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万見
- PDB-6l33: Crystal structure of the regulatory domain of MexT, a transcripti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l33
タイトルCrystal structure of the regulatory domain of MexT, a transcriptional activator in Pseudomonas aeruginosa
要素MexT protein
キーワードTRANSCRIPTION / LysR-type transcriptional regulator / antibiotic resistance / regulatory domain
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of secondary metabolite biosynthetic process / DNA-binding transcription activator activity / negative regulation of protein secretion / negative regulation of proteolysis / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
: / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
MexT protein / Transcriptional regulator MexT
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kim, S. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: Mol.Cells / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of the Regulatory Domain of MexT, a Transcriptional Activator of the MexEFOprN Efflux Pump inPseudomonas aeruginosa.
著者: Kim, S. / Kim, S.H. / Ahn, J. / Jo, I. / Lee, Z.W. / Choi, S.H. / Ha, N.
履歴
登録2019年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MexT protein
B: MexT protein
C: MexT protein
D: MexT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,2569
ポリマ－92,7764
非ポリマー4805
水4,900272
1
A: MexT protein
B: MexT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,6765
ポリマ－46,3882
非ポリマー2883
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3370 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area17420 Å2
手法PISA
2
C: MexT protein
D: MexT protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,5804
ポリマ－46,3882
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3470 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area16760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.652, 108.703, 109.230
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
MexT protein


分子量: 23193.961 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: mexT / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: O87785, UniProt: Q9I0Z0*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.92 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.5 M Ammonium sulfate, 0.1 M lithium sulfate, 1.0 M sodium citrate tribasic dehydrate (pH 5.6), 2 mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 53533 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 22.18 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.04 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 23.76
反射 シェル解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.91 / Num. unique obs: 2444 / CC1/2: 0.633 / Rpim(I) all: 0.19 / Rrim(I) all: 0.4 / % possible all: 93.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→31.84 Å / SU ML: 0.2301 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.5 / 位相誤差: 22.9803
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.253 1978 3.91 %
Rwork0.2061 48652 -
obs0.2079 50630 94.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 25.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→31.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6060 0 25 272 6357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00316203
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.66558412
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432955
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00421097
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.43254158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.050.2909960.23052521X-RAY DIFFRACTION69.03
2.05-2.110.28211260.22743109X-RAY DIFFRACTION85.99
2.11-2.170.27011370.22133321X-RAY DIFFRACTION92.36
2.17-2.240.27831380.21253453X-RAY DIFFRACTION94.67
2.24-2.320.26861410.2123486X-RAY DIFFRACTION95.8
2.32-2.410.24381390.21483504X-RAY DIFFRACTION96.22
2.41-2.520.27791460.21263531X-RAY DIFFRACTION97.12
2.52-2.650.26871470.21673580X-RAY DIFFRACTION97.69
2.65-2.820.31961480.21023595X-RAY DIFFRACTION98.66
2.82-3.040.24621460.21453624X-RAY DIFFRACTION98.56
3.04-3.340.24161510.21083651X-RAY DIFFRACTION99.17
3.34-3.820.23621550.19433677X-RAY DIFFRACTION99.4
3.82-4.820.20641500.17493730X-RAY DIFFRACTION99.54
4.82-31.840.2611580.21443870X-RAY DIFFRACTION98.99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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