PDB-6l9c: Neutron structure of copper amine oxidase from Arthrobacter glibi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l9c

タイトル

Neutron structure of copper amine oxidase from Arthrobacter glibiformis at pD 7.4

要素

Phenylethylamine oxidase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Copper amine oxidase / topaquinone / TPQ

機能・相同性

機能・相同性情報

aliphatic amine oxidase activity / primary-amine oxidase / primary methylamine oxidase activity / amine metabolic process / quinone binding / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arthrobacter globiformis (バクテリア)

手法

X線回折 / 中性子回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.14 Å

データ登録者

Murakawa, T. / Kurihara, K. / Shoji, M. / Shibazaki, C. / Sunami, T. / Tamada, T. / Yano, N. / Yamada, T. / Kusaka, K. / Suzuki, M. ...

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Neutron crystallography of copper amine oxidase reveals keto/enolate interconversion of the quinone cofactor and unusual proton sharing.
著者: Murakawa, T. / Kurihara, K. / Shoji, M. / Shibazaki, C. / Sunami, T. / Tamada, T. / Yano, N. / Yamada, T. / Kusaka, K. / Suzuki, M. / Shigeta, Y. / Kuroki, R. / Hayashi, H. / Yano, T. / ...

履歴

登録	2019年11月8日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.2	2020年6月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l9c.cif.gz	341.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l9c.ent.gz	281.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l9c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/6l9c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/6l9c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3wa2S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1sii-d 1sih-d 2cg1-d 2cfl-d 1avk-d 1rjo-d 2cg0-d 2bt3-d 1w5z-d 3kn4-d 1av4-d 2cfw-d 1avl-d 3wa2-d 2e2t-d 2cfk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

X: Phenylethylamine oxidase

ヘテロ分子

69.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	157.548, 61.779, 92.332
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 112.130, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	X-1064- HOH
2	1	X-1352- HOH
3	1	X-1467- HOH
4	1	X-1735- HOH
5	1	X-1787- HOH

#1: タンパク質	Phenylethylamine oxidase / Primary amine oxidase 分子量: 68993.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arthrobacter globiformis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P46881, primary-amine oxidase
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1063 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
配列の詳細	The protein contains microheterogeneity at position 382 (E9C versus TPQ).

-
実験

実験

手法	使用した結晶の数
X線回折	1
中性子回折	1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.95 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: microdialysis / pH: 7.4 / 詳細: 1.05M potassium-sodium tartrate, 25mM HEPES

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID	Serial crystal experiment
1	100	1	N
2	100	1	N

放射光源

由来	サイト	ビームライン	タイプ	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	Photon Factory	BL-5A		1	1
SPALLATION SOURCE	JPARC MLF	BL-03	J-PARC MLF BEAMLINE BL-03	2	3.0-5.7

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
ADSC QUANTUM 315r	1	CCD	2016年5月31日
DECTRIS PILATUS 6M	2	PIXEL	2015年11月10日	Ni-Ti supermirror neutron guide Detector: iBIXDetector type: WSF PSD (Wavelength Shift Fiber Position Sensitive Detector)

放射

ID	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	LAUE	L	neutron	2

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	1	1
2	3	1
3	5.7	1

反射

B_iso Wilson estimate: 16.56 Å² / Entry-ID: 6L9C

解像度 (Å)	Num. obs	% possible obs (%)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	Diffraction-ID	Net I/σ(I)
1.14-50	296297	99.4	5.2	0.069	0.029	0.076	3.114	1	14.8
1.72-20.94	203273	87.4	2.6639		0.1249			2	4.99

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.14-1.16	3.5	0.801	14901	0.703	0.504	0.95	1.53	99.9
1.16-1.18	3.5	0.71	14749	0.746	0.446	0.841	1.544	99.8
1.18-1.2	3.5	0.629	14848	0.775	0.394	0.746	1.558	99.8
1.2-1.23	3.5	0.553	14777	0.828	0.344	0.654	1.632	99.8
1.23-1.25	3.5	0.494	14815	0.862	0.307	0.584	1.664	99.8
1.25-1.28	3.6	0.433	14870	0.889	0.269	0.511	1.679	99.8
1.28-1.32	3.6	0.375	14776	0.912	0.233	0.443	1.831	99.8
1.32-1.35	3.6	0.314	14833	0.932	0.194	0.371	1.806	99.8
1.35-1.39	3.6	0.264	14807	0.951	0.163	0.311	1.912	99.8
1.39-1.44	3.6	0.223	14883	0.964	0.138	0.263	2.027	99.8
1.44-1.49	3.6	0.186	14848	0.973	0.115	0.22	2.283	99.9
1.49-1.55	3.5	0.149	14860	0.981	0.093	0.176	2.496	99.9
1.55-1.62	5.6	0.148	14873	0.988	0.067	0.163	2.847	100
1.62-1.7	7	0.128	14882	0.992	0.052	0.138	3.102	100
1.7-1.81	6.9	0.104	14938	0.994	0.043	0.113	3.43	100
1.81-1.95	6.6	0.085	14905	0.994	0.037	0.093	3.874	100
1.95-2.15	9.6	0.081	14938	0.996	0.028	0.086	3.99	100
2.15-2.46	9.5	0.071	14967	0.996	0.025	0.075	4.19	100
2.46-3.09	9.1	0.063	15022	0.996	0.024	0.067	4.413	99.8
3.09-50	6.3	0.056	13805	0.992	0.027	0.062	4.493	90.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

% reflection R_free: 5 % / 交差検証法: THROUGHOUT / 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 立体化学のターゲット値: ML / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

構造決定の手法	開始モデル	解像度 (Å)	Refine-ID	B_iso max (Å²)	B_iso mean (Å²)	B_iso min (Å²)	R_factor R_free	R_factor R_work	R_factor obs	Num. reflection R_free	Num. reflection R_work	Num. reflection obs	% reflection obs (%)	SU ML	σ(F)	位相誤差
分子置換	3WA2 3wa2	1.14-45.03	X-RAY DIFFRACTION	125.14	27.8236	12.32	0.1815	0.1677	0.1684	14805	281300	296105	99.28	0.12	1.33	22.69
		1.72-20.951	NEUTRON DIFFRACTION				0.2095	0.18	0.1815	3813		76237	87.23		0

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.14→45.03 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4890	0	2	2667	7559
B_iso mean	-	-	19.28	38.2	-
残基数	-	-	-	-	622

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	13146
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.318	21509
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.102	804
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	2364
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	22.036	3336

LS精密化シェル

R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72-1.7418	0.3428	97	0.3215	1824	NEUTRON DIFFRACTION	60
1.7418-1.7647	0.3047	107	0.3254	2046	NEUTRON DIFFRACTION	66
1.7647-1.7889	0.3555	115	0.3075	2195	NEUTRON DIFFRACTION	73
1.7889-1.8144	0.3613	121	0.3004	2304	NEUTRON DIFFRACTION	75
1.8144-1.8415	0.3203	125	0.287	2389	NEUTRON DIFFRACTION	78
1.8415-1.8702	0.297	127	0.2961	2407	NEUTRON DIFFRACTION	78
1.8702-1.9009	0.3444	128	0.2699	2423	NEUTRON DIFFRACTION	80
1.9009-1.9336	0.3738	133	0.2619	2510	NEUTRON DIFFRACTION	81
1.9336-1.9688	0.2774	136	0.2496	2605	NEUTRON DIFFRACTION	84
1.9688-2.0066	0.2668	137	0.2401	2602	NEUTRON DIFFRACTION	86
2.0066-2.0475	0.2487	143	0.2299	2728	NEUTRON DIFFRACTION	89
2.0475-2.092	0.2547	146	0.2204	2762	NEUTRON DIFFRACTION	90
2.092-2.1406	0.2624	148	0.2104	2827	NEUTRON DIFFRACTION	92
2.1406-2.1941	0.23	151	0.2023	2858	NEUTRON DIFFRACTION	94
2.1941-2.2534	0.2645	146	0.1866	2792	NEUTRON DIFFRACTION	91
2.2534-2.3196	0.2219	148	0.1738	2801	NEUTRON DIFFRACTION	92
2.3196-2.3944	0.2195	154	0.1631	2914	NEUTRON DIFFRACTION	95
2.3944-2.4798	0.1759	157	0.1574	2973	NEUTRON DIFFRACTION	96
2.4798-2.5789	0.1634	155	0.1553	2954	NEUTRON DIFFRACTION	96
2.5789-2.6961	0.1852	157	0.1555	2987	NEUTRON DIFFRACTION	97
2.6961-2.8379	0.1918	161	0.1582	3032	NEUTRON DIFFRACTION	98
2.8379-3.0152	0.1774	158	0.1563	3017	NEUTRON DIFFRACTION	98
3.0152-3.2472	0.1844	161	0.1521	3045	NEUTRON DIFFRACTION	98
3.2472-3.5726	0.134	156	0.1254	2960	NEUTRON DIFFRACTION	96
3.5726-4.0862	0.1341	156	0.1104	2968	NEUTRON DIFFRACTION	96
4.0862-5.1356	0.1241	152	0.1079	2880	NEUTRON DIFFRACTION	92
5.1356-20.951	0.1568	138	0.136	2621	NEUTRON DIFFRACTION	82
1.14-1.153	0.3207	484	0.3071	9197	X-RAY DIFFRACTION	98
1.153-1.1666	0.2962	495	0.3009	9402	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1666-1.1808	0.3179	494	0.2919	9383	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1808-1.1957	0.2996	493	0.2879	9369	X-RAY DIFFRACTION	100
1.1957-1.2115	0.2855	497	0.2766	9431	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2115-1.2281	0.263	493	0.268	9368	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2281-1.2456	0.2638	493	0.2655	9363	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2456-1.2642	0.2678	498	0.2644	9455	X-RAY DIFFRACTION	100
1.2642-1.284	0.2485	494	0.25	9364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.284-1.305	0.26	490	0.2454	9327	X-RAY DIFFRACTION	100
1.305-1.3275	0.2304	494	0.244	9389	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3275-1.3517	0.2579	495	0.2336	9405	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3517-1.3777	0.2713	495	0.2297	9418	X-RAY DIFFRACTION	100
1.3777-1.4058	0.2522	495	0.2261	9401	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4058-1.4364	0.2452	495	0.2199	9393	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4364-1.4698	0.2201	495	0.215	9410	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4698-1.5065	0.2213	496	0.2105	9401	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5065-1.5473	0.2196	492	0.1995	9382	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5473-1.5928	0.2023	495	0.1925	9411	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5928-1.6442	0.2046	497	0.1836	9436	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6442-1.703	0.2002	495	0.1781	9408	X-RAY DIFFRACTION	100
1.703-1.7712	0.1864	499	0.1767	9483	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7712-1.8518	0.1998	495	0.1739	9423	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8518-1.9494	0.1739	498	0.1671	9460	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9494-2.0715	0.1731	499	0.1585	9475	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0715-2.2315	0.1676	499	0.1487	9467	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2315-2.456	0.1682	499	0.1442	9485	X-RAY DIFFRACTION	100
2.456-2.8114	0.167	502	0.1503	9543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8114-3.5418	0.1478	492	0.1421	9340	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5418-45.03	0.153	447	0.1412	8511	X-RAY DIFFRACTION	88

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)