PDB-6lev: Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum di...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6lev

タイトル

Quadruple mutant (N51I+C59R+S108N+I164L) plasmodium falciparum dihydrofolate reductase-thymidylate synthase (PfDHFR-TS) complexed with compound 46 and NADPH

要素

Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Inhinitor / antifolate / dyhydrofolate reductase / plasmodium falciparum / ANTIBIOTIC

機能・相同性

機能・相同性情報

thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dihydrofolate reductase activity / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / methylation / nucleotide binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.644 Å

データ登録者

Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D.

資金援助

タイ, 1件

引用

ジャーナル: Eur.J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Flexible diaminodihydrotriazine inhibitors of Plasmodium falciparum dihydrofolate reductase: Binding strengths, modes of binding and their antimalarial activities.
著者: Kamchonwongpaisan, S. / Charoensetakul, N. / Srisuwannaket, C. / Taweechai, S. / Rattanajak, R. / Vanichtanankul, J. / Vitsupakorn, D. / Arwon, U. / Thongpanchang, C. / Tarnchompoo, B. / ...

履歴

登録	2019年11月27日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6lev.cif.gz	240.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6lev.ent.gz	185.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6lev.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6lev_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6lev_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6lev_validation.xml.gz	40.9 KB	表示
CIF形式データ	6lev_validation.cif.gz	55.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/le/6lev	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6leuC 6lezC 6lh9C 6lhiC 6lhjC 4dp3S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6lez-d 6kp7-d 6lh9-d 6lhi-d 4dpd-d 4dp3-d 4dph-d 6a2m-d 6kot-d 6leu-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#34 - 2002年10月ジヒドロ葉酸還元酵素 (Dihydrofolate Reductase) 類似性 (7) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

B: Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase

ヘテロ分子

146 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.703, 155.878, 164.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Bifunctional dihydrofolate reductase-thymidylate synthase 分子量: 71908.133 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: DHFR-TS, V1/S / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D9N170
#2: 化合物	ChemComp-EA0 / 2-[[4,6-bis(azanyl)-2,2-dimethyl-1,3,5-triazin-1-yl]oxy]-N-(4-chlorophenyl)ethanamide 分子量: 324.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₃H₁₇ClN₆O₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH 分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₀N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 59 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.64 %
結晶化	温度: 297 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.6 詳細: 0.1 mM sodium acetate pH 4.6, 25% (w/v) PEG 4000, 0.2 M ammonium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: Nonius Kappa CCD / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→10 Å / Num. obs: 45357 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Net I/σ(I): 10.8
反射シェル	解像度: 2.64→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.445 / Num. unique obs: 6232

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
Coot		モデル構築
HKL-2000		データスケーリング
DENZO		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4DP3

4dp3

解像度: 2.644→10 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.951 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.897 / SU B: 13.149 / SU ML: 0.27 / 交差検証法: NONE / ESU R: 1.391 / ESU R Free: 0.375 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2716	1915	4.908 %
R_work	0.1873	-	-
all	0.191	-	-
obs	-	39019	87.813 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.814 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	3.868 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.901 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.967 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.644→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8747	0	150	59	8956

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	9111
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.017	8268
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	1.666	12333
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.227	1.596	19224
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.555	5	1040
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.94	23.598	503
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.54	15	1614
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.764	15	38
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.109	0.2	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.947	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	9928
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1956
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.215	0.2	1826
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	8334
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	4285
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.078	0.2	4273
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.18	0.2	232
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.094	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.254	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.275	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.114	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.66	5.264	4190
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.659	5.263	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.259	7.862	5220
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.258	7.863	5221
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.505	5.641	4921
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.501	5.639	4915
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.991	8.307	7113
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.991	8.309	7107
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	9.939	58.967	10100
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	9.942	58.973	10099

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.644-2.708	0.396	111	0.306	2310	X-RAY DIFFRACTION	80.6731
2.708-2.776	0.369	106	0.279	2368	X-RAY DIFFRACTION	84.2069
2.776-2.85	0.355	116	0.256	2367	X-RAY DIFFRACTION	86.6062
2.85-2.931	0.305	145	0.238	2287	X-RAY DIFFRACTION	87.3877
2.931-3.018	0.363	138	0.24	2288	X-RAY DIFFRACTION	88.5401
3.018-3.114	0.341	110	0.233	2210	X-RAY DIFFRACTION	88.2801
3.114-3.219	0.267	127	0.205	2146	X-RAY DIFFRACTION	88.1691
3.219-3.337	0.263	105	0.192	2098	X-RAY DIFFRACTION	89.4438
3.337-3.467	0.273	104	0.197	2015	X-RAY DIFFRACTION	88.476
3.467-3.615	0.262	124	0.194	1912	X-RAY DIFFRACTION	87.9102
3.615-3.783	0.261	96	0.193	1860	X-RAY DIFFRACTION	88.788
3.783-3.977	0.243	76	0.175	1806	X-RAY DIFFRACTION	89.2366
3.977-4.205	0.272	69	0.17	1817	X-RAY DIFFRACTION	93.5052
4.205-4.476	0.211	98	0.137	1767	X-RAY DIFFRACTION	98.0032
4.476-4.808	0.256	72	0.142	1659	X-RAY DIFFRACTION	97.0292
4.808-5.226	0.213	70	0.145	1549	X-RAY DIFFRACTION	97.6478
5.226-5.778	0.263	72	0.169	1417	X-RAY DIFFRACTION	97.0033
5.778-6.551	0.317	69	0.196	1254	X-RAY DIFFRACTION	97.2079
6.551-7.749	0.275	54	0.179	1101	X-RAY DIFFRACTION	95.5335
7.749-10	0.214	53	0.156	874	X-RAY DIFFRACTION	92.8858

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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