PDB-6lhj: Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lhj

タイトル

Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with C452 (compound 16) and NADPH

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhinitor / antifolate / dyhydrofolate reductase / plasmodium falciparum / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Flexible diaminodihydrotriazine inhibitors of Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase: Binding strengths, modes of binding and their antimalarial activities.
著者: Kamchonwongpaisan, S. / Charoensetakul, N. / Srisuwannaket, C. / Taweechai, S. / Rattanajak, R. / Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D. / Arwon, U. / Thongpanchang, C. / Tarnchompoo, B. / ...

履歴

登録	2019年12月9日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年11月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lhj.cif.gz	265.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lhj.ent.gz	203.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lhj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lhj_validation.pdf.gz	2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lhj_full_validation.pdf.gz	2 MB	表示
XML形式データ	6lhj_validation.xml.gz	49.6 KB	表示
CIF形式データ	6lhj_validation.cif.gz	71.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/6lhj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lh/6lhj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6leuC 6levC 6lezC 6lh9C 6lhiC 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1j3j-d 1j3k-d 1j3i-d 6a2n-d 3um8-d 7ctw-d 4dpd-d 6kpr-d 3um5-d 3um6-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (7) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

147 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.277, 156.483, 164.449
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170

-
非ポリマー , 5種, 715分子

#2: 化合物	ChemComp-EA6 / 1-[3-(2-chloranyl-4-fluoranyl-phenoxy)propoxy]-6,6-dimethyl-1,3,5-triazine-2,4-diamine 分子量: 343.784 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₄H₁₉ClFN₅O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 708 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.56 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.99 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 0.1M sodium acetate, pH 4.6, 0.2M ammonium acetate, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→10 Å / Num. obs: 58202 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.7 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 2.4→2.47 Å / Num. unique obs: 4264 / CC_1/2: 0.616

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DP3

4dp3

解像度: 2.4→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / SU B: 7.878 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.218 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2026	2781	4.998 %
R_work	0.1728	-	-
all	0.174	-	-
obs	-	55641	94.605 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 45.957 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.96 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.008 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.951 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9036	0	188	708	9932

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	9453
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	8564
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.696	1.66	12794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.268	1.588	19942
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.797	5	1083
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.812	23.666	521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.129	15	1685
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.477	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.077	0.2	1214
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	1.326	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	10303
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1991
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.194	0.2	8371
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	4377
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.079	0.2	4053
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.249	0.2	648
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.176	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.194	0.2	31
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.244	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.278	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.655	4.758	4350
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.655	4.757	4349
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	5.55	7.114	5427
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	5.549	7.115	5428
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.844	5.068	5103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.843	5.068	5104
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.882	7.442	7367
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.882	7.443	7368
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.779	53.842	10919
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.779	53.844	10920

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.4-2.459	0.341	159	0.331	3126	0.332	4039	0.775	0.75	81.332	0.324
2.459-2.522	0.324	164	0.309	3289	0.31	3953	0.756	0.776	87.3514	0.295
2.522-2.59	0.297	173	0.295	3322	0.295	3847	0.789	0.795	90.85	0.277
2.59-2.664	0.276	179	0.272	3275	0.272	3720	0.853	0.845	92.8495	0.249
2.664-2.745	0.266	187	0.243	3356	0.244	3674	0.88	0.886	96.4344	0.217
2.745-2.834	0.261	168	0.232	3254	0.234	3529	0.887	0.892	96.968	0.2
2.834-2.932	0.236	163	0.198	3189	0.2	3409	0.917	0.924	98.3279	0.169
2.932-3.041	0.254	166	0.188	3144	0.191	3323	0.923	0.937	99.6088	0.155
3.041-3.162	0.212	171	0.168	3039	0.17	3215	0.941	0.955	99.8445	0.143
3.162-3.3	0.177	150	0.146	2901	0.148	3055	0.964	0.969	99.8691	0.128
3.3-3.458	0.194	132	0.16	2791	0.162	2931	0.954	0.962	99.7271	0.143
3.458-3.641	0.209	132	0.156	2689	0.158	2828	0.961	0.969	99.7525	0.143
3.641-3.856	0.161	146	0.142	2524	0.143	2679	0.97	0.976	99.6641	0.132
3.856-4.114	0.17	119	0.146	2400	0.147	2526	0.968	0.973	99.7229	0.136
4.114-4.432	0.153	126	0.124	2225	0.125	2353	0.975	0.98	99.915	0.117
4.432-4.838	0.147	122	0.119	2072	0.12	2195	0.978	0.981	99.9544	0.115
4.838-5.381	0.168	84	0.143	1906	0.145	1990	0.969	0.975	100	0.135
5.381-6.159	0.209	103	0.163	1685	0.166	1789	0.961	0.97	99.9441	0.151
6.159-7.417	0.167	70	0.155	1480	0.156	1550	0.969	0.972	100	0.146
7.417-10	0.17	67	0.137	1190	0.139	1257	0.976	0.98	100	0.141

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