PDB-6lez: Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lez

タイトル

Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with compound 46 and NADPH

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhinitor / antifolate / dyhydrofolate reductase / plasmodium falciparum / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.644 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Flexible diaminodihydrotriazine inhibitors of Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase: Binding strengths, modes of binding and their antimalarial activities.
著者: Kamchonwongpaisan, S. / Charoensetakul, N. / Srisuwannaket, C. / Taweechai, S. / Rattanajak, R. / Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D. / Arwon, U. / Thongpanchang, C. / Tarnchompoo, B. / ...

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lez.cif.gz	240.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lez.ent.gz	185.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lez.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lez_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lez_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6lez_validation.xml.gz	40.6 KB	表示
CIF形式データ	6lez_validation.cif.gz	54.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lez ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lez	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6leuC 6levC 6lh9C 6lhiC 6lhjC 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lev-d 6lh9-d 6lhi-d 4dpd-d 6kp7-d 3um5-d 3dg8-d 6kot-d 6a2k-d 6a2m-d 6a2l-d 4dph-d 3um6-d 4dp3-d 6kpr-d 1j3j-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (7) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.703, 155.878, 164.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 変異: N51I, C59R, S108N, I164L / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170
#2: 化合物	ChemComp-EA0 / 2-[[4,6-bis(azanyl)-2,2-dimethyl-1,3,5-triazin-1-yl]oxy]-N-(4-chlorophenyl)ethanamide 分子量: 324.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇ClN₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 mM sodium acetate, pH 4.6, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→10 Å / Num. obs: 45387 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.64→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.445 / Num. unique obs: 6232

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
DENZO		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DP3

4dp3

解像度: 2.644→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 13.155 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / ESU R: 1.394 / ESU R Free: 0.374 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2714	1915	4.908 %
R_work	0.1876	-	-
all	0.192	-	-
obs	-	39019	87.813 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.938 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.883 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.891 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.992 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.644→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8747	0	150	59	8956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.013	9111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	8268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.718	1.666	12333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.215	1.596	19224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.478	5	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.816	23.598	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.414	15	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.435	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.952	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.212	0.2	1804
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	8257
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.176	0.2	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4129
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.179	0.2	231
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.082	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.246	0.2	22
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.269	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.113	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.595	5.286	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.594	5.285	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.184	7.895	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.183	7.896	5221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.391	5.652	4921
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.387	5.65	4915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.849	8.326	7113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.848	8.328	7107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.775	59.091	10081
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.778	59.097	10080

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.644-2.708	0.39	111	0.308	2310	0.312	3001	0.707	0.747	80.6731	0.28
2.708-2.776	0.365	106	0.279	2368	0.282	2938	0.787	0.815	84.2069	0.245
2.776-2.85	0.349	116	0.257	2367	0.261	2867	0.814	0.852	86.6062	0.22
2.85-2.931	0.303	145	0.239	2287	0.243	2783	0.858	0.873	87.3877	0.201
2.931-3.018	0.365	138	0.24	2288	0.246	2740	0.821	0.877	88.5401	0.203
3.018-3.114	0.343	110	0.233	2210	0.238	2628	0.839	0.878	88.2801	0.201
3.114-3.219	0.276	127	0.207	2146	0.211	2578	0.886	0.91	88.1691	0.176
3.219-3.337	0.263	105	0.193	2098	0.196	2463	0.912	0.927	89.4438	0.166
3.337-3.467	0.273	104	0.197	2015	0.201	2395	0.907	0.928	88.476	0.177
3.467-3.615	0.262	124	0.195	1912	0.199	2316	0.906	0.928	87.9102	0.18
3.615-3.783	0.266	96	0.193	1860	0.197	2203	0.916	0.932	88.788	0.18
3.783-3.977	0.245	76	0.175	1806	0.178	2109	0.919	0.94	89.2366	0.167
3.977-4.205	0.272	69	0.17	1817	0.174	2017	0.911	0.948	93.5052	0.163
4.205-4.476	0.21	98	0.137	1767	0.141	1903	0.947	0.964	98.0032	0.135
4.476-4.808	0.254	72	0.142	1659	0.146	1784	0.94	0.962	97.0292	0.141
4.808-5.226	0.215	70	0.146	1549	0.149	1658	0.952	0.961	97.6478	0.145
5.226-5.778	0.26	72	0.169	1417	0.174	1535	0.932	0.948	97.0033	0.166
5.778-6.551	0.311	69	0.195	1254	0.201	1361	0.904	0.931	97.2079	0.19
6.551-7.749	0.27	54	0.176	1101	0.18	1209	0.921	0.948	95.5335	0.177
7.749-10	0.214	53	0.158	874	0.161	998	0.96	0.97	92.8858	0.169

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