PDB-6lju: Crystal structure of human FABP4 in complex with a novel inhibitor

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lju

タイトル

Crystal structure of human FABP4 in complex with a novel inhibitor

要素

Fatty acid-binding protein, adipocyte

キーワード

LIPID BINDING PROTEIN / FABP4 / inhibitor / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

hormone receptor binding / long-chain fatty acid transmembrane transporter activity / cellular response to lithium ion / long-chain fatty acid binding / Triglyceride catabolism / white fat cell differentiation / long-chain fatty acid transport / brown fat cell differentiation / fatty acid transport / lipid droplet ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Su, H.X. / Zhang, X.L. / Li, M.J. / Xu, Y.C.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Exploration of Fragment Binding Poses Leading to Efficient Discovery of Highly Potent and Orally Effective Inhibitors of FABP4 for Anti-inflammation.
著者: Su, H. / Zou, Y. / Chen, G. / Dou, H. / Xie, H. / Yuan, X. / Zhang, X. / Zhang, N. / Li, M. / Xu, Y.

履歴

登録	2019年12月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lju.cif.gz	76.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lju.ent.gz	53.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lju.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lju_validation.pdf.gz	791.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lju_full_validation.pdf.gz	791 KB	表示
XML形式データ	6lju_validation.xml.gz	8.5 KB	表示
CIF形式データ	6lju_validation.cif.gz	11.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/6lju ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lj/6lju	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ljsC 6ljtC 6ljvC 6ljwC 6ljxC 4nntS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ljv-d 6ljs-d 6ljt-d 6ljx-d 6ljw-d 5d48-d 1c7h-d 5if6-2 6f50-2 5y0x-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (3) #78 - 2006年6月ルシフェラーゼ (Luciferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fatty acid-binding protein, adipocyte

ヘテロ分子

17.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.388, 53.844, 75.294
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Fatty acid-binding protein, adipocyte / Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty ...Adipocyte lipid-binding protein / ALBP / Adipocyte-type fatty acid-binding protein / AFABP / Fatty acid-binding protein 4 分子量: 16911.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: FABP4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P15090
#2: 化合物	ChemComp-EHU / 2-[[3-chloranyl-4-(methylamino)-2-phenyl-phenyl]amino]benzoic acid 分子量: 352.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇ClN₂O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.94 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.63 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.6M trisodium citrate, PH 6.5

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月18日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 29706 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 11.8 % / B_iso Wilson estimate: 13.73 Å² / R_merge(I) obs: 0.067 / R_pim(I) all: 0.02 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.955 / Net I/σ(I): 8 / Num. measured all: 351734

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.35-1.37	8.5	0.597	1396	0.87	0.21	0.635	0.945	96.2
1.37-1.4	9.6	0.6	1467	0.872	0.2	0.635	0.96	99.1
1.4-1.43	10.3	0.539	1443	0.937	0.176	0.568	0.934	98.8
1.43-1.45	10.8	0.5	1429	0.945	0.16	0.526	0.94	99.8
1.45-1.49	11.1	0.502	1484	0.946	0.159	0.527	0.942	100
1.49-1.52	11.3	0.437	1453	0.974	0.136	0.458	0.948	100
1.52-1.56	11.2	0.389	1471	0.973	0.121	0.408	1.025	99.7
1.56-1.6	11	0.337	1479	0.981	0.106	0.353	1.031	100
1.6-1.65	12.8	0.317	1468	0.987	0.092	0.33	0.988	100
1.65-1.7	13	0.306	1479	0.99	0.088	0.319	0.978	100
1.7-1.76	12.9	0.24	1471	0.993	0.069	0.25	0.991	100
1.76-1.83	13	0.203	1478	0.996	0.058	0.211	1.008	100
1.83-1.92	12.7	0.149	1502	0.997	0.043	0.156	1.01	100
1.92-2.02	11.7	0.111	1481	0.998	0.034	0.116	1.033	100
2.02-2.14	13.5	0.09	1470	0.999	0.025	0.093	0.967	100
2.14-2.31	13.3	0.078	1519	0.999	0.022	0.081	1.057	100
2.31-2.54	13	0.063	1495	0.999	0.018	0.065	0.903	100
2.54-2.91	11.7	0.052	1530	0.999	0.016	0.054	0.889	100
2.91-3.66	13.3	0.037	1546	0.999	0.011	0.039	0.849	100
3.66-50	11.7	0.031	1645	0.999	0.009	0.032	0.717	99.9

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	4.81 Å	37.51 Å
Translation	4.81 Å	37.51 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4NNT

4nnt

解像度: 1.5→43.797 Å / SU ML: 0.1 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.1 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2001	1095	5.08 %
R_work	0.1752	20468	-
obs	0.1765	21563	99.01 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 65.17 Å² / B_iso mean: 18.6562 Å² / B_iso min: 7.52 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.5→43.797 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1060	0	29	121	1210
B_iso mean	-	-	25.43	29.59	-
残基数	-	-	-	-	136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	1104
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.728	1481
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	167
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.178	674

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.5-1.5683	0.2357	120	0.1857	2368	93
1.5683-1.651	0.2153	110	0.1851	2524	99
1.651-1.7544	0.1908	114	0.1912	2569	100
1.7544-1.8899	0.2151	141	0.1711	2544	100
1.8899-2.08	0.2017	138	0.1665	2566	100
2.08-2.381	0.189	160	0.1703	2549	100
2.381-2.9997	0.237	155	0.1864	2620	100
2.9997-43.797	0.1775	157	0.1694	2728	100

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 7.649 Å / Origin y: -9.9049 Å / Origin z: -14.7573 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0723 Å²	0.0013 Å²	-0.0104 Å²	-	0.0878 Å²	0.0003 Å²	-	-	0.0856 Å²
L	0.8263 °²	-0.0979 °²	-0.3858 °²	-	1.4331 °²	-0.1958 °²	-	-	0.7884 °²
S	0.0093 Å °	-0.0005 Å °	-0.0011 Å °	-0.0345 Å °	0.0511 Å °	0.0123 Å °	-0.0118 Å °	-0.0008 Å °	-0.0517 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	-4 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	1
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 130
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	131
5	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	132
6	X-RAY DIFFRACTION	1	all	C	1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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