANT VIRAL PROTEIN / IDPs (Intrinsically Disorder Proteins) / VPg (Viral Protein genome linked)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell membrane / viral process / serine-type endopeptidase activity / proteolysis / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S39 / Peptidase S39B, luteovirus / Peptidase family S39 domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Sesbania mosaic virus (ウイルス)
手法溶液NMR / na
データ登録者Dixit, K. / Karanth, N.M. / Nair, S. / Kumari, K. / Chakrabarti, K.S. / Savithri, H.S. / Sarma, S.P.
資金援助 インド, 2件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India) インド
Department of Biotechnology (DBT, India) インド
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2020
タイトル: Aromatic Interactions Drive the Coupled Folding and Binding of the Intrinsically Disordered Sesbania mosaic Virus VPg Protein.
著者: Dixit, K. / Karanth, N.M. / Nair, S. / Kumari, K. / Chakrabarti, K.S. / Savithri, H.S. / Sarma, S.P.
履歴
登録2020年2月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Polyprotein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,5681
ポリマ－6,5681
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area4990 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 999target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Polyprotein / Viral Protein genome linked (SeMV VPg)


分子量: 6568.417 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Sesbania mosaic virus (ウイルス) / プラスミド: pET21a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EB08

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D TROSY ENHANCED HNCA
131isotropic13D TROSY ENHANCED HN(CO)CA
141isotropic13D TROSY ENHANCED HN(CA)CB
151isotropic13D TROSY ENHANCED HN(COCA)CB
161isotropic13D HNCO
171isotropic13D 1H-15N NOESY
181isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
191isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 0.3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] SELECTIVELY 1H (CH3) ILE, VAL, LEU Sesbania Mosaic Virus- Viral Protein genome linked (SeMV VPg), 90% H2O/10% D2O
詳細: 0.3 mM [U-13C; U-15N; U-2H] SELECTIVELY 1H (CH3) ILE, VAL, LEU VIRAL PROTEIN GENOME LINKED (VPG) FROM SESBANIA MOSAIC VIRUS
Label: U-13C, 15N, 2H selectively 1H (CH3) ILV / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.3 mM
構成要素: Sesbania Mosaic Virus- Viral Protein genome linked (SeMV VPg)
Isotopic labeling: [U-13C; U-15N; U-2H] SELECTIVELY 1H (CH3) ILE, VAL, LEU
試料状態イオン強度: 0.065 Not defined / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Agilent Uniform NMR System / 製造業者: Agilent / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 600 MHz
詳細: Agilent (Varian) DDS2 600 MHz spectrometer equipped with a cryogenically cooled cold-probe fitted with a pulsed field gradient (z-axis only) accessory

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CcpNmr Analysis2.1-2.4CCPNchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
精密化手法: na / ソフトェア番号: 2
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 999 / 登録したコンフォーマーの数: 25

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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