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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6loa | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RORgammat with ligand C46D bound | ||||||
![]() | Nuclear receptor ROR-gamma | ||||||
![]() | NUCLEAR PROTEIN / RORgammat proteins / ligand binding domain / agonist | ||||||
機能・相同性 | ![]() ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / T-helper 17 cell differentiation / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / T-helper cell differentiation / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Feng, Y. / Shijie, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of RORgammat with ligand C46D bound 著者: Feng, Y. / Shijie, C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 84.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32080.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ENR / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: PEG4000(6%),0.4M sodium chloride , 0.1M PIPES, pH6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→33.43 Å / Num. obs: 11073 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 4.91 % / Biso Wilson estimate: 46.127 Å2 / CC1/2: 0.794 / Net I/σ(I): 1.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.589 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 280301 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.254 / Χ2: 1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2DVV 解像度: 2.50003303865→33.43 Å / SU ML: 0.315162169785 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34747703986 / 位相誤差: 27.3234662591
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.3397062 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.50003303865→33.43 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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