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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lk3 | ||||||
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タイトル | The Functional Characterization and Crystal Structure of Type II Peptidyl Carrier Protein ColA1a in Collismycins Biosynthesis | ||||||
要素 | Putative free-standing acyl carrier protein | ||||||
キーワード | BIOSYNTHETIC PROTEIN / Biosynthesis / ColA1a / Collismycins / NRPS / Peptidyl Carrier Protein | ||||||
機能・相同性 | Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Phosphopantetheine binding ACP domain / Putative free-standing acyl carrier protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Streptomyces sp. CS40 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Ma, X.Y. / Wang, G.Y. / Liu, T. / Chi, C.B. / Zhang, Z.Y. / Yang, D.H. / Liu, W. / Ma, M. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Chin.J.Chem. / 年: 2020 タイトル: The functional characterization and crystal structure of type II peptidyl carrier protein ColA1a in collismycins biosynthesis. 著者: Ma, X.Y. / Wang, G.Y. / Liu, T. / Chi, C.B. / Zhang, Z.Y. / Yang, D.H. / Liu, W. / Ma, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6lk3.cif.gz | 45.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6lk3.ent.gz | 31 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6lk3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6lk3_validation.pdf.gz | 431.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6lk3_full_validation.pdf.gz | 432 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6lk3_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6lk3_validation.cif.gz | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lk3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lk/6lk3 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11883.458 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces sp. CS40 (バクテリア) 遺伝子: clmP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: H1ZYT7 #2: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | The source organism is Streptomyces roseosporus NRRL 11379. So, There is no genome sequence of ...The source organism is Streptomyces roseosporus NRRL 11379. So, There is no genome sequence of Streptomyces roseosporus NRRL 11379 in the database. | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 30.87 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.2 M sodium chloride, 0.1 M Bis-Tris pH 6.25, 25% w/v polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97917 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97917 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→39.51 Å / Num. obs: 9816 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.139 / Net I/σ(I): 4.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / Rmerge(I) obs: 0.473 / Num. unique obs: 503 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→39.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.852 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 77.45 Å2 / Biso mean: 24.982 Å2 / Biso min: 9.64 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→39.51 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Rfactor Rfree error: 0
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