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- PDB-6kxx: Human PPAR alpha ligand binding domain in complex with a syntheti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kxx
タイトルHuman PPAR alpha ligand binding domain in complex with a synthetic agonist (compound A)
要素
  • PGC1alpha
  • Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
キーワードTRANSCRIPTION / Agonist / Complex / Nuclear receptor
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / lipoprotein metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process ...Regulation of MITF-M dependent genes involved in metabolism / positive regulation of transformation of host cell by virus / regulation of fatty acid transport / enamel mineralization / negative regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / lipoprotein metabolic process / regulation of fatty acid metabolic process / positive regulation of fatty acid oxidation / cellular response to fructose stimulus / regulation of ketone metabolic process / behavioral response to nicotine / negative regulation of appetite / positive regulation of fatty acid beta-oxidation / negative regulation of hepatocyte apoptotic process / mitogen-activated protein kinase kinase kinase binding / negative regulation of leukocyte cell-cell adhesion / ubiquitin conjugating enzyme binding / negative regulation of glycolytic process / Activation of PPARGC1A (PGC-1alpha) by phosphorylation / response to muscle activity / cellular respiration / negative regulation of sequestering of triglyceride / lncRNA binding / nuclear steroid receptor activity / DNA-binding transcription activator activity / nitric oxide metabolic process / temperature homeostasis / positive regulation of fatty acid metabolic process / NFAT protein binding / positive regulation of ATP biosynthetic process / response to starvation / negative regulation of cholesterol storage / intracellular glucose homeostasis / fatty acid oxidation / response to dietary excess / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / epidermis development / phosphatase binding / adipose tissue development / FOXO-mediated transcription of oxidative stress, metabolic and neuronal genes / brown fat cell differentiation / positive regulation of lipid biosynthetic process / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / negative regulation of reactive oxygen species biosynthetic process / energy homeostasis / positive regulation of gluconeogenesis / negative regulation of signaling receptor activity / MDM2/MDM4 family protein binding / digestion / RORA activates gene expression / negative regulation of blood pressure / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / hormone-mediated signaling pathway / cellular response to starvation / RNA splicing / respiratory electron transport chain / response to nutrient / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / negative regulation of miRNA transcription / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / nuclear receptor coactivator activity / gluconeogenesis / fatty acid metabolic process / mitochondrion organization / nuclear receptor binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / transcription coregulator activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / circadian regulation of gene expression / wound healing / SUMOylation of intracellular receptors / Heme signaling / response to insulin / regulation of circadian rhythm / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / PML body / chromatin DNA binding / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator binding / negative regulation of inflammatory response / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / mRNA processing / nuclear receptor activity / Regulation of RUNX2 expression and activity / Circadian Clock / positive regulation of cold-induced thermogenesis / heart development / cellular response to oxidative stress / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / DNA-binding transcription factor binding / neuron apoptotic process
類似検索 - 分子機能
PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. ...PGC-1alpha, RNA recognition motif / PGC-1 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Zinc finger, C4 type (two domains) / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-T02 / Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / Peroxisome proliferator-activated receptor gamma coactivator 1-alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Yoshida, T. / Tachibana, K. / Oki, H. / Doi, M. / Fukuda, S. / Yuzuriha, T. / Tabata, R. / Ishimoto, K. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. ...Yoshida, T. / Tachibana, K. / Oki, H. / Doi, M. / Fukuda, S. / Yuzuriha, T. / Tabata, R. / Ishimoto, K. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Miyachi, H. / Doi, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science18H03190 日本
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Structural Basis for PPAR alpha Activation by 1H-pyrazolo-[3,4-b]pyridine Derivatives.
著者: Yoshida, T. / Oki, H. / Doi, M. / Fukuda, S. / Yuzuriha, T. / Tabata, R. / Ishimoto, K. / Kawahara, K. / Ohkubo, T. / Miyachi, H. / Doi, T. / Tachibana, K.
履歴
登録2019年9月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxisome proliferator-activated receptor alpha
B: PGC1alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,4203
ポリマ－33,0912
非ポリマー3301
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)45.060, 60.681, 100.342
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Peroxisome proliferator-activated receptor alpha / PPAR-alpha / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 1


分子量: 30684.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARA, NR1C1, PPAR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q07869
#2: タンパク質・ペプチド PGC1alpha


分子量: 2405.782 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UBK2*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-T02 / 1-(4-chlorophenyl)-6-methyl-3-propan-2-yl-pyrazolo[3,4-b]pyridine-4-carboxylic acid


分子量: 329.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H16ClN3O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 100 mM HEPES-NaOH, pH 7.4, 19-23% isopropanol, 19-23% PEG 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→45.06 Å / Num. obs: 20564 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 12.7 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 19.2 / Num. measured all: 261196 / Scaling rejects: 8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Net I/σ(I) obs% possible all
1.95-213.41.2271903514170.7562.399.3
8.94-45.069.70.04425142580.99857.997.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.16_3549精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→29.2955 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.42
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2362 1999 9.75 %
Rwork0.1879 --
obs0.1925 20511 99.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 106.87 Å2 / Biso mean: 40.9387 Å2 / Biso min: 19.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→29.2955 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2163 0 23 160 2346
Biso mean--33.69 44.1 -
残基数----274
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.95-1.99880.34011400.2707128899
1.9988-2.05280.32331390.2519129598
2.0528-2.11320.28791380.2271127798
2.1132-2.18140.30951400.2107129398
2.1814-2.25930.26921410.2088131199
2.2593-2.34970.28181400.1945130299
2.3497-2.45660.25461410.1943130099
2.4566-2.58610.25981430.1937131399
2.5861-2.7480.26221430.20991329100
2.748-2.960.23991410.208131599
2.96-3.25750.26681450.20921337100
3.2575-3.7280.251460.17971350100
3.728-4.69380.19691470.15431367100
4.6938-29.29550.18231550.1725143599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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