PDB-6l0g: Crystal structure of dihydroorotase in complex with malate at pH6...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6l0g

タイトル

Crystal structure of dihydroorotase in complex with malate at pH6 from Saccharomyces cerevisiae

要素

Dihydroorotase

キーワード

HYDROLASE / Dihydropyrimidinase Dihydroorotase metalloenzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

dihydroorotase / pyrimidine nucleotide biosynthetic process / dihydroorotase activity / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.053 Å

データ登録者

Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Huang, C.Y. / Chen, C.J.

資金援助

台湾, 1件

引用

ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the interaction modes of dihydroorotase with the anticancer drugs 5-fluorouracil and 5-aminouracil.
著者: Guan, H.H. / Huang, Y.H. / Lin, E.S. / Chen, C.J. / Huang, C.Y.

履歴

登録	2019年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年12月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年6月16日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6l0g.cif.gz	321.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6l0g.ent.gz	258.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6l0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6l0g_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6l0g_full_validation.pdf.gz	5.4 MB	表示
XML形式データ	6l0g_validation.xml.gz	69.5 KB	表示
CIF形式データ	6l0g_validation.cif.gz	99.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l0/6l0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6l0bC 6l0fC 6l0hC 6l0iC 6l0kC 6l0aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6l0h-2 6l0j-2 6l0a-2 6l0h-1 2ism-d 6l0i-1 6l0b-1 6l0k-1 6l0a-1 2w8y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (6) #190 - 2015年10月 2つの要素で構成される検知・応答系 (Two-component Systems) 類似性 (1) #158 - 2013年2月プロトン開閉型尿素チャネル (Proton-Gated Urea Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Dihydroorotase

B: Dihydroorotase

C: Dihydroorotase

D: Dihydroorotase

ヘテロ分子

167 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Dihydroorotase

C: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
83.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Dihydroorotase

D: Dihydroorotase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
83.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	85.440, 88.544, 103.526
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 95.390, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and resid 2 through 364)
2	1	chain B
3	1	(chain C and resid 2 through 364)
4	1	(chain D and resid 2 through 364)

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: VAL / Beg label comp-ID: VAL / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Auth seq-ID: 2 - 364 / Label seq-ID: 2 - 364

Dom-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	(chain A and resid 2 through 364)	A	A
2	chain B	B	B
3	(chain C and resid 2 through 364)	C	C
4	(chain D and resid 2 through 364)	D	D

#1: タンパク質	Dihydroorotase / DHOase 分子量: 41478.355 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: URA4, YLR420W, L9931.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20051, dihydroorotase
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-LMR / (2S)-2-hydroxybutanedioic acid / L-Malate / L-りんご酸分子量: 134.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₅ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1229 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.05 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 100mM imdazole malate pH 6, 17% PEG4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月22日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→29.957 Å / Num. obs: 93410 / % possible obs: 97.25 % / 冗長度: 5.1 % / CC_1/2: 0.943 / Net I/σ(I): 25.6
反射シェル	解像度: 2.05→2.13 Å / Num. unique obs: 7407 / CC_1/2: 0.726

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.13_2998	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6L0A

6l0a

解像度: 2.053→29.957 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2319	4699	5.03 %
R_work	0.1863	-	-
obs	0.1887	93404	97.29 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 107.63 Å² / B_iso mean: 29.15 Å² / B_iso min: 8.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.053→29.957 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11368	0	44	1229	12641
B_iso mean	-	-	25.29	33.83	-
残基数	-	-	-	-	1455

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	4372	X-RAY DIFFRACTION	12.223	TORSIONAL
1	2	B	4372	X-RAY DIFFRACTION	12.223	TORSIONAL
1	3	C	4372	X-RAY DIFFRACTION	12.223	TORSIONAL
1	4	D	4372	X-RAY DIFFRACTION	12.223	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.053-2.076	0.3249	115	0.2591	1923	65
2.076-2.1004	0.2674	140	0.2383	2412	80
2.1004-2.126	0.3066	137	0.2193	2635	87
2.126-2.1529	0.2976	157	0.2263	2828	93
2.1529-2.1813	0.3028	157	0.2287	2922	97
2.1813-2.2111	0.2738	134	0.2213	3046	99
2.2111-2.2427	0.2586	140	0.2177	3045	100
2.2427-2.2762	0.2857	146	0.2175	3009	100
2.2762-2.3117	0.2604	164	0.2175	3043	100
2.3117-2.3496	0.3002	145	0.2157	3018	100
2.3496-2.3901	0.2559	165	0.2056	3035	100
2.3901-2.4336	0.2919	140	0.2081	3035	100
2.4336-2.4804	0.2762	139	0.2079	3049	100
2.4804-2.531	0.2455	154	0.2018	3046	100
2.531-2.586	0.294	162	0.2006	3024	100
2.586-2.6461	0.268	145	0.1911	3015	100
2.6461-2.7122	0.2101	168	0.1934	3047	100
2.7122-2.7855	0.2507	159	0.1993	3051	100
2.7855-2.8674	0.2738	188	0.1998	2996	100
2.8674-2.9599	0.231	144	0.2025	3072	100
2.9599-3.0656	0.2395	161	0.2002	3043	100
3.0656-3.1882	0.2634	183	0.1959	2993	100
3.1882-3.3331	0.2627	190	0.1931	3026	100
3.3331-3.5086	0.2463	188	0.1791	3013	100
3.5086-3.728	0.199	196	0.1684	3009	100
3.728-4.0152	0.1873	163	0.1667	3059	100
4.0152-4.4181	0.1572	175	0.153	3017	99
4.4181-5.0548	0.1813	155	0.1477	3037	99
5.0548-6.3585	0.2047	138	0.1732	3111	100
6.3585-29.957	0.1988	151	0.1555	3146	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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