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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lo9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of RORgammat with ligand C46D bound | ||||||
要素 | Nuclear receptor ROR-gamma | ||||||
キーワード | NUCLEAR PROTEIN / RORgammat proteins / ligand binding domain (リガンド) / agonist (アゴニスト) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process ...T-helper 17 cell differentiation / ligand-activated transcription factor activity / cellular response to sterol / regulation of steroid metabolic process / Peyer's patch development / T-helper cell differentiation / positive regulation of circadian rhythm / oxysterol binding / RUNX3 Regulates Immune Response and Cell Migration / negative regulation of thymocyte apoptotic process / regulation of fat cell differentiation / regulation of glucose metabolic process / lymph node development / adipose tissue development / xenobiotic metabolic process / circadian regulation of gene expression / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / クロマチン / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8600494706 Å | ||||||
データ登録者 | Feng, Y. / Shijie, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of RORgammat with ligand C46D bound 著者: Feng, Y. / Shijie, C. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lo9.cif.gz | 88.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lo9.ent.gz | 52.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lo9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lo9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lo/6lo9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32080.035 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RORC, NR1F3, RORG, RZRG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P51449 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ENU / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 8% PEG4000, 0.4M NaCl, 0.1M PIPES, pH6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.987 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2019年11月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.86→27.76 Å / Num. obs: 26005 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.26 % / Biso Wilson estimate: 27.79 Å2 / CC1/2: 0.995 / Net I/σ(I): 3.26 |
反射 シェル | 解像度: 1.86→1.927 Å / Rmerge(I) obs: 0.934 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique obs: 2545 / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.233 / Rrim(I) all: 0.963 / Χ2: 0.6 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1XYZ 解像度: 1.8600494706→27.76 Å / SU ML: 0.164430888288 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38102327631 / 位相誤差: 20.7245195949
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.8869180174 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8600494706→27.76 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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