+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6l97 | ||||||
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Title | Complex of DNA polymerase IV and L-DNA duplex | ||||||
Components |
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Keywords | DNA BINDING PROTEIN/DNA / Dpo4 / L-DNA duplex / DNA polymerase / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex | ||||||
Function / homology | Function and homology information error-prone translesion synthesis / DNA-templated DNA replication / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / magnesium ion binding / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Saccharolobus solfataricus (archaea) synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.362 Å | ||||||
Authors | Chung, H.S. / An, J. / Hwang, D. | ||||||
Citation | Journal: Chem.Commun.(Camb.) / Year: 2020 Title: The crystal structure of a natural DNA polymerase complexed with mirror DNA. Authors: An, J. / Choi, J. / Hwang, D. / Park, J. / Pemble 4th, C.W. / Duong, T.H.M. / Kim, K.R. / Ahn, H. / Chung, H.S. / Ahn, D.R. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6l97.cif.gz | 309.4 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6l97.ent.gz | 249.4 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6l97.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/6l97 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l9/6l97 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | 6l84C 2bq3S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 41329.020 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Saccharolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (archaea) Strain: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / Gene: dbh, dpo4, SSO2448 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: Q97W02, DNA-directed DNA polymerase #2: DNA chain | | Mass: 5372.480 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #3: DNA chain | | Mass: 4385.852 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.26 Å3/Da / Density % sol: 45.64 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.1 M Sodium formate, 0.05 M BICINE (pH 8.5), 10% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 5,000, and 1.1% benzamidine-HCl |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: PAL/PLS / Beamline: 5C (4A) / Wavelength: 0.9794 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Jun 14, 2017 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9794 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.36→50 Å / Num. obs: 33537 / % possible obs: 97.9 % / Redundancy: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.062 / Rrim(I) all: 0.14 / Χ2: 3.332 / Net I/σ(I): 18.4 / Num. measured all: 153932 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 2bq3 Resolution: 2.362→34.496 Å / SU ML: 0.32 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / Phase error: 28.88 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 144.47 Å2 / Biso mean: 66.782 Å2 / Biso min: 21.48 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.362→34.496 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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