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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6lcv | ||||||
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タイトル | structure of Mutant S44P of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus | ||||||
![]() | MTSase | ||||||
![]() | ISOMERASE / maltooligosyltrehalose synthase trehaolse mutant | ||||||
機能・相同性 | ![]() (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase / (1,4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase activity / carbohydrate metabolic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chen, C. / Su, L. / Wu, L. / Zhou, J. / Wu, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: structure of Mutant S44P of maltooligosyltrehalose synthase from Arthrobacter ramosus 著者: Chen, C. / Wu, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 352.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 256.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5zcrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 84915.227 Da / 分子数: 1 / 変異: S44P / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: treY 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9AJN7, (1->4)-alpha-D-glucan 1-alpha-D-glucosylmutase |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 6.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 80.94 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ammonium citrate tribasic and BIS-TRIS propane |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.84→50 Å / Num. obs: 53170 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 25.5 % / Biso Wilson estimate: 57.31 Å2 / CC1/2: 0.992 / Net I/σ(I): 1.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.84→2.89 Å / Num. unique obs: 2582 / CC1/2: 0.668 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5ZCR 解像度: 2.84→21.24 Å / SU ML: 0.3118 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 19.3074
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 54.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.84→21.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -92.5555204832 Å / Origin y: 32.3868473313 Å / Origin z: 10.1996090482 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |