[日本語] English
万見
- PDB-6l97: Complex of DNA polymerase IV and L-DNA duplex -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l97
タイトルComplex of DNA polymerase IV and L-DNA duplex
要素
  • DNA (5'-D(*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DA)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DT)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC))-3')
  • DNA (5'-D(P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DA)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DT)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC))-3')
  • DNA polymerase IV
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Dpo4 / L-DNA duplex / DNA polymerase / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain ...DNA polymerase type-Y, HhH motif / IMS family HHH motif / DNA polymerase IV / : / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I - #60 / MutS, DNA mismatch repair protein, domain I / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Dna Ligase; domain 1 / 5' to 3' exonuclease, C-terminal subdomain / DNA polymerase; domain 1 / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / DNA/RNA polymerase superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / DNA polymerase IV
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharolobus solfataricus (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.362 Å
データ登録者Chung, H.S. / An, J. / Hwang, D.
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2020
タイトル: The crystal structure of a natural DNA polymerase complexed with mirror DNA.
著者: An, J. / Choi, J. / Hwang, D. / Park, J. / Pemble 4th, C.W. / Duong, T.H.M. / Kim, K.R. / Ahn, H. / Chung, H.S. / Ahn, D.R.
履歴
登録2019年11月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA polymerase IV
B: DNA polymerase IV
T: DNA (5'-D(P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DA)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DT)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC))-3')
P: DNA (5'-D(*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DA)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DT)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC))-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,4164
ポリマ－92,4164
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)85.861, 54.969, 96.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.390, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 DNA polymerase IV / Pol IV


分子量: 41329.020 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: dbh, dpo4, SSO2448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DA)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DT)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC)P*(0DC))-3')


分子量: 5372.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DA)P*(0DG)P*(0DG)P*(0DA)P*(0DT)P*(0DT)P*(0DC)P*(0DC))-3')


分子量: 4385.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Sodium formate, 0.05 M BICINE (pH 8.5), 10% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000, and 1.1% benzamidine-HCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.36→50 Å / Num. obs: 33537 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 3.332 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 153932
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.36-2.4430.55532380.1640.3420.6561.5695.3
2.44-2.543.40.52732910.2930.3090.6151.74896.7
2.54-2.663.80.4633030.4370.2610.5311.88997.8
2.66-2.84.20.36533300.7350.1960.4162.11898.4
2.8-2.974.50.27233830.8740.1380.3062.45498.9
2.97-3.250.18433980.9820.0890.2052.99499.5
3.2-3.535.50.14934020.9860.0680.1653.39499.6
3.53-4.035.80.12334180.9820.0550.1354.05399.7
4.03-5.085.50.09434220.9880.0440.1054.80198.6
5.08-5050.0833520.9890.0410.095.53694.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15_3459精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2bq3

2bq3


解像度: 2.362→34.496 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 28.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2658 2013 6.01 %
Rwork0.2298 31479 -
obs0.232 33492 97.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 144.47 Å2 / Biso mean: 66.782 Å2 / Biso min: 21.48 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.362→34.496 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5402 572 22 115 6111
Biso mean--72.69 57.86 -
残基数----699
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.362-2.4210.31031240.3046209992
2.421-2.48640.38541460.2916219596
2.4864-2.55960.2751470.2807219297
2.5596-2.64220.32771430.2906224598
2.6422-2.73660.29431370.2849226598
2.7366-2.84610.2811550.2728223599
2.8461-2.97550.32311460.2667225799
2.9755-3.13230.30691380.2596228299
3.1323-3.32840.26981440.2418228199
3.3284-3.58520.29971450.23072311100
3.5852-3.94550.26131450.21242311100
3.9455-4.51530.22521470.1912226699
4.5153-5.68470.25361480.2042230599
5.6847-34.4960.23041480.2164223593
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
1-0.20340.72420.36560.6309-0.8160.9071-0.34270.04910.0326-0.48750.57380.09710.3279-0.08440.10290.6754-0.03310.00220.31430.06460.3793-57.9184-39.19159.0312
21.3819-0.0216-0.75181.19050.07081.6956-0.182-0.29690.32190.08870.1604-0.2787-0.15780.24450.00020.4340.0701-0.01020.3697-0.0660.2888-53.3831-18.77129.8393
31.80850.11880.63520.0138-0.13160.61-0.0670.1006-0.17040.01910.08180.0609-0.2051-0.12660.0030.44880.08810.05740.3402-0.07130.3315-64.7863-19.635225.4124
43.1210.48450.01822.9277-1.02922.1925-0.16890.0677-0.28120.0258-0.1415-0.4793-0.03420.287-0.8120.2331-0.01070.09170.26620.02380.2632-30.3843-23.774942.0844
50.6473-0.3753-0.14930.2330.33680.2454-0.1699-0.1236-0.1273-0.16090.00830.0635-0.15420.0423-0.00780.5644-0.2004-0.13910.50130.1870.516-25.3266-42.110378.7838
6-0.0241-0.291-0.17562.96490.25040.0471-0.1086-0.2910.20791.386-0.2467-0.96190.59320.09060.03590.6423-0.0782-0.05130.82790.27841.1233-17.1713-50.633772.8074
70.17-0.0178-0.06710.12230.17030.276-0.12671.3149-0.78590.0381-0.1171-0.14990.08410.3229-0.02310.7121-0.11190.08590.8170.20051.1431-15.5905-54.515771.9482
80.8131-0.0416-0.61821.04840.74081.04480.1625-0.3074-0.03040.2976-0.0995-0.114-0.048-0.2504-0.00270.3834-0.1361-0.0720.37610.12260.2539-19.4265-27.255676.4675
90.5382-0.37730.85470.645-0.59340.5246-0.41330.06030.1584-0.0897-0.09150.0872-0.5862-0.2519-0.38960.4396-0.1765-0.00430.18980.150.194-23.6481-23.779156.9458
102.15981.33680.87584.6420.01341.732-0.12820.35330.1448-0.25950.15360.8758-0.2867-0.5278-0.01310.283-0.06560.02870.26760.05140.4328-51.2595-25.693446.5146
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 77 )A1 - 77
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 78 through 177 )A78 - 177
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 178 through 257 )A178 - 257
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 258 through 341 )A258 - 341
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1 through 27 )B1 - 27
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 28 through 53 )B28 - 53
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 54 through 77 )B54 - 77
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 78 through 209 )B78 - 209
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 210 through 257 )B210 - 257
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 258 through 341 )B258 - 341

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る