PDB-6lfh: X-ray crystal structure of chemically synthesized human lysozyme

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lfh

タイトル

X-ray crystal structure of chemically synthesized human lysozyme

要素

Lysozyme C

キーワード

HYDROLASE / Human lysozyme / chemical protein synthesis / one-pot native chemical ligation

機能・相同性

機能・相同性情報

antimicrobial humoral response / Antimicrobial peptides / metabolic process / specific granule lumen / azurophil granule lumen / tertiary granule lumen / lysozyme / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / killing of cells of another organism ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.46 Å

データ登録者

Kar, A. / Das, A. / Mandal, K.

資金援助

インド, 1件

引用

ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2020
タイトル: Efficient Chemical Protein Synthesis using Fmoc-Masked N-Terminal Cysteine in Peptide Thioester Segments.
著者: Kar, A. / Mannuthodikayil, J. / Singh, S. / Biswas, A. / Dubey, P. / Das, A. / Mandal, K.

履歴

登録	2019年12月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年3月17日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lfh.cif.gz	77.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lfh.ent.gz	54.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lfh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lfh_validation.pdf.gz	411.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lfh_full_validation.pdf.gz	411.6 KB	表示
XML形式データ	6lfh_validation.xml.gz	9.5 KB	表示
CIF形式データ	6lfh_validation.cif.gz	13.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lf/6lfh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2nwdS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1iww-d 1ix0-d 1gf9-d 1u79-3 1gfg-d 2zwb-d 2bqf-d 1b5x-d 1iwx-d 2zij-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#162 - 2013年6月ダームシジン (Dermcidin) 類似性 (1) #193 - 2016年1月シデロカリン (Siderocalin) 類似性 (1)

登録構造単位

X: Lysozyme C

ヘテロ分子

15 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: mass spectrometry

単位格子

Length a, b, c (Å)	32.950, 56.410, 61.220
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Lysozyme C / 1 / 4-beta-N-acetylmuramidase C 分子量: 14720.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Chemical Synthesis / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61626, lysozyme
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 213 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.93 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.35 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5 詳細: Lysozyme sample (14 mg/mL) in 2.5 mM HEPES, 0.12 M lithium chloride mixed with reservoir solution containing 30 mM sodium phosphate, 2.5 M sodium chloride

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来: LIQUID ANODE / タイプ: Excillum MetalJet D2+ 70 kV / 波長: 1.34 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 R 1M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月5日 / 詳細: AXO MIRRORS for GALLIUM K-APLHA

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1.34 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.46→30.61 Å / Num. obs: 19745 / % possible obs: 96.9 % / 冗長度: 9.228 % / B_iso Wilson estimate: 21.355 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_rim(I) all: 0.047 / Χ²: 0.985 / Net I/σ(I): 31.37 / Num. measured all: 182201 / Scaling rejects: 52

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.46-1.5	3.352	0.704	2.03	3523	1512	1051	0.724	0.838	69.5
1.5-1.54	4.484	0.453	4.3	6063	1422	1352	0.931	0.514	95.1
1.54-1.59	4.85	0.329	6.32	6679	1400	1377	0.954	0.369	98.4
1.59-1.64	5.041	0.25	8.53	6841	1374	1357	0.974	0.279	98.8
1.64-1.69	5.587	0.177	12.23	7252	1312	1298	0.988	0.195	98.9
1.69-1.75	6.326	0.147	15.53	8103	1285	1281	0.991	0.161	99.7
1.75-1.81	8.617	0.116	21.98	10737	1252	1246	0.997	0.123	99.5
1.81-1.89	11.769	0.104	27.53	13876	1182	1179	0.998	0.109	99.7
1.89-1.97	13.106	0.078	34.42	15124	1155	1154	0.999	0.081	99.9
1.97-2.07	13.102	0.062	40.45	14386	1101	1098	0.999	0.064	99.7
2.07-2.18	13.078	0.05	46.72	13928	1065	1065	0.999	0.052	100
2.18-2.31	12.824	0.047	49.3	12696	990	990	0.999	0.049	100
2.31-2.47	12.592	0.043	52.8	11723	932	931	0.999	0.045	99.9
2.47-2.67	12.11	0.042	53.38	10608	880	876	0.999	0.044	99.5
2.67-2.92	10.716	0.039	54.21	8541	811	797	0.999	0.041	98.3
2.92-3.27	9.672	0.038	57.07	7206	749	745	0.999	0.04	99.5
3.27-3.78	13.43	0.03	69.61	8931	669	665	1	0.031	99.4
3.78-4.62	13.329	0.029	69.95	7571	568	568	0.999	0.03	100
4.62-6.54	12.667	0.031	65.64	5738	454	453	1	0.032	99.8
6.54-30.61	10.21	0.031	59	2675	272	262	0.999	0.032	96.3

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.17.1	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2NWD

2nwd

解像度: 1.46→30.61 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.22 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1957	989	5.01 %
R_work	0.1617	18735	-
obs	0.1634	19724	96.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 75.05 Å² / B_iso mean: 19.1047 Å² / B_iso min: 7.58 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.46→30.61 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1029	0	8	213	1250
B_iso mean	-	-	21.04	31.4	-
残基数	-	-	-	-	130

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.46-1.54	0.294	118	0.2753	2203	2321	81
1.54-1.64	0.2485	141	0.1944	2703	2844	99
1.64-1.76	0.1938	142	0.1585	2696	2838	99
1.76-1.94	0.1902	149	0.158	2719	2868	100
1.94-2.22	0.1768	148	0.149	2743	2891	100
2.22-2.8	0.2152	139	0.166	2789	2928	100
2.8-30.61	0.1776	152	0.1512	2882	3034	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.098	-0.5101	0.3527	2.9112	0.9722	2.358	-0.0768	-0.1847	0.001	0.1909	0.0076	0.2055	0.0293	-0.043	0.0441	0.075	-0.0011	0.0105	0.0929	0.0165	0.051	-11.61	11.2462	-4.1523
2	0.8344	0.2862	-0.0098	2.3913	0.2013	1.6263	0.0562	-0.0453	-0.0357	-0.0165	-0.0241	0.0072	-0.0715	-0.0926	-0.0116	0.0766	0.0098	0.006	0.0894	0.0063	0.0729	-6.2754	19.0347	-11.8024
3	1.9075	-0.5556	-2.4206	0.2143	0.7257	4.5086	-0.1551	0.2533	-0.109	-0.1664	-0.0785	0.0085	0.2827	-0.1104	0.2013	0.2193	-0.0173	0.0316	0.1814	-0.0072	0.1304	-6.7485	4.29	-23.2154
4	2.1639	-0.7381	-0.5397	1.4059	0.7616	1.1681	0.2477	0.1402	0.3613	-0.3319	0.0029	-0.4472	-0.1749	0.0772	-0.1953	0.1751	-0.005	0.0653	0.1232	-0.0027	0.1639	3.1305	7.2217	-22.4606
5	0.8296	-0.2476	0.5045	1.9123	-0.1108	0.8772	-0.0511	0.0682	0.084	-0.1321	0.0301	-0.1436	-0.0564	-0.0034	0.0203	0.1092	0.0003	0.0106	0.1104	0.0056	0.0916	-3.7095	16.4217	-17.1616
6	1.5323	-0.714	-0.4594	4.7457	0.0977	2.5769	0.1725	-0.0655	0.3586	-0.0745	-0.0645	0.3144	-0.6206	-0.5002	-0.0699	0.2102	0.0591	0.0393	0.1976	-0.0005	0.2089	-17.1772	21.9049	-6.383

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'X' and (resid 1 through 14 )	X	1 - 14
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'X' and (resid 15 through 36 )	X	15 - 36
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'X' and (resid 37 through 50 )	X	37 - 50
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'X' and (resid 51 through 79 )	X	51 - 79
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'X' and (resid 80 through 121 )	X	80 - 121
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'X' and (resid 122 through 130 )	X	122 - 130

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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