PDB-6l0h: Crystal structure of dihydroorotase in complex with malate at pH7...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l0h

タイトル

Crystal structure of dihydroorotase in complex with malate at pH7 from Saccharomyces cerevisiae

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / Dihydropyrimidinase Dihydroorotase metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.054 Å

データ登録者

Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y. / Chen, C.J.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the interaction modes of dihydroorotase with the anticancer drugs 5-fluorouracil and 5-aminouracil.
著者: Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Lin, E.S. / Chen, C.J. / Huang, C.Y.

履歴

登録	2019年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l0h.cif.gz	315.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l0h.ent.gz	253.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l0h.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l0h_validation.pdf.gz	5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l0h_full_validation.pdf.gz	5 MB	表示
XML形式データ	6l0h_validation.xml.gz	66.1 KB	表示
CIF形式データ	6l0h_validation.cif.gz	94 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l0h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l0h	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l0bC 6l0fC 6l0gC 6l0iC 6l0kC 6l0aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l0i-1 6l0a-1 6l0b-2 6l0j-2 6l0k-1 6l0b-1 6l0f-2 6l0i-2 6l0k-2 6l0a-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

C: Dihydroorotase

D: Dihydroorotase

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotase

C: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydroorotase

D: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.569, 88.521, 103.293
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.420, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	chain A
2	1	chain B
3	1	chain C
4	1	chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 2 - 364 / Label seq-ID: 2 - 364

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	chain A	A	A
2	chain B	B	B
3	chain C	C	C
4	chain D	D	D

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 41478.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: URA4, YLR420W, L9931.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20051, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1042 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.12 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 100mM imidazole malate pH 7, 20% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→31.965 Å / Num. obs: 87644 / % possible obs: 91.55 % / 冗長度: 4.9 % / CC_1/2: 0.908 / Net I/σ(I): 17.5
反射シェル	解像度: 2.05→2.13 Å / Num. unique obs: 3931 / CC_1/2: 0.583

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6L0A

6l0a

解像度: 2.054→31.965 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 23.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2222	4396	5.02 %
R_work	0.1828	-	-
obs	0.1848	87634	91.58 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 97.89 Å² / B_iso mean: 31.025 Å² / B_iso min: 8.63 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.054→31.965 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11344	0	44	1042	12430
B_iso mean	-	-	24.59	34.52	-
残基数	-	-	-	-	1452

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4372	X-RAY DIFFRACTION	8.67	TORSIONAL
1	2	B	4372	X-RAY DIFFRACTION	8.67	TORSIONAL
1	3	C	4372	X-RAY DIFFRACTION	8.67	TORSIONAL
1	4	D	4372	X-RAY DIFFRACTION	8.67	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.0544-2.0778	0.3173	47	0.248	829	28
2.0778-2.1022	0.3012	66	0.2464	1294	42
2.1022-2.1278	0.2747	83	0.2433	1612	54
2.1278-2.1548	0.2975	117	0.242	1967	65
2.1548-2.1831	0.293	121	0.2376	2389	80
2.1831-2.213	0.3171	130	0.2312	2737	90
2.213-2.2446	0.2854	131	0.2339	2912	96
2.2446-2.2781	0.2975	148	0.2187	2964	98
2.2781-2.3137	0.2425	159	0.2247	2998	99
2.3137-2.3516	0.2909	150	0.2104	3016	100
2.3516-2.3922	0.2812	165	0.2061	3028	100
2.3922-2.4356	0.2585	134	0.2099	3009	100
2.4356-2.4825	0.2263	139	0.2077	3033	100
2.4825-2.5331	0.2486	155	0.2018	3050	100
2.5331-2.5882	0.266	163	0.196	3012	100
2.5882-2.6484	0.2679	143	0.2026	3010	100
2.6484-2.7145	0.2299	166	0.2006	3039	100
2.7145-2.7879	0.2361	158	0.1977	3011	100
2.7879-2.8699	0.2384	189	0.1966	2994	100
2.8699-2.9625	0.2323	147	0.2029	3054	100
2.9625-3.0683	0.244	154	0.1988	3020	100
3.0683-3.191	0.2318	183	0.1878	2981	100
3.191-3.3361	0.2405	191	0.1902	3003	100
3.3361-3.5118	0.2274	189	0.1747	2991	100
3.5118-3.7315	0.1878	195	0.1615	2983	99
3.7315-4.0191	0.1822	161	0.1557	3037	99
4.0191-4.4226	0.1607	171	0.149	3004	99
4.4226-5.0604	0.1751	155	0.1422	3033	99
5.0604-6.3673	0.2025	136	0.1681	3097	100
6.3673-31.965	0.1857	150	0.1489	3131	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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