PDB-6l69: Crystal structure of CYP154C2 from Streptomyces avermitilis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l69

タイトル

Crystal structure of CYP154C2 from Streptomyces avermitilis

要素

Cytochrome P450 hydroxylase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450 / substrate-free / hydroxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces avermitilis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Xu, L.H. / Fushinobu, S.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2020
タイトル: Regio- and stereoselective hydroxylation of testosterone by a novel cytochrome P450 154C2 from Streptomyces avermitilis.
著者: Wang, Q. / Ma, B. / Fushinobu, S. / Zhang, C. / Xu, L.H.

履歴

登録	2019年10月28日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l69.cif.gz	223.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l69.ent.gz	142 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l69.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l69_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l69_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	6l69_validation.xml.gz	37 KB	表示
CIF形式データ	6l69_validation.cif.gz	56 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l69 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l6/6l69	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1gwiS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6oow-d 6oox-d 4egp-2 4do1-4 4xx6-1 6unn-d 5kdz-d 6prr-d 4do1-1 4dnz-1 6pq6-d 5uvb-d 2vut-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450 hydroxylase

B: Cytochrome P450 hydroxylase

ヘテロ分子

91.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cytochrome P450 hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Cytochrome P450 hydroxylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
45.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.780, 53.390, 98.581
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.040, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Cytochrome P450 hydroxylase 分子量: 45272.414 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces avermitilis (strain ATCC 31267 / DSM 46492 / JCM 5070 / NBRC 14893 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / MA-4680) (バクテリア) 株: ATCC 31267 / DSM 46492 / JCM 5070 / NBRC 14893 / NCIMB 12804 / NRRL 8165 / MA-4680 遺伝子: cyp19, SAVERM_3882 / 発現宿主: unidentified plasmid (未定義) / 参照: UniProt: Q82GL5
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME 分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 749 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.07 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.56 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 28% PEGMME 2000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→50 Å / Num. obs: 112411 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 9.27 Å² / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 13.2
反射シェル	解像度: 1.5→1.58 Å / R_merge(I) obs: 0.616 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 16190

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1GWI

1gwi

解像度: 1.5→33.89 Å / SU ML: 0.1292 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 17.9099
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1928	5724	5.09 %
R_work	0.1678	106647	-
obs	0.1691	112371	99.43 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 13.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→33.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6034	0	86	749	6869

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0064	6258
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.9879	8578
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0514	1000
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1114
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.2421	3752

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.52	0.2433	183	0.2115	3535	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.52-1.53	0.2222	215	0.2067	3442	X-RAY DIFFRACTION	98.36
1.53-1.55	0.2615	176	0.212	3489	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.55-1.57	0.212	160	0.1992	3554	X-RAY DIFFRACTION	97.74
1.57-1.59	0.2526	197	0.196	3504	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.59-1.62	0.2049	177	0.1875	3549	X-RAY DIFFRACTION	98.47
1.62-1.64	0.1706	171	0.1852	3509	X-RAY DIFFRACTION	99.65
1.64-1.66	0.2146	178	0.1831	3536	X-RAY DIFFRACTION	98.96
1.66-1.69	0.2176	210	0.1785	3507	X-RAY DIFFRACTION	99.33
1.69-1.72	0.2095	174	0.1739	3529	X-RAY DIFFRACTION	99.41
1.72-1.75	0.194	175	0.1693	3577	X-RAY DIFFRACTION	99.39
1.75-1.78	0.1998	201	0.1727	3550	X-RAY DIFFRACTION	99.23
1.78-1.81	0.2241	169	0.1637	3551	X-RAY DIFFRACTION	99.79
1.81-1.85	0.2123	173	0.1717	3540	X-RAY DIFFRACTION	99.12
1.85-1.89	0.1964	181	0.1612	3563	X-RAY DIFFRACTION	99.36
1.89-1.93	0.2142	181	0.1599	3561	X-RAY DIFFRACTION	99.63
1.93-1.98	0.2027	232	0.1551	3532	X-RAY DIFFRACTION	99.71
1.98-2.04	0.1973	196	0.1571	3518	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.04-2.1	0.184	192	0.156	3554	X-RAY DIFFRACTION	99.84
2.1-2.16	0.1783	172	0.1541	3573	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.16-2.24	0.1696	179	0.1525	3620	X-RAY DIFFRACTION	99.95
2.24-2.33	0.1758	217	0.1534	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.44	0.1969	194	0.1575	3536	X-RAY DIFFRACTION	99.23
2.44-2.56	0.1987	217	0.1692	3544	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.56-2.73	0.2219	164	0.1674	3648	X-RAY DIFFRACTION	100
2.73-2.94	0.1698	209	0.1591	3552	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.94-3.23	0.171	176	0.1588	3627	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.23-3.7	0.1804	202	0.1584	3574	X-RAY DIFFRACTION	99.55
3.7-4.66	0.1615	226	0.1537	3616	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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