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- PDB-6kz5: Crystal Structure Analysis of the Csn-B-bounded NUR77 Ligand bind... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kz5
タイトルCrystal Structure Analysis of the Csn-B-bounded NUR77 Ligand binding Domain
要素Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
キーワードTRANSCRIPTION / NR4A1 / Nur77
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type B pancreatic cell proliferation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell cycle / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer ...regulation of type B pancreatic cell proliferation / cellular response to corticotropin-releasing hormone stimulus / non-canonical inflammasome complex assembly / detection of lipopolysaccharide / AKT phosphorylates targets in the nucleus / endothelial cell chemotaxis / nuclear glucocorticoid receptor binding / cell migration involved in sprouting angiogenesis / negative regulation of cell cycle / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / fat cell differentiation / positive regulation of endothelial cell proliferation / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / lipopolysaccharide binding / Nuclear Receptor transcription pathway / fibrillar center / nuclear receptor activity / sequence-specific double-stranded DNA binding / transcription regulator complex / nuclear membrane / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear speck / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / inflammatory response / protein heterodimerization activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / mitochondrion / DNA binding / DNA-templated transcription / nucleoplasm / zinc ion binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily ...Orphan nuclear receptor, HMR type / Orphan nuclear receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E4L / Nuclear receptor subfamily 4immunitygroup A member 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 4.45 Å
データ登録者Hong, W. / Chen, H. / Wu, Q. / Lin, T.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用
ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Blocking PPAR gamma interaction facilitates Nur77 interdiction of fatty acid uptake and suppresses breast cancer progression.
著者: Yang, P.B. / Hou, P.P. / Liu, F.Y. / Hong, W.B. / Chen, H.Z. / Sun, X.Y. / Li, P. / Zhang, Y. / Ju, C.Y. / Luo, L.J. / Wu, S.F. / Zhou, J.X. / Wang, Z.J. / He, J.P. / Li, L. / Zhao, T.J. / ...著者: Yang, P.B. / Hou, P.P. / Liu, F.Y. / Hong, W.B. / Chen, H.Z. / Sun, X.Y. / Li, P. / Zhang, Y. / Ju, C.Y. / Luo, L.J. / Wu, S.F. / Zhou, J.X. / Wang, Z.J. / He, J.P. / Li, L. / Zhao, T.J. / Deng, X. / Lin, T. / Wu, Q.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Blocking PPAR gamma interaction facilitates Nur77 interdiction of fatty acid uptake and suppresses breast cancer progression
著者: Yang, P. / Hou, P. / Liu, F. / Hong, W. / Chen, H. / Sun, X. / Li, P. / Zhang, Y. / Ju, C. / Luo, L. / Wu, S. / Zhou, J. / Wang, Z. / He, J. / Li, L. / Zhao, T. / Deng, X. / Lin, T. / Wu, Q.
#2: ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2012
タイトル: The orphan nuclear receptor Nur77 regulates LKB1 localization and activates AMPK.
著者: Zhan, Y.Y. / Chen, Y. / Zhang, Q. / Zhuang, J.J. / Tian, M. / Chen, H.Z. / Zhang, L.R. / Zhang, H.K. / He, J.P. / Wang, W.J. / Wu, R. / Wang, Y. / Shi, C. / Yang, K. / Li, A.Z. / Xin, Y.Z. / ...著者: Zhan, Y.Y. / Chen, Y. / Zhang, Q. / Zhuang, J.J. / Tian, M. / Chen, H.Z. / Zhang, L.R. / Zhang, H.K. / He, J.P. / Wang, W.J. / Wu, R. / Wang, Y. / Shi, C. / Yang, K. / Li, A.Z. / Xin, Y.Z. / Li, T.Y. / Yang, J.Y. / Zheng, Z.H. / Yu, C.D. / Lin, S.C. / Chang, C. / Huang, P.Q. / Lin, T. / Wu, Q.
履歴
登録2019年9月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年11月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22020年11月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
B: Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,8133
ポリマ－57,4912
非ポリマー3221
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1400 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area22370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.589, 76.099, 127.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nuclear receptor subfamily 4 group A member 1 / Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR ...Early response protein NAK1 / Nuclear hormone receptor NUR/77 / Nur77 / Orphan nuclear receptor HMR / Orphan nuclear receptor TR3 / ST-59 / Testicular receptor 3


分子量: 28745.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NR4A1, GFRP1, HMR, NAK1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22736
#2: 化合物 ChemComp-E4L / ethyl 2-[2-octanoyl-3,5-bis(oxidanyl)phenyl]ethanoate / ethyl 2-(3,5-dihydroxy-2-octanoylphenyl)acetate


分子量: 322.396 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H26O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.4 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Crystals of apo-LBD was obtained at 4 degrees Celsius by hanging drop vapor diffusion. The droplets consisted of a 1:1 (v/v) mixture of LBD at 6 mg/ml, and the well solution consisted of 100 ...詳細: Crystals of apo-LBD was obtained at 4 degrees Celsius by hanging drop vapor diffusion. The droplets consisted of a 1:1 (v/v) mixture of LBD at 6 mg/ml, and the well solution consisted of 100 mM sodium citrate (pH 4.6), 22% glycerol and 5% PEG4000. Crystals appeared after 24-48 h and were ready for data collection in 7 d.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.45→50 Å / Num. obs: 4038 / % possible obs: 91.2 % / 冗長度: 2.4 % / CC1/2: 0.914 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Net I/σ(I): 4.514
反射 シェル解像度: 4.5→4.58 Å / Rmerge(I) obs: 0.492 / Num. unique obs: 197 / CC1/2: 0.656

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3V3E

3v3e


解像度: 4.45→33.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.84 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.745 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3079 154 4.5 %RANDOM
Rwork0.2457 ---
obs0.2485 3241 70.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 101.17 Å2 / Biso mean: 27.911 Å2 / Biso min: 0.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.28 Å20 Å20 Å2
2---0.4 Å20 Å2
3----7.88 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 4.45→33.28 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3634 0 23 0 3657
Biso mean--69.45 --
残基数----465
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0133740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0110.0173635
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0491.6315066
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4341.578410
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8145463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.2421.202183
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.84115648
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3731528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2474
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.024109
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02783
LS精密化 シェル解像度: 4.45→4.562 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 3 -
Rwork0.224 168 -
obs--52.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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