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- PDB-6kw7: Crystal structure of indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kw7
タイトルCrystal structure of indoleamine 2,3-dioxygenagse 1 (IDO1) in complex with compound 12
要素Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
キーワードOXIDOREDUCTASE / tryptophan catabolism / heme / iron / metal binding / kynurenine / immunity
機能・相同性
機能・相同性情報


indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process ... indoleamine 2,3-dioxygenase / positive regulation of chronic inflammatory response / indoleamine 2,3-dioxygenase activity / kynurenic acid biosynthetic process / smooth muscle contractile fiber / 'de novo' NAD+ biosynthetic process from L-tryptophan / L-tryptophan 2,3-dioxygenase activity / positive regulation of T cell tolerance induction / L-tryptophan catabolic process to kynurenine / quinolinate biosynthetic process / stereocilium bundle / positive regulation of type 2 immune response / L-tryptophan catabolic process / Tryptophan catabolism / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T cell apoptotic process / swimming behavior / negative regulation of interleukin-10 production / multicellular organismal response to stress / T cell proliferation / negative regulation of T cell proliferation / positive regulation of interleukin-12 production / female pregnancy / response to lipopolysaccharide / electron transfer activity / inflammatory response / heme binding / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 1. / Indoleamine 2,3-dioxygenase signature 2. / Tryptophan/Indoleamine 2,3-dioxygenase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
3-(4-bromophenyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazole / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.02 Å
データ登録者Peng, Y.H. / Wu, S.Y.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2020
タイトル: Unique Sulfur-Aromatic Interactions Contribute to the Binding of Potent Imidazothiazole Indoleamine 2,3-Dioxygenase Inhibitors.
著者: Peng, Y.H. / Liao, F.Y. / Tseng, C.T. / Kuppusamy, R. / Li, A.S. / Chen, C.H. / Fan, Y.S. / Wang, S.Y. / Wu, M.H. / Hsueh, C.C. / Chang, J.Y. / Lee, L.C. / Shih, C. / Shia, K.S. / Yeh, T.K. / ...著者: Peng, Y.H. / Liao, F.Y. / Tseng, C.T. / Kuppusamy, R. / Li, A.S. / Chen, C.H. / Fan, Y.S. / Wang, S.Y. / Wu, M.H. / Hsueh, C.C. / Chang, J.Y. / Lee, L.C. / Shih, C. / Shia, K.S. / Yeh, T.K. / Hung, M.S. / Kuo, C.C. / Song, J.S. / Wu, S.Y. / Ueng, S.H.
履歴
登録2019年9月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,5606
ポリマ－90,7682
非ポリマー1,7914
水1086
1
A: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2803
ポリマ－45,3841
非ポリマー8962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16020 Å2
手法PISA
2
B: Indoleamine 2,3-dioxygenase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,2803
ポリマ－45,3841
非ポリマー8962
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)85.466, 91.982, 129.158
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Indoleamine 2,3-dioxygenase 1 / IDO-1 / Indoleamine-pyrrole 2 / 3-dioxygenase


分子量: 45384.211 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IDO1, IDO, INDO / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P14902, indoleamine 2,3-dioxygenase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-DYC / 3-(4-bromophenyl)imidazo[2,1-b][1,3]thiazole


分子量: 279.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H7BrN2S
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.3 / 詳細: PEG3350, Ammonium Fluoride, MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月14日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.005→30 Å / Num. obs: 20040 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.076 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
3.02-3.135.70.49720050.8870.2240.5471.05598
3.13-3.255.70.34920020.9330.1560.3831.08398
3.25-3.45.70.23420010.9680.1050.2571.05797.4
3.4-3.585.70.17219890.980.0780.1891.09497.3
3.58-3.85.60.11319960.9910.0510.1241.02197.2
3.8-4.15.60.07420170.9960.0330.0821.09396.8
4.1-4.515.60.05920000.9970.0260.0651.0996.5
4.51-5.165.40.05519930.9980.0250.0611.09495.3
5.16-6.495.50.05220110.9980.0230.0571.09795.1
6.49-305.10.03520260.9990.0170.0391.0890.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.402
最高解像度最低解像度
Rotation29.51 Å3.31 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.16_3549精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5EK3

5ek3


解像度: 3.02→29.499 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.98
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2507 971 4.86 %
Rwork0.2044 --
obs0.2069 19995 95.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 132.73 Å2 / Biso mean: 80.4032 Å2 / Biso min: 43.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.02→29.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5896 0 116 6 6018
Biso mean--74.55 66.52 -
残基数----744
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.02-3.16320.40161420.311265495
3.1632-3.36120.33631270.2751271998
3.3612-3.62030.32091280.2604273597
3.6203-3.98380.26421520.2125270297
3.9838-4.55850.2521480.1881273497
4.5585-5.73620.20771480.1857271395
5.7362-29.4990.20591260.1724276792

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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