PDB-6liu: Crystal structure of apo Tyrosine decarboxylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6liu

タイトル

Crystal structure of apo Tyrosine decarboxylase

要素

Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

キーワード

LYASE / apo form / decarboxylase / PLP binding / tyrosine

機能・相同性

機能・相同性情報

L-dopa decarboxylase activity / 5-hydroxy-L-tryptophan decarboxylase activity / tyrosine decarboxylase / tyrosine decarboxylase activity / aromatic-L-amino-acid decarboxylase / carboxylic acid metabolic process / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Papaver somniferum (ケシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Yu, J. / Wang, H. / Yao, M.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019
タイトル: Crystal structures clarify cofactor binding of plant tyrosine decarboxylase.
著者: Wang, H. / Yu, J. / Satoh, Y. / Nakagawa, Y. / Tanaka, R. / Kato, K. / Yao, M.

履歴

登録	2019年12月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年2月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6liu.cif.gz	578.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6liu.ent.gz	440.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6liu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6liu_validation.pdf.gz	490 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6liu_full_validation.pdf.gz	559.1 KB	表示
XML形式データ	6liu_validation.xml.gz	95.3 KB	表示
CIF形式データ	6liu_validation.cif.gz	128.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6liu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6liu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6livC 1js3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6liv-1 2jis-d 6eeq-1 6khn-d 6zek-2 6zek-1 6liv-3 4obv-2 3qjx-d 5mfs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

B: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

C: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

D: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

E: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

F: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

357 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

B: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

D: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

F: Tyrosine/DOPA decarboxylase 2

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
119 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	118.043, 180.864, 217.159
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	Tyrosine/DOPA decarboxylase 2 分子量: 59423.602 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Papaver somniferum (ケシ) / 遺伝子: TYDC2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P54769, aromatic-L-amino-acid decarboxylase, tyrosine decarboxylase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.25 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium malonate, HEPES, Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年6月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 114951 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 52.3 Å² / CC_1/2: 0.992 / R_rim(I) all: 0.221 / Net I/σ(I): 7.37
反射シェル	解像度: 2.8→2.97 Å / 冗長度: 7.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 18254 / CC_1/2: 0.816 / R_rim(I) all: 0.98 / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX		モデル構築
PHENIX	1.16_3549	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1JS3

1js3

解像度: 2.8→48.13 Å / SU ML: 0.3411 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.6475
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2796	5747	5.01 %
R_work	0.2415	109054	-
obs	0.2434	114801	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 56.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→48.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21935	0	0	124	22059

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0055	22475
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7162	30513
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.1345	3410
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0046	3881
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.279	8093

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.83	0.3591	193	0.3149	3474	X-RAY DIFFRACTION	96.86
2.83-2.86	0.3111	193	0.2899	3620	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.86-2.9	0.3603	182	0.2873	3570	X-RAY DIFFRACTION	99.92
2.9-2.94	0.2979	188	0.2712	3610	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.94-2.97	0.3367	194	0.2697	3640	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.97-3.01	0.287	185	0.2576	3585	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.01-3.06	0.3017	194	0.259	3591	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.06-3.1	0.3326	196	0.2684	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.1-3.15	0.3146	185	0.273	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
3.15-3.2	0.3004	185	0.2643	3628	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.2-3.26	0.295	189	0.2654	3609	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.26-3.32	0.3203	195	0.2542	3603	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.32-3.38	0.3247	192	0.2459	3627	X-RAY DIFFRACTION	99.9
3.38-3.45	0.3039	189	0.2443	3598	X-RAY DIFFRACTION	99.95
3.45-3.53	0.2912	190	0.2372	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
3.53-3.61	0.2798	187	0.2358	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.92
3.61-3.7	0.2722	195	0.2282	3635	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.7-3.8	0.2557	187	0.2248	3633	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.8-3.91	0.2706	198	0.2326	3616	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.91-4.04	0.3026	184	0.2296	3634	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.04-4.18	0.2708	193	0.2187	3642	X-RAY DIFFRACTION	100
4.18-4.35	0.2421	190	0.223	3645	X-RAY DIFFRACTION	99.95
4.35-4.54	0.2522	194	0.2228	3659	X-RAY DIFFRACTION	99.97
4.54-4.78	0.2486	191	0.214	3655	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.78-5.08	0.2477	192	0.226	3645	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.08-5.48	0.2643	196	0.2428	3686	X-RAY DIFFRACTION	99.97
5.48-6.03	0.3047	194	0.2549	3713	X-RAY DIFFRACTION	99.92
6.03-6.89	0.3115	196	0.262	3689	X-RAY DIFFRACTION	99.87
6.89-8.68	0.2437	197	0.2317	3762	X-RAY DIFFRACTION	99.9
8.68-48.13	0.2533	203	0.2426	3823	X-RAY DIFFRACTION	97.69

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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