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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kz5 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure Analysis of the Csn-B-bounded NUR77 Ligand binding Domain | ||||||
要素 | Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / NR4A1 / Nur77 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis ...neurotransmitter secretion involved in regulation of skeletal muscle contraction / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / regulation of type B pancreatic cell proliferation / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cell migration involved in sprouting angiogenesis / fat cell differentiation / skeletal muscle cell differentiation / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of cell cycle / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / response to electrical stimulus / positive regulation of endothelial cell proliferation / response to amphetamine / lipopolysaccharide binding / Nuclear Receptor transcription pathway / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / presynapse / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / nuclear membrane / transcription regulator complex / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / inflammatory response / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein heterodimerization activity / positive regulation of apoptotic process / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / apoptotic process / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.45 Å | ||||||
データ登録者 | Hong, W. / Chen, H. / Wu, Q. / Lin, T. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Blocking PPAR gamma interaction facilitates Nur77 interdiction of fatty acid uptake and suppresses breast cancer progression. 著者: Yang, P.B. / Hou, P.P. / Liu, F.Y. / Hong, W.B. / Chen, H.Z. / Sun, X.Y. / Li, P. / Zhang, Y. / Ju, C.Y. / Luo, L.J. / Wu, S.F. / Zhou, J.X. / Wang, Z.J. / He, J.P. / Li, L. / Zhao, T.J. / ...著者: Yang, P.B. / Hou, P.P. / Liu, F.Y. / Hong, W.B. / Chen, H.Z. / Sun, X.Y. / Li, P. / Zhang, Y. / Ju, C.Y. / Luo, L.J. / Wu, S.F. / Zhou, J.X. / Wang, Z.J. / He, J.P. / Li, L. / Zhao, T.J. / Deng, X. / Lin, T. / Wu, Q. #1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020 タイトル: Blocking PPAR gamma interaction facilitates Nur77 interdiction of fatty acid uptake and suppresses breast cancer progression 著者: Yang, P. / Hou, P. / Liu, F. / Hong, W. / Chen, H. / Sun, X. / Li, P. / Zhang, Y. / Ju, C. / Luo, L. / Wu, S. / Zhou, J. / Wang, Z. / He, J. / Li, L. / Zhao, T. / Deng, X. / Lin, T. / Wu, Q. #2: ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2012 タイトル: The orphan nuclear receptor Nur77 regulates LKB1 localization and activates AMPK. 著者: Zhan, Y.Y. / Chen, Y. / Zhang, Q. / Zhuang, J.J. / Tian, M. / Chen, H.Z. / Zhang, L.R. / Zhang, H.K. / He, J.P. / Wang, W.J. / Wu, R. / Wang, Y. / Shi, C. / Yang, K. / Li, A.Z. / Xin, Y.Z. / ...著者: Zhan, Y.Y. / Chen, Y. / Zhang, Q. / Zhuang, J.J. / Tian, M. / Chen, H.Z. / Zhang, L.R. / Zhang, H.K. / He, J.P. / Wang, W.J. / Wu, R. / Wang, Y. / Shi, C. / Yang, K. / Li, A.Z. / Xin, Y.Z. / Li, T.Y. / Yang, J.Y. / Zheng, Z.H. / Yu, C.D. / Lin, S.C. / Chang, C. / Huang, P.Q. / Lin, T. / Wu, Q. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kz5.cif.gz | 105.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kz5.ent.gz | 79.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kz5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kz5_validation.pdf.gz | 662.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kz5_full_validation.pdf.gz | 672.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6kz5_validation.xml.gz | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kz5_validation.cif.gz | 24.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kz5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kz/6kz5 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3v3eS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28745.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736 #2: 化合物 | ChemComp-E4L / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Crystals of apo-LBD was obtained at 4 degrees Celsius by hanging drop vapor diffusion. The droplets consisted of a 1:1 (v/v) mixture of LBD at 6 mg/ml, and the well solution consisted of 100 ...詳細: Crystals of apo-LBD was obtained at 4 degrees Celsius by hanging drop vapor diffusion. The droplets consisted of a 1:1 (v/v) mixture of LBD at 6 mg/ml, and the well solution consisted of 100 mM sodium citrate (pH 4.6), 22% glycerol and 5% PEG4000. Crystals appeared after 24-48 h and were ready for data collection in 7 d. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å |
検出器 | タイプ: SDMS / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9793 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 4.45→50 Å / Num. obs: 4038 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.914 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 4.514 |
反射 シェル | 解像度: 4.5→4.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 197 / CC1/2: 0.656 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3V3E 解像度: 4.45→33.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.745 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 101.17 Å2 / Biso mean: 27.911 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 4.45→33.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 4.45→4.562 Å / Rfactor Rfree error: 0
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