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- PDB-6l1g: Crystal structure of light-dependent protochlorophyllide oxidored... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l1g
タイトルCrystal structure of light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase from Synechocystis sp. PCC 6803
要素Light-dependent protochlorophyllide reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / chlorophyll biosynthesis / photocatalysis / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


protochlorophyllide reductase / protochlorophyllide reductase activity / chlorophyll biosynthetic process / photosynthesis
類似検索 - 分子機能
Light-dependent protochlorophyllide reductase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / Light-dependent protochlorophyllide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Dong, C. / Wang, X. / Liu, L.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Crystal structures of cyanobacterial light-dependent protochlorophyllide oxidoreductase.
著者: Dong, C.S. / Zhang, W.L. / Wang, Q. / Li, Y.S. / Wang, X. / Zhang, M. / Liu, L.
履歴
登録2019年9月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Light-dependent protochlorophyllide reductase
B: Light-dependent protochlorophyllide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,4378
ポリマ－76,5622
非ポリマー1,8756
水3,801211
1
A: Light-dependent protochlorophyllide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2184
ポリマ－38,2811
非ポリマー9383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area190 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13210 Å2
手法PISA
2
B: Light-dependent protochlorophyllide reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2184
ポリマ－38,2811
非ポリマー9383
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area340 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area12970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)156.010, 57.122, 72.856
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 5 and (name N or name...
21(chain B and (resid 5 through 48 or (resid 49...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETMETMET(chain A and ((resid 5 and (name N or name...AA525
12METMETNDPNDP(chain A and ((resid 5 and (name N or name...AA - C5 - 40025
13METMETNDPNDP(chain A and ((resid 5 and (name N or name...AA - C5 - 40025
14METMETNDPNDP(chain A and ((resid 5 and (name N or name...AA - C5 - 40025
15METMETNDPNDP(chain A and ((resid 5 and (name N or name...AA - C5 - 40025
21METMETASPASP(chain B and (resid 5 through 48 or (resid 49...BB5 - 4825 - 68
22GLUGLUGLUGLU(chain B and (resid 5 through 48 or (resid 49...BB4969
23PROPROLEULEU(chain B and (resid 5 through 48 or (resid 49...BB4 - 32124 - 341
24PROPROLEULEU(chain B and (resid 5 through 48 or (resid 49...BB4 - 32124 - 341
25PROPROLEULEU(chain B and (resid 5 through 48 or (resid 49...BB4 - 32124 - 341

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要素

#1: タンパク質 Light-dependent protochlorophyllide reductase / PCR / NADPH-protochlorophyllide oxidoreductase / POR


分子量: 38280.930 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Synechocystis sp. (strain PCC 6803 / Kazusa) (バクテリア)
株: PCC 6803 / Kazusa / 遺伝子: por, pcr, slr0506 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59987, protochlorophyllide reductase
#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 211 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.98 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.5, 1.5 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 33980 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 37.22 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rpim(I) all: 0.052 / Net I/σ(I): 15.2
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 4.9 % / Num. unique obs: 3338 / CC1/2: 0.686 / Rpim(I) all: 0.428 / % possible all: 99.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RD5

3rd5


解像度: 2.2→46.086 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2074 1710 5.06 %
Rwork0.1786 32085 -
obs0.1801 33795 99.81 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.17 Å2 / Biso mean: 43.8217 Å2 / Biso min: 22.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→46.086 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4615 0 116 211 4942
Biso mean--38.62 50.58 -
残基数----594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044847
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7276579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046730
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005817
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3362833
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2632X-RAY DIFFRACTION10.983TORSIONAL
12B2632X-RAY DIFFRACTION10.983TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.2-2.26480.28141440.2573257799
2.2648-2.33790.30041490.22422605100
2.3379-2.42140.23671360.21832660100
2.4214-2.51840.26091350.21012652100
2.5184-2.6330.26391370.19722643100
2.633-2.77180.22641590.20482618100
2.7718-2.94540.25251250.19062680100
2.9454-3.17280.23731430.18762686100
3.1728-3.4920.21221370.18242667100
3.492-3.9970.18791390.15412703100
3.997-5.03480.1731500.13732740100
5.0348-46.0860.16791560.16782854100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 57.4107 Å / Origin y: 29.3437 Å / Origin z: 12.0655 Å
111213212223313233
T0.1986 Å2-0.0063 Å20.0044 Å2-0.262 Å2-0.0226 Å2--0.2905 Å2
L0.1602 °2-0.2749 °20.3631 °2-1.2434 °2-1.3434 °2--2.15 °2
S-0.0322 Å °-0.0224 Å °-0.0059 Å °-0.0008 Å °0.0098 Å °-0.0105 Å °0.0466 Å °0.0016 Å °0.0309 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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