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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lnb | ||||||
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タイトル | CryoEM structure of Cascade-TniQ-dsDNA complex | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM / Type I-F CRISPR-Cas system / Csy Cascade / Tn7-like transposons / RNA-guided tranposition / transposase subunit | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Vibrio cholerae (コレラ菌) Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, B. / Xu, W. / Yang, H. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2020 タイトル: Structural basis of a Tn7-like transposase recruitment and DNA loading to CRISPR-Cas surveillance complex. 著者: Beibei Wang / Wenhao Xu / Hui Yang / | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lnb.cif.gz | 650.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lnb.ent.gz | 526.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lnb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lnb_validation.pdf.gz | 847.2 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lnb_full_validation.pdf.gz | 871.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6lnb_validation.xml.gz | 84.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lnb_validation.cif.gz | 138.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/6lnb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ln/6lnb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-CRISPR-associated protein ... , 3種, 8分子 GFEDCBHA
#1: タンパク質 | 分子量: 40030.156 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #2: タンパク質 | | 分子量: 72294.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pCDFDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #3: タンパク質 | | 分子量: 23098.365 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 NO
#6: DNA鎖 | 分子量: 15856.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
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#7: DNA鎖 | 分子量: 15535.982 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌) |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 3分子 JIM
#4: タンパク質 | 分子量: 45597.867 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pRSFDuet-SUMO / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) #5: RNA鎖 | | 分子量: 19305.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pETDuet / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: CryoEM structure of Cascade-TniQ-dsDNA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT |
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分子量 | 実験値: NO |
由来(天然) | 生物種: Vibrio cholerae (コレラ菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21(DE3) |
緩衝液 | pH: 7.2 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 48 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: NONE |
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3次元再構成 | 解像度: 3.18 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 206913 / 対称性のタイプ: POINT |