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- PDB-6llf: Biphenyl-2,2',3-triol-soaked resting complex of Oxy and Fd in car... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6llf
タイトルBiphenyl-2,2',3-triol-soaked resting complex of Oxy and Fd in carbazole 1,9a-dioxygenase
要素
  • Ferredoxin CarAc
  • Terminal oxygenase component of carbazole
キーワードOXIDOREDUCTASE / complex / dioxygenase / ligand-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


carbazole catabolic process / ferredoxin hydrogenase activity / dioxygenase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / oxidoreductase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Homotrimeric ring hydroxylase, catalytic domain / Homotrimeric ring hydroxylase / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulfur domain profile. / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / 3-(2-hydroxyphenyl)benzene-1,2-diol / Terminal oxygenase component of carbazole / Ferredoxin CarAc
類似検索 - 構成要素
生物種Janthinobacterium sp.
Pseudomonas resinovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.93 Å
データ登録者Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Other private 日本
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Biphenyl-2,2',3-triol-soaked resting complex of Oxy and Fd in carbazole 1,9a-dioxygenase
著者: Wang, Y.X. / Suzuki-Minakuchi, C. / Nojiri, H.
履歴
登録2019年12月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年1月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Terminal oxygenase component of carbazole
B: Terminal oxygenase component of carbazole
C: Terminal oxygenase component of carbazole
D: Ferredoxin CarAc
E: Ferredoxin CarAc
F: Ferredoxin CarAc
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)175,58541
ポリマ－172,0766
非ポリマー3,50935
水23,3651297
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20580 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area56190 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.294, 89.684, 105.021
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 104.080, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質 Terminal oxygenase component of carbazole


分子量: 44910.738 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Janthinobacterium sp. (strain J3) (バクテリア)
株: J3 / 遺伝子: carAa / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q84II6
#2: タンパク質 Ferredoxin CarAc / Carbazole 1 / 9a-dioxygenase / ferredoxin component / CARDO


分子量: 12448.059 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas resinovorans (バクテリア)
遺伝子: carAc / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8GI16

-
非ポリマー , 8種, 1332分子

#3: 化合物
ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2
#4: 化合物 ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#5: 化合物 ChemComp-WBP / 3-(2-hydroxyphenyl)benzene-1,2-diol / ビフェニル-2,2′,3-トリオ-ル


分子量: 202.206 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H10O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#8: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#9: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1297 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.05 M Bis-Tris pH 5.5 0.1 M Ammonium Acetate 12.5% w/v PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→200 Å / Num. obs: 131252 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 22.1
反射 シェル解像度: 1.94→1.97 Å / Num. unique obs: 131252 / CC1/2: 0.789

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DE5

2de5


解像度: 1.93→44.88 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.94 / SU B: 3.397 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.14 / ESU R Free: 0.132
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 6252 4.9 %RANDOM
Rwork0.1583 ---
obs0.1603 120993 96.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 89.86 Å2 / Biso mean: 24.034 Å2 / Biso min: 9.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0.01 Å2
2--0.01 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.93→44.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11715 0 196 1297 13208
Biso mean--41.94 32.25 -
残基数----1479
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.01312318
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01711215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6891.65216684
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3571.58426097
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.32451495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.06923.231653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.124152030
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1271563
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.080.21516
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213752
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022557
LS精密化 シェル解像度: 1.934→1.985 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.264 310 -
Rwork0.229 6070 -
all-6380 -
obs--65.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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