PDB-6li7: Crystal Structure of Lectin from Pleurotus ostreatus in complex w...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6li7

タイトル

Crystal Structure of Lectin from Pleurotus ostreatus in complex with GalNAc

要素

Lectin

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Mushroom Lectin / Pleurotus ostreatus Lectin / Carbohydrate Binding Module / C-type letin / Calcium binding protein

機能・相同性

metal ion binding / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / Lectin

機能・相同性情報

生物種

Pleurotus ostreatus (ヒラタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.098 Å

データ登録者

Vajravijayan, S. / Pletnev, S. / Luo, Z. / Ankur, T. / Gunasekaran, K. / Nandhagopal, N.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2020
タイトル: Crystallographic and calorimetric analysis on Pleurotus ostreatus lectin and its sugar complexes - promiscuous binding driven by geometry.
著者: Vajravijayan, S. / Pletnev, S. / Luo, Z. / Pletnev, V.Z. / Nandhagopal, N. / Gunasekaran, K.

履歴

登録	2019年12月10日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年8月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6li7.cif.gz	91.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6li7.ent.gz	64.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6li7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6li7_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6li7_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	6li7_validation.xml.gz	18.7 KB	表示
CIF形式データ	6li7_validation.cif.gz	26.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6li7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/li/6li7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kbjC 6kbqC 6kc2C 6likC 3w5nS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kbj-d 2v6n-d 5rfy-d 5reb-d 2bx4-d 5rhc-d 7jvz-d 2z9g-d 5re8-d 7ar5-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lectin

ヘテロ分子

40.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: light scattering, Monomer

単位格子

Length a, b, c (Å)	152.273, 152.273, 145.975
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Lectin / Lectin 1 分子量: 39004.953 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Pleurotus ostreatus (ヒラタケ) / 参照: UniProt: E7E2M2

-
糖 , 2種, 4分子

#2: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#5: 糖

ChemComp-NGA / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactopyranose / N-acetyl-beta-D-galactosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-D-galactose / 2-acetamido-2-deoxy-galactose / N-ACETYL-D-GALACTOSAMINE / 2-(アセチルアミノ)-2-デオキシ-β-D-ガラクトピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGalpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-galactopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GalpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GalNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 3種, 226分子

#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 6.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 80.36 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.9M Na2HPO4/K2HPO4, pH 5.5, 33% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 0.99 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月2日 / 詳細: Si 111. Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.99 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.098→30 Å / Num. obs: 58637 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5 % / CC_1/2: 0.996 / Net I/σ(I): 16.3
反射シェル	解像度: 2.1→2.18 Å / Num. unique obs: 5767 / CC_1/2: 0.996

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W5N

3w5n

解像度: 2.098→29.642 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.949 / SU B: 3.054 / SU ML: 0.077 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.102 / ESU R Free: 0.098 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2055	2000	3.411 %
R_work	0.1927	-	-
all	0.193	-	-
obs	-	58628	99.899 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.103 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.006 Å²	0.003 Å²	0 Å²
2-	-	0.006 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.019 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.098→29.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2505	0	113	222	2840

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.013	2695
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	2402
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.098	1.69	3699
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.469	1.61	5582
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	10.495	5	336
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.148	23.333	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.688	15	349
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.108	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.089	0.2	389
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	3001
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	544
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	449
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.198	0.2	2238
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1351
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.098	0.2	1281
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.207	0.2	166
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.101	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.1	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.069	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.144	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	5
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.922	3.12	1347
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.921	3.121	1346
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.861	4.667	1682
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.86	4.667	1683
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.601	3.649	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.6	3.65	1349
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.244	5.302	2017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.242	5.303	2018
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.483	40.065	2929
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.307	39.46	2886

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.098-2.153	0.273	146	0.261	4130	X-RAY DIFFRACTION	99.9766
2.153-2.212	0.264	143	0.255	4026	X-RAY DIFFRACTION	100
2.212-2.276	0.275	136	0.235	3886	X-RAY DIFFRACTION	99.9751
2.276-2.346	0.252	136	0.237	3820	X-RAY DIFFRACTION	99.9242
2.346-2.423	0.256	129	0.233	3685	X-RAY DIFFRACTION	99.9476
2.423-2.508	0.251	126	0.242	3559	X-RAY DIFFRACTION	99.9729
2.508-2.602	0.229	122	0.223	3465	X-RAY DIFFRACTION	100
2.602-2.709	0.203	118	0.206	3332	X-RAY DIFFRACTION	99.971
2.709-2.829	0.224	112	0.202	3180	X-RAY DIFFRACTION	99.9696
2.829-2.967	0.205	109	0.202	3079	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
2.967-3.127	0.22	103	0.192	2917	X-RAY DIFFRACTION	100
3.127-3.317	0.204	98	0.195	2784	X-RAY DIFFRACTION	100
3.317-3.546	0.273	93	0.196	2613	X-RAY DIFFRACTION	99.9631
3.546-3.83	0.179	86	0.192	2446	X-RAY DIFFRACTION	100
3.83-4.195	0.158	80	0.158	2258	X-RAY DIFFRACTION	100
4.195-4.689	0.135	73	0.131	2058	X-RAY DIFFRACTION	99.4865
4.689-5.414	0.152	65	0.145	1834	X-RAY DIFFRACTION	100
5.414-6.628	0.188	55	0.168	1581	X-RAY DIFFRACTION	100
6.628-9.361	0.178	44	0.157	1251	X-RAY DIFFRACTION	100
9.361-29.5	0.225	26	0.249	724	X-RAY DIFFRACTION	95.4198

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