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- PDB-6lrf: Crystal structure of unliganded AgrE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6lrf
タイトルCrystal structure of unliganded AgrE
要素Alr4995 protein
キーワードHYDROLASE / arginine dihydrolase / bifunctional enzyme / GME family
機能・相同性
機能・相同性情報


arginine dihydrolase / ornithine cyclodeaminase / hydrolase activity / lyase activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
LOR/SDH bifunctional enzyme, conserved domain superfamily / putative lor/sdh protein like domains / Conserved hypothetical protein CHP00300 / LOR/SDH bifunctional enzyme, conserved domain / : / : / LOR/SDH bifunctional enzyme conserved region / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, Rossmann fold / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, first region / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic ...LOR/SDH bifunctional enzyme, conserved domain superfamily / putative lor/sdh protein like domains / Conserved hypothetical protein CHP00300 / LOR/SDH bifunctional enzyme, conserved domain / : / : / LOR/SDH bifunctional enzyme conserved region / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, Rossmann fold / Arginine dihydrolase ArgZ-like, C-terminal, first region / N,N dimethylarginine dimethylhydrolase, eukaryotic / Arginine deiminase / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / 5-stranded Propeller / L-arginine/glycine Amidinotransferase; Chain A / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Bifunctional arginine dihydrolase/ornithine cyclodeaminase AgrE
類似検索 - 構成要素
生物種Nostoc sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.0546605257 Å
データ登録者Lee, H. / Rhee, S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ01325801 韓国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structural and mutational analyses of the bifunctional arginine dihydrolase and ornithine cyclodeaminase AgrE from the cyanobacteriumAnabaena.
著者: Lee, H. / Rhee, S.
履歴
登録2020年1月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月22日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity.pdbx_description / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.seq_align_beg
改定 1.22020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alr4995 protein
B: Alr4995 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)157,9172
ポリマ－157,9172
非ポリマー00
水7,945441
1
A: Alr4995 protein
B: Alr4995 protein

A: Alr4995 protein
B: Alr4995 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,8334
ポリマ－315,8334
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_656-x+1,y,-z+3/21
Buried area16830 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area98980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.647, 201.726, 99.593
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Alr4995 protein


分子量: 78958.258 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Nostoc sp. (strain PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576) (バクテリア)
株: PCC 7120 / SAG 25.82 / UTEX 2576 / 遺伝子: alr4995 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8YMD9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 441 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.78 %
結晶化温度: 295.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: sodium acetate, sodium citrate (pH5.5), PEG4000, glycerol, TCEP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2019年7月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 114936 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 25.9641805514 Å2 / CC1/2: 0.989 / Net I/σ(I): 12.24
反射 シェル解像度: 2.05→2.12 Å / Num. unique obs: 10839 / CC1/2: 0.437

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
PHENIX1.9_1692精密化
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.0546605257→26.5920309427 Å / SU ML: 0.23429841318 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33232390679 / 位相誤差: 26.0812536429
Rfactor反射数%反射
Rfree0.246411827268 1996 1.74163430915 %
Rwork0.20750578605 --
obs0.208183254555 114605 97.7208001501 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 31.6082954984 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.0546605257→26.5920309427 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10552 0 0 441 10993
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087801124979410745
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1039197979814562
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04673449187161659
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00480539516361891
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.25925036113990
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0547-2.1060.3126852860861220.2608075466477232X-RAY DIFFRACTION88.9238210399
2.106-2.16290.2987133294881470.2536871401437671X-RAY DIFFRACTION93.9663461538
2.1629-2.22660.2972382252921370.241631710277853X-RAY DIFFRACTION96.4742815745
2.2266-2.29840.2801126021430.243670825528016X-RAY DIFFRACTION97.8766794626
2.2984-2.38050.2805328061651460.2453030919418037X-RAY DIFFRACTION98.3061028352
2.3805-2.47570.2613360024521350.2477049288658097X-RAY DIFFRACTION99.0137118114
2.4757-2.58830.3359949887231430.2443915977028105X-RAY DIFFRACTION99.0869774147
2.5883-2.72460.2459289960031530.2420213102168099X-RAY DIFFRACTION99.0160787137
2.7246-2.89520.2859922504641370.2464294722388137X-RAY DIFFRACTION99.2443324937
2.8952-3.11840.2835772055591430.2435488787888196X-RAY DIFFRACTION99.1321921065
3.1184-3.43160.2742111696371520.2159093802438199X-RAY DIFFRACTION99.5945140131
3.4316-3.92680.2342040077011430.1838841043648221X-RAY DIFFRACTION99.2877492877
3.9268-4.94220.1732314727281470.1554871878948274X-RAY DIFFRACTION99.1755976917
4.9422-26.5920.1955925601451480.16129893088472X-RAY DIFFRACTION98.8305434533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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