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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6loo | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Class IB terpene synthase bound with geranylcitronellyl diphosphate | |||||||||
要素 | Tetraprenyl-beta-curcumene synthase | |||||||||
キーワード | LYASE / TERPENE SYNTHASE | |||||||||
機能・相同性 | Tetraprenyl-beta-curcumene synthase YtpB-like / Protein of unknown function (DUF2600) / Chem-ELR / Chem-ELU / Tetraprenyl-beta-curcumene synthase 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Bacillus alcalophilus ATCC 27647 = CGMCC 1.3604 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å | |||||||||
データ登録者 | Fujihashi, M. / Inagi, H. / Miki, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020 タイトル: Characterization of Class IB Terpene Synthase: The First Crystal Structure Bound with a Substrate Surrogate. 著者: Stepanova, R. / Inagi, H. / Sugawara, K. / Asada, K. / Nishi, T. / Ueda, D. / Yasuno, Y. / Shinada, T. / Miki, K. / Fujihashi, M. / Sato, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6loo.cif.gz | 169.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6loo.ent.gz | 131.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6loo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6loo_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6loo_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6loo_validation.xml.gz | 30.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6loo_validation.cif.gz | 44 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6loo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41879.664 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Bacillus alcalophilus ATCC 27647 = CGMCC 1.3604 (バクテリア) 遺伝子: BALCAV_0202405 / プラスミド: pColdII / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: A0A094YZ24 #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-ELU / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.09 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.3 詳細: PEG3350, Ammonium Acetate, Magnesium Chloride, Methanol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2018年10月31日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.99→48.12 Å / Num. obs: 47141 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.905 % / Biso Wilson estimate: 34.108 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rrim(I) all: 0.11 / Χ2: 0.983 / Net I/σ(I): 13.65 / Num. measured all: 184069 / Scaling rejects: 73 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5yo8 解像度: 1.99→48.12 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU B: 5.473 / SU ML: 0.146 / SU R Cruickshank DPI: 0.2116 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.212 / ESU R Free: 0.173 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 112.86 Å2 / Biso mean: 32.585 Å2 / Biso min: 17.24 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.99→48.12 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.99→2.042 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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