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- PDB-6l6k: Crystal structure of dimeric RXRalpha-LBD complexed with partial ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6k
タイトルCrystal structure of dimeric RXRalpha-LBD complexed with partial agonist CBt-PMN and SRC1
要素
  • Nuclear receptor coactivator 1
  • Retinoic acid receptor RXR-alpha
キーワードTRANSCRIPTION / NUCLEAR RECEPTOR / RETINOID X RECEPTOR / Active form / Coactivator
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression ...positive regulation of transporter activity / retinoic acid-responsive element binding / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to gluconeogenesis / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to triglyceride lipolysis in adipose / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to limit cholesterol uptake / positive regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / Carnitine shuttle / retinoic acid binding / TGFBR3 expression / labyrinthine layer morphogenesis / regulation of thyroid hormone receptor signaling pathway / positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter by galactose / positive regulation of vitamin D receptor signaling pathway / positive regulation of female receptivity / nuclear vitamin D receptor binding / Signaling by Retinoic Acid / DNA binding domain binding / nuclear steroid receptor activity / hypothalamus development / male mating behavior / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression to control bile acid homeostasis / LBD domain binding / cellular response to Thyroglobulin triiodothyronine / Synthesis of bile acids and bile salts / positive regulation of cholesterol efflux / estrous cycle / Endogenous sterols / Synthesis of bile acids and bile salts via 27-hydroxycholesterol / Synthesis of bile acids and bile salts via 7alpha-hydroxycholesterol / positive regulation of bone mineralization / retinoic acid receptor signaling pathway / progesterone receptor signaling pathway / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / response to retinoic acid / histone acetyltransferase activity / Recycling of bile acids and salts / histone acetyltransferase / cellular response to hormone stimulus / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / estrogen receptor signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / RORA activates gene expression / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / lactation / positive regulation of neuron differentiation / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / regulation of cellular response to insulin stimulus / cerebellum development / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / hippocampus development / transcription coregulator binding / response to progesterone / nuclear receptor binding / nuclear estrogen receptor binding / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / peptide binding / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / mRNA transcription by RNA polymerase II / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / cerebral cortex development / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / male gonad development / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / Circadian Clock / response to estradiol / HATs acetylate histones / double-stranded DNA binding / Estrogen-dependent gene expression / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / cell differentiation / receptor complex / protein dimerization activity / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / positive regulation of apoptotic process / DNA-binding transcription factor activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin binding / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex
類似検索 - 分子機能
Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator ...Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Nuclear/hormone receptor activator site AF-1 / Retinoid X receptor/HNF4 / : / Nuclear receptor coactivator 1 / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking / Nuclear receptor coactivator, Ncoa-type, interlocking domain superfamily / Nuclear receptor coactivator, DUF1518 / Nuclear receptor coactivator / DUF1518 / Nuclear receptor coactivator, receptor-binding domain / Nuclear receptor coactivator / Steroid receptor coactivator / Unstructured region on nuclear receptor coactivator protein / PAS domain / Nuclear receptor coactivator, interlocking / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily / PAS fold / PAS fold / PAS domain / PAS repeat profile. / PAS domain / PAS domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-9HF / Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor coactivator 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Shimizu, K. / Numoto, N. / Nakano, S. / Makishima, M. / Kakuta, H. / Ito, N.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of dimeric RXRalpha-LBD complexed with partial agonist CBt-PMN and SRC1
著者: Shimizu, K. / Numoto, N. / Nakano, S. / Makishima, M. / Kakuta, H. / Ito, N.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年8月17日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly ...database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9634
ポリマ－28,5592
非ポリマー4042
水3,513195
1
A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子

A: Retinoic acid receptor RXR-alpha
B: Nuclear receptor coactivator 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,9258
ポリマ－57,1184
非ポリマー8074
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_554-y,-x,-z-1/21
Buried area4520 Å2
ΔGint-44 kcal/mol
Surface area18380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.837, 67.837, 105.153
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-744-

HOH

21A-783-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Retinoic acid receptor RXR-alpha / Nuclear receptor subfamily 2 group B member 1 / Retinoid X receptor alpha


分子量: 27124.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RXRA, NR2B1 / プラスミド: PET28A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P19793
#2: タンパク質・ペプチド Nuclear receptor coactivator 1


分子量: 1434.686 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15788*PLUS, histone acetyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-9HF / 1-(3,5,5,8,8-pentamethyl-6,7-dihydronaphthalen-2-yl)benzotriazole-5-carboxylic acid / 1-(3,5,5,8,8-pentamethyl-5,6,7,8-tetrahydro-2-naphthyl)-1H-benzotriazole-5-carboxylic acid / CBt-PMN


分子量: 363.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H25N3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 20mM Calcium acetate hydrate, 20% Polyethylene glycol 3.350, 10mM Praseodymium(III) acetate hydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 23357 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.9 % / Biso Wilson estimate: 29.14 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rsym value: 0.084 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 12.9 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3667 / CC1/2: 0.772 / Rsym value: 1.255 / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4K6I

4k6i


解像度: 1.8→43.64 Å / SU ML: 0.1821 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.6711
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2112 1169 5.01 %
Rwork0.1825 --
obs0.1839 23355 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 30.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→43.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1739 0 28 195 1962
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00981824
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.84712478
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0047312
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8181137
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8-1.880.29031430.24442700X-RAY DIFFRACTION99.51
1.88-1.980.25811430.21862709X-RAY DIFFRACTION99.96
1.98-2.110.22881430.1952725X-RAY DIFFRACTION100
2.11-2.270.24811440.17952743X-RAY DIFFRACTION100
2.27-2.50.22461460.17342751X-RAY DIFFRACTION100
2.5-2.860.20291450.17852773X-RAY DIFFRACTION100
2.86-3.60.22781490.17892812X-RAY DIFFRACTION100
3.6-43.640.18011560.17742973X-RAY DIFFRACTION99.94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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