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- PDB-6l8l: C-Src in complex with ibrutinib -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l8l
タイトルC-Src in complex with ibrutinib
要素Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
キーワードTRANSFERASE / kinase
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions ...Signaling by ERBB2 / Nuclear signaling by ERBB4 / PIP3 activates AKT signaling / Signaling by SCF-KIT / Regulation of KIT signaling / Signaling by EGFR / GAB1 signalosome / Regulation of gap junction activity / FCGR activation / PECAM1 interactions / CD28 co-stimulation / CTLA4 inhibitory signaling / EPHA-mediated growth cone collapse / Ephrin signaling / G alpha (i) signalling events / GP1b-IX-V activation signalling / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / VEGFR2 mediated cell proliferation / RAF activation / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / RET signaling / Receptor Mediated Mitophagy / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Downregulation of ERBB4 signaling / EPH-ephrin mediated repulsion of cells / Cyclin D associated events in G1 / Regulation of RUNX3 expression and activity / Activated NTRK3 signals through PI3K / Downstream signal transduction / MAP2K and MAPK activation / Integrin signaling / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / DCC mediated attractive signaling / MET activates PTK2 signaling / Extra-nuclear estrogen signaling / EPHB-mediated forward signaling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / connexin binding / progesterone receptor signaling pathway / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway / non-specific protein-tyrosine kinase / non-membrane spanning protein tyrosine kinase activity / epidermal growth factor receptor signaling pathway / cell junction / protein phosphatase binding / protein tyrosine kinase activity / mitochondrial inner membrane / cell differentiation / cytoskeleton / regulation of cell cycle / endosome membrane / cell adhesion / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / ATP binding / membrane / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...: / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1E8 / Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.888 Å
データ登録者Guo, M. / Dai, S. / Chen, L. / Chen, Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China81372904 中国
National Natural Science Foundation of China81570537 中国
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2020
タイトル: Characterization of ibrutinib as a non-covalent inhibitor of SRC-family kinases.
著者: Guo, M. / Dai, S. / Wu, D. / Duan, Y. / Li, J. / Qu, L. / Jiang, L. / Chen, Z. / Chen, X. / Chen, Y.
履歴
登録2019年11月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)132,6698
ポリマ－130,9074
非ポリマー1,7624
水18010
1
A: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1672
ポリマ－32,7271
非ポリマー4401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1672
ポリマ－32,7271
非ポリマー4401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1672
ポリマ－32,7271
非ポリマー4401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1672
ポリマ－32,7271
非ポリマー4401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)42.604, 63.407, 113.922
Angle α, β, γ (deg.)89.970, 89.940, 90.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Proto-oncogene tyrosine-protein kinase Src / Proto-oncogene c-Src / pp60c-src / p60-Src


分子量: 32726.645 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: SRC / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌)
参照: UniProt: P00523, non-specific protein-tyrosine kinase
#2: 化合物
ChemComp-1E8 / 1-{(3R)-3-[4-amino-3-(4-phenoxyphenyl)-1H-pyrazolo[3,4-d]pyrimidin-1-yl]piperidin-1-yl}prop-2-en-1-one / Imbruvica / PCI-32765 / イブルチニブ


分子量: 440.497 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H24N6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.888→42.6 Å / Num. obs: 25440 / % possible obs: 95.07 % / 冗長度: 3.8 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.1473 / Rrim(I) all: 0.1711 / Net I/σ(I): 11.79
反射 シェル解像度: 2.888→2.991 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.5628 / Mean I/σ(I) obs: 7.35 / Num. unique obs: 2149 / CC1/2: 0.869 / % possible all: 80.67

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX1.15.2_3472位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4U5J

4u5j


解像度: 2.888→42.383 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.18 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2864 1390 5.47 %
Rwork0.2382 24029 -
obs0.2411 25419 94.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 141.45 Å2 / Biso mean: 58.3974 Å2 / Biso min: 9.27 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.888→42.383 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8251 0 132 10 8393
Biso mean--53.78 38.88 -
残基数----1028
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.89-2.99110.3692980.2756205181
2.9911-3.11080.34011020.2546242994
3.1108-3.25240.33311500.2557239494
3.2524-3.42380.30411130.249241196
3.4238-3.63820.30971600.25245997
3.6382-3.91890.3481290.2433246497
3.9189-4.31290.28191480.2303243096
4.3129-4.93620.26411690.2136237895
4.9362-6.2160.30871890.24292490100
6.216-42.380.20021320.2242252399
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.5666-0.00030.4790.42020.14071.35820.1782-0.39330.07690.15-0.0094-0.04390.1775-0.05910.10981.2451-0.1041-0.16120.3193-0.09630.29850.942210.24917.712
21.0749-0.59130.53552.95861.20091.1246-0.1925-0.23910.05111.254-0.04750.00140.4414-0.0695-0.02070.3789-0.03650.02390.2009-0.07420.28914.2131.05084.3205
31.4467-0.18150.09012.0435-0.10260.79180.1231-0.0464-0.11170.0354-0.24310.6741-0.0802-0.20370.0670.0835-0.05260.02110.216-0.07930.2884-4.9836-0.9341-10.2779
41.7310.2433-0.92170.3613-0.45821.0350.00820.66530.2534-0.3733-0.06860.10460.0862-0.0541-0.08771.15670.1207-0.15080.5110.09810.36411.98945.3617-36.8429
51.16470.10440.42662.5496-0.78171.8784-0.06490.5719-0.0278-1.1031-0.09250.0516-0.02550.10120.1150.626-0.0464-0.00560.2989-0.01720.29784.336834.6251-28.6714
62.7985-0.0288-0.09123.42540.35493.1357-0.40970.2662-0.0403-0.58550.06550.05360.23960.24880.26930.3879-0.04290.00170.18420.05890.25626.46231.6725-23.3805
70.5819-0.4784-0.19111.17940.48770.5996-0.24290.63980.1753-0.446-0.4161-0.3202-0.06780.00920.37790.1820.03080.0220.37770.00620.654320.154235.3017-19.2991
81.0912-0.31220.03492.8782-0.62722.510.0383-0.16290.22540.2904-0.2663-0.5376-0.47370.30010.05110.12890.04090.05140.21260.0310.256614.034535.972-7.3564
91.29560.590.41351.9225-0.08031.19970.31330.1206-0.30640.1625-0.3661-0.6714-0.0271-0.12130.04490.1629-0.00820.01930.1721-0.00210.3347.148623.4202-7.1418
101.1953-0.08190.33940.546-0.30630.24230.1711-0.3612-0.15610.25580.10390.25950.0415-0.2811-0.16021.2634-0.02950.22740.42010.22910.3893-13.6643-4.6692-39.4002
111.8675-1.41870.47751.6740.01610.35460.0767-0.18630.07260.78170.14310.030.28660.19010.50291.14570.0283-0.00430.19730.040.4553-4.89684.3506-39.7247
121.1242-0.2694-0.41643.5513-0.77241.1545-0.177-0.4592-0.17190.6669-0.02420.2457-0.0712-0.2184-0.08130.0762-0.01590.04910.28240.02190.1933-16.21066.7337-59.384
131.6350.147-0.18652.86810.32331.586-0.1385-0.1786-0.04920.8456-0.2199-0.1165-0.31330.06930.0910.473-0.132-0.03790.11420.01050.1812-9.21727.5283-53.7319
140.3578-0.0912-0.28020.23550.07930.34550.1112-0.13060.13490.3105-0.2048-0.3524-0.10770.1541-0.01950.3284-0.1148-0.21360.18610.07120.77524.6724.3379-57.7549
150.34470.2859-0.04960.7677-0.15531.2637-0.1528-0.071-0.0242-0.03630.0325-0.64350.04850.37180.01370.0085-0.0069-0.00890.3764-0.06920.3443-1.61633.4579-69.5841
162.3626-1.067-0.30291.9681-0.43781.29340.27730.14280.1746-0.0148-0.349-0.4050.14870.15960.10880.2155-0.0827-0.00010.11110.0420.198-8.507816.0368-69.8455
171.3963-0.22221.10291.9657-0.53921.1380.41380.6103-0.179-0.6076-0.15830.25870.09630.3344-0.19141.0582-0.01770.17690.3847-0.20720.4662-9.506927.1128-94.1947
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191.6025-0.2023-0.38323.4812-0.33522.65990.4020.4558-0.2416-0.6815-0.0278-0.15330.26440.4484-0.21320.31490.00620.0350.24340.02290.4644-8.674631.7121-83.051
202.19760.236-1.11692.06820.3092.3137-0.2090.52150.1316-0.6545-0.07670.0621-0.1505-0.44690.09260.4165-0.0566-0.08460.1458-00.203-13.432842.2574-77.9334
212.572-0.4086-0.55782.293-0.64750.36630.0250.9935-0.0823-0.3971-0.3732-0.0297-0.056-0.16760.07460.16330.1099-0.10960.3564-0.07450.4749-28.356936.0205-76.2668
221.5938-0.6620.03152.27260.71721.8052-0.029-0.2649-0.35350.2275-0.19850.52870.3916-0.21630.03520.10770.0181-0.03320.2505-0.06660.2205-22.253135.129-64.2944
231.05370.4002-0.71361.96470.01151.3306-0.05390.09890.28980.2451-0.20780.2004-0.0157-0.08570.09970.14060.0301-0.02320.2017-0.04210.4341-15.347747.726-64.1088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 261 through 314 )A261 - 314
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 441 through 488 )C441 - 488
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 489 through 533 )C489 - 533
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 262 through 297 )D262 - 297
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 298 through 324 )D298 - 324
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 325 through 359 )D325 - 359
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 360 through 402 )D360 - 402
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 403 through 440 )D403 - 440
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 441 through 488 )D441 - 488
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 489 through 533 )D489 - 533

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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