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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ld8 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of cystathionine gamma synthase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae in complex with aminoacrylate and cysteine | ||||||
![]() | Cystathionine gamma-synthase | ||||||
![]() | BIOSYNTHETIC PROTEIN / cysathionine gamma synthase / PLP dependent enzyme / methionine biosynthesis pathway | ||||||
機能・相同性 | ![]() carbon-sulfur lyase activity / cystathionine gamma-synthase activity / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ngo, H.P.T. / Nguyen, T.D.Q. / Kang, L.W. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of cystathionine gamma synthase from Xanthomonas oryzae pv. oryzae in complex with aminoacrylate and cysteine 著者: Ngo, H.P.T. / Nguyen, T.D.Q. / Kang, L.W. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 306.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 2.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 2.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 61.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 86.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ld7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43127.824 Da / 分子数: 4 / 変異: D134V / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: KACC10331 / KXO85 / 遺伝子: metB, XOO1818 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-0JO / #3: 化合物 | ChemComp-CYS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.04 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.12 M Ethylene Glycols Mix, 0.1 M Na HEPES/MOPS pH 7.5, 10%(w/v) PEG 4000, 20%(v/v) glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 137559 / % possible obs: 99.94 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 23.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.31→2.39 Å / Rmerge(I) obs: 0.54 / Num. unique obs: 13694 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6LD7 解像度: 2.31→40.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.272 / SU ML: 0.101 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.149 / ESU R Free: 0.139 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.4 Å2 / Biso mean: 32.296 Å2 / Biso min: 15.26 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.31→40.61 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.31→2.366 Å / Rfactor Rfree error: 0
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