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- PDB-6ltv: Crystal Structure of I122A/I330A variant of S-adenosylmethionine ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ltv
タイトルCrystal Structure of I122A/I330A variant of S-adenosylmethionine synthetase from Cryptosporidium hominis in complex with ONB-SAM (2-nitro benzyme S-adenosyl-methionine)
要素S-adenosylmethionine synthase
キーワードTRANSFERASE / Triphosphate / S-adenosylmethionine synthetase
機能・相同性
機能・相同性情報


methionine adenosyltransferase / methionine adenosyltransferase activity / S-adenosylmethionine biosynthetic process / one-carbon metabolic process / ATP binding / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-adenosylmethionine synthetase / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal / S-adenosylmethionine synthetase, conserved site / S-adenosylmethionine synthetase superfamily / S-adenosylmethionine synthetase, N-terminal domain / S-adenosylmethionine synthetase, central domain / S-adenosylmethionine synthetase, C-terminal domain / S-adenosylmethionine synthase signature 1. / S-adenosylmethionine synthase signature 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIPHOSPHATE / Chem-EU9 / S-adenosylmethionine synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.87 Å
データ登録者Singh, R.K. / Michailidou, F. / Rentmeister, A. / Kuemmel, D.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)KU2531/2 ドイツ
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Engineered SAM Synthetases for Enzymatic Generation of AdoMet Analogs with Photocaging Groups and Reversible DNA Modification in Cascade Reactions.
著者: Michailidou, F. / Klocker, N. / Cornelissen, N.V. / Singh, R.K. / Peters, A. / Ovcharenko, A. / Kummel, D. / Rentmeister, A.
履歴
登録2020年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年1月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-adenosylmethionine synthase
B: S-adenosylmethionine synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3488
ポリマ－91,7422
非ポリマー1,6066
水6,612367
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area26810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.169, 100.167, 66.945
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.990, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 S-adenosylmethionine synthase


分子量: 45871.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cryptosporidium hominis (ヒトクリプトスポリジウム)
遺伝子: CHUDEA7_2650 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0S4TKQ5, methionine adenosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-3PO / TRIPHOSPHATE / 三りん酸


分子量: 257.955 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H5O10P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EU9 / [(2S,3S,4R,5R)-5-(6-aminopurin-9-yl)-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methyl-[(3R)-3-azanyl-4-oxidanyl-4-oxidanylidene-butyl]-[(2-nitrophenyl)methyl]sulfanium


分子量: 520.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H26N7O7S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 367 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.43 %
結晶化温度: 285.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 12.5 % MPD (v/v), 12.5 % PEG 1000 (w/v) , 12.5 % PEG 3350 (w/v), 0.1 MES/imidazole pH 6.5, 0.03 M sodium phosphate dibasic dihydrate, 0.03 M ammonium sulfate and 0.03 M sodium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.87→48.28 Å / Num. obs: 67224 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.104 / Net I/σ(I): 15.2 / Num. measured all: 441998 / Scaling rejects: 1275
反射 シェル解像度: 1.87→1.92 Å / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.776 / Num. unique obs: 4025 / CC1/2: 0.837 / Rpim(I) all: 0.327 / Rrim(I) all: 0.844 / % possible all: 91.7

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.3データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ODJ

4odj


解像度: 1.87→48.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 5.703 / SU ML: 0.088 / SU R Cruickshank DPI: 0.1278 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.118
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1941 3384 5 %RANDOM
Rwork0.1623 ---
obs0.1639 63811 99.13 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 126.56 Å2 / Biso mean: 29.952 Å2 / Biso min: 12.42 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.72 Å2-0 Å20.17 Å2
2---1.69 Å2-0 Å2
3----0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.87→48.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5893 0 100 367 6360
Biso mean--25.4 33.17 -
残基数----762
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0250.0196188
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025751
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3781.9828380
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.057313381
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.15783
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.30624.604265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.981151098
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4771534
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1490.2940
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.026868
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021218
LS精密化 シェル解像度: 1.87→1.925 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 258 -
Rwork0.276 4491 -
obs--94.7 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4208-0.0461-0.08961.5457-0.21280.8657-0.01780.0229-0.0524-0.0744-0.0364-0.12980.0853-0.01760.05420.0350.0044-0.00480.0036-0.00430.0331-29.14715.485-20.671
20.3477-0.0034-0.08991.6639-0.19861.01370.0021-0.01510.05210.2083-0.0371-0.1142-0.2606-0.02020.0350.1054-0.0003-0.02860.0041-0.00390.0284-30.0737.861-12.539
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A21 - 406
2X-RAY DIFFRACTION2B21 - 406

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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