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- PDB-6ldo: Crystal structure of cystathionine gamma-lyase from Lactobacillus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ldo
タイトルCrystal structure of cystathionine gamma-lyase from Lactobacillus plantarum complexed with L-serine
要素Cystathionine gamma-lyase
キーワードLYASE / cystathionine gamma-lyase
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-lyase / cystathionine gamma-synthase activity / cystathionine gamma-lyase activity / cysteine biosynthetic process via cystathionine / transsulfuration / transaminase activity / pyridoxal phosphate binding / lyase activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KOU / PHOSPHATE ION / Aminotransferase class V-fold PLP-dependent enzyme / Cystathionine beta-lyase / cystathionine gamma-lyase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus plantarum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Oda, K. / Matoba, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Catalytic specificity of the Lactobacillus plantarum cystathionine gamma-lyase presumed by the crystallographic analysis.
著者: Matoba, Y. / Noda, M. / Yoshida, T. / Oda, K. / Ezumi, Y. / Yasutake, C. / Izuhara-Kihara, H. / Danshiitsoodol, N. / Kumagai, T. / Sugiyama, M.
履歴
登録2019年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine gamma-lyase
B: Cystathionine gamma-lyase
C: Cystathionine gamma-lyase
D: Cystathionine gamma-lyase
E: Cystathionine gamma-lyase
F: Cystathionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,82826
ポリマ－251,4936
非ポリマー3,33520
水11,926662
1
A: Cystathionine gamma-lyase
B: Cystathionine gamma-lyase
C: Cystathionine gamma-lyase
D: Cystathionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,94918
ポリマ－167,6624
非ポリマー2,28714
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area20820 Å2
ΔGint-162 kcal/mol
Surface area43390 Å2
手法PISA
2
E: Cystathionine gamma-lyase
F: Cystathionine gamma-lyase
ヘテロ分子

E: Cystathionine gamma-lyase
F: Cystathionine gamma-lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,75916
ポリマ－167,6624
非ポリマー2,09712
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_454-x-1,y,-z-11
Buried area20630 Å2
ΔGint-146 kcal/mol
Surface area43410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)217.412, 201.149, 113.938
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 117.390, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11E-516-

HOH

-
要素

#1: タンパク質
Cystathionine gamma-lyase / Cystathionine gamma-synthase


分子量: 41915.562 Da / 分子数: 6 / 変異: K194A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus plantarum (バクテリア)
遺伝子: BIZ32_00995, Nizo2891_3187 / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A162EFJ4, UniProt: F9UT53*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-KOU / (E)-N-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-L-serine


分子量: 334.219 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N2O8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 662 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.42 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.14 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: KH2PO4, NaH2PO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月25日
放射モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.743→100 Å / Num. obs: 112736 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.127 / Χ2: 1.006 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.75-2.853.80.436112680.8640.260.5080.685100
2.85-2.963.80.349112290.9070.2070.4070.731100
2.96-3.13.80.286112590.9350.170.3330.753100
3.1-3.263.80.201112680.9650.1190.2340.827100
3.26-3.463.80.142112500.9790.0850.1660.928100
3.46-3.733.80.11112370.9870.0660.1291.0399.9
3.73-4.113.80.088112990.9910.0520.1021.21699.9
4.11-4.73.70.073112580.9920.0440.0861.46399.9
4.7-5.923.70.064113160.9940.0390.0751.20899.9
5.92-1003.70.047113520.9970.0280.0551.25699.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
SCALEPACKv1.0データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000v1.0データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdbid 4L0O

4l0o


解像度: 2.75→35.682 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2018 5634 5 %
Rwork0.1612 --
obs0.1632 112712 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 257.65 Å2 / Biso mean: 42.2282 Å2 / Biso min: 16.86 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.75→35.682 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17256 0 202 662 18120
Biso mean--54.6 38.62 -
残基数----2286
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.75-2.77370.2931630.241295983
2.7737-2.80640.30591880.22883582100
2.8064-2.84060.28071990.22043602100
2.8406-2.87650.27271950.21233508100
2.8765-2.91430.28091860.20683628100
2.9143-2.95420.23911720.20323608100
2.9542-2.99640.23142000.20543577100
2.9964-3.04110.26371880.19633544100
3.0411-3.08860.22591920.19433595100
3.0886-3.13920.24572120.18933589100
3.1392-3.19330.23431880.19123543100
3.1933-3.25140.21311870.17983588100
3.2514-3.31390.22861770.17453593100
3.3139-3.38140.20491900.16363579100
3.3814-3.45490.20031990.15883611100
3.4549-3.53520.21651510.15923569100
3.5352-3.62350.21962190.15423565100
3.6235-3.72140.19691760.15093602100
3.7214-3.83080.18121940.14773587100
3.8308-3.95430.17541950.14553593100
3.9543-4.09540.17071960.1363578100
4.0954-4.25910.17841890.13483592100
4.2591-4.45260.15451930.12693575100
4.4526-4.68690.16451880.12363594100
4.6869-4.97980.16251950.12753606100
4.9798-5.36310.16171810.13593598100
5.3631-5.90070.17051830.14453597100
5.9007-6.74950.22051840.16573633100
6.7495-8.48480.17661780.14833617100
8.4848-35.6820.19951760.1767366699

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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