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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l42 | |||||||||
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タイトル | Structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein | |||||||||
要素 | RNA polymerase | |||||||||
キーワード | VIRAL PROTEIN / polymease / VIRUS | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Phlebovirus WCH/97/HN/China/2011 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Wang, P. / Lou, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2020 タイトル: Structure of severe fever with thrombocytopenia syndrome virus L protein elucidates the mechanisms of viral transcription initiation. 著者: Panpan Wang / Lu Liu / Aijun Liu / Liming Yan / Yong He / Shu Shen / Mingxu Hu / Yu Guo / Haiguang Liu / Chuang Liu / Yinying Lu / Peiyi Wang / Fei Deng / Zihe Rao / Zhiyong Lou / 要旨: Segmented negative-sense RNA viruses (sNSRVs) encode a single-polypeptide polymerase (L protein) or a heterotrimeric polymerase complex to cannibalize host messenger RNA cap structures serving as ...Segmented negative-sense RNA viruses (sNSRVs) encode a single-polypeptide polymerase (L protein) or a heterotrimeric polymerase complex to cannibalize host messenger RNA cap structures serving as primers of transcription, and catalyse RNA synthesis. Here, we report the full-length structure of the severe fever with thrombocytopaenia syndrome virus (SFTSV) L protein, as determined by cryogenic electron microscopy at 3.4 Å, leading to an atomic model harbouring three functional parts (an endonuclease, an RNA-dependent RNA polymerase and a cap-binding domain) and two structural domains (an arm domain with a blocker motif and a carboxy-terminal lariat domain). The SFTSV L protein has a compact architecture in which its cap-binding pocket is surprisingly occupied by an Arg finger of the blocker motif, and the endonuclease active centre faces back towards the cap-binding pocket, suggesting that domain rearrangements are necessary to acquire the pre-initiation state of the active site. Our results provide insight into the complete architecture of sNSRV-encoded L protein and further the understanding of sNSRV transcription initiation. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l42.cif.gz | 357.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l42.ent.gz | 272.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l42.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l42 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l4/6l42 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 238813.797 Da / 分子数: 1 / 変異: Q1314E / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Phlebovirus WCH/97/HN/China/2011 (ウイルス) 発現宿主: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1His (その他) 参照: UniProt: I0DF35 |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Virus polymerase / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT |
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由来(天然) | 生物種: Phlebovirus WCH/97/HN/China/2011 (ウイルス) |
由来(組換発現) | 生物種: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1His (その他) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company | |||||||||||||||
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS | |||||||||||||||
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER | |||||||||||||||
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD | |||||||||||||||
撮影 |
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-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.16_3549: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 147344 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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