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万見
- PDB-6ln3: Crystal structure of adenylate kinase from an extremophilic archa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ln3
タイトルCrystal structure of adenylate kinase from an extremophilic archaeon Aeropyrum pernix with ATP and AMP
要素Adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / adenylate kinase / ATP / AMP / Structural Genomics / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI
機能・相同性
機能・相同性情報


adenylate kinase / AMP kinase activity / ATP hydrolysis activity / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase AdkA / AAA domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Adenylate kinase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Shibanuma, Y. / Nemoto, N. / Yamamoto, N. / Sampei, G. / Kawai, G.
引用ジャーナル: J.Biochem. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of adenylate kinase from an extremophilic archaeon Aeropyrum pernix with ATP and AMP.
著者: Shibanuma, Y. / Nemoto, N. / Yamamoto, N. / Sampei, G.I. / Kawai, G.
履歴
登録2019年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,1346
ポリマ－21,9821
非ポリマー1,1525
水2,738152
1
A: Adenylate kinase
ヘテロ分子

A: Adenylate kinase
ヘテロ分子

A: Adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,40218
ポリマ－65,9453
非ポリマー3,45715
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation58_555-y+1/2,z,-x+1/21
crystal symmetry operation79_555-z+1/2,-x+1/2,y1
Buried area10430 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area22640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)193.440, 193.440, 193.440
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number209
Space group name H-MF432
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-552-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adenylate kinase / AK / ATP-AMP transphosphorylase


分子量: 21981.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1) (好気性超好熱古細菌)
株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: adkA, APE_0981.1 / プラスミド: pET-21a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q9YDD2, adenylate kinase

-
非ポリマー , 6種, 157分子

#2: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 152 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M HEPES pH 7.6, 25% (w/v) Polyethylene glycol monomethyl ether 2000, 5 mM adenosine 5'-triphosphate, 5 mM magnesium ions

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年5月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 20843 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 37.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 79.6
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 25.2 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 11.4 / Num. unique obs: 1679 / % possible all: 80.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-20001.98.5データ削減
HKL-20001.98.5データスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KHT

1kht


解像度: 2→32.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.118 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1918 1062 5.1 %RANDOM
Rwork0.1596 ---
obs0.1612 19709 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 109 Å2 / Biso mean: 24.776 Å2 / Biso min: 13.4 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→32.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1543 0 71 152 1766
Biso mean--24.44 34.91 -
残基数----202
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0131634
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0340.0171620
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9591.662218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg2.2861.5963740
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9175201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.9320.77977
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.2215293
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1221515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.2221
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.021769
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0120.02314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.2012.205806
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.1992.204805
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9583.2991007
LS精密化 シェル解像度: 2.002→2.054 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 67 -
Rwork0.188 1161 -
all-1228 -
obs--79.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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