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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lnp | ||||||
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タイトル | Crystal structure of citrate Biosensor | ||||||
要素 | Fusion protein of Green fluorescent protein and Sensor histidine kinase CitA | ||||||
キーワード | FLUORESCENT PROTEIN / Biosensor / Genetically Encoded / Citrate | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aequorea victoria (オワンクラゲ) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.993 Å | ||||||
データ登録者 | Wen, Y. / Campbell, R. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Acs Cent.Sci. / 年: 2020 タイトル: High-Performance Intensiometric Direct- and Inverse-Response Genetically Encoded Biosensors for Citrate. 著者: Zhao, Y. / Shen, Y. / Wen, Y. / Campbell, R.E. #1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2020 タイトル: High performance intensiometric direct- and inverse-response genetically encoded biosensors for citrate 著者: Zhao, Y. / Shen, Y. / Wen, Y. / Campbell, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lnp.cif.gz | 292.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lnp.ent.gz | 236.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lnp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lnp_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lnp_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6lnp_validation.xml.gz | 30.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lnp_validation.cif.gz | 39.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/6lnp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/6lnp | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6gelS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 44871.586 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) 遺伝子: citA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P52687, UniProt: P42212*PLUS, histidine kinase #2: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.95 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 4% Tacsimate pH 5.0, 12% Polyethylene glycol 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.99→46.205 Å / Num. obs: 20881 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rrim(I) all: 0.143 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.99→3.1 Å / Num. unique obs: 2072 / CC1/2: 0.65 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6GEL 解像度: 2.993→46.205 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 29.99
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 128.84 Å2 / Biso mean: 51.3106 Å2 / Biso min: 18.69 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.993→46.205 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 18.3291 Å / Origin y: 21.4665 Å / Origin z: -13.3081 Å
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精密化 TLSグループ |
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