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- PDB-6llm: Biphenyl-2,3-diol-soaked terminal oxygenase of carbazole 1,9a-dio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6llm
タイトルBiphenyl-2,3-diol-soaked terminal oxygenase of carbazole 1,9a-dioxygenase
要素Terminal oxygenase component of carbazole
キーワードOXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / dioxygenase / ligand-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


: / organonitrogen compound catabolic process / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Homotrimeric ring hydroxylase, catalytic domain / Homotrimeric ring hydroxylase / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BIPHENYL-2,3-DIOL / : / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / Terminal oxygenase component of carbazole
類似検索 - 構成要素
生物種Janthinobacterium sp.
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biphenyl-2,3-diol-soaked terminal oxygenase of carbazole 1,9a-dioxygenase
著者: Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal oxygenase component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6517
ポリマ－44,9111
非ポリマー7406
水7,260403
1
A: Terminal oxygenase component of carbazole
ヘテロ分子

A: Terminal oxygenase component of carbazole
ヘテロ分子

A: Terminal oxygenase component of carbazole
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,95321
ポリマ－134,7323
非ポリマー2,22118
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_445z-1/2,-x-1/2,-y1
crystal symmetry operation12_455-y-1/2,-z,x+1/21
Buried area14400 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area43460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)130.925, 130.925, 130.925
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number198
Space group name H-MP213
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-976-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Terminal oxygenase component of carbazole


分子量: 44910.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. (strain J3) (バクテリア)
株: J3 / 遺伝子: carAa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84II6

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非ポリマー , 6種, 409分子

#2: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター


分子量: 175.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-BPY / BIPHENYL-2,3-DIOL / 2,3-ジヒドロキシビフェニル


分子量: 186.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / トリスヒドロキシメチルアミノメタン


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 403 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.46 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M MES pH 6.2-6.3, 15-20% MPD / PH範囲: 6.2-6.3

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NE3A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.79→50 Å / Num. obs: 57678 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 38.3 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Net I/σ(I): 45.9
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 1.26 / Num. unique obs: 57678

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1WW9

1ww9


解像度: 1.9→46.33 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 2.355 / SU ML: 0.067 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.109 / ESU R Free: 0.108
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2007 2751 5.2 %RANDOM
Rwork0.1711 ---
obs0.1726 50334 90.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 100.71 Å2 / Biso mean: 26.153 Å2 / Biso min: 10.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→46.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3128 0 39 403 3570
Biso mean--48.55 36.79 -
残基数----388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0143316
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172960
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7431.6644510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0241.6556947
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2215405
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.92323.115183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.85915561
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.5031518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2407
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023719
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02633
LS精密化 シェル解像度: 1.902→1.951 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.335 205 -
Rwork0.269 3557 -
all-3762 -
obs--87.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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