[日本語] English
万見
- PDB-6kue: The structure of BioZ from Agrobacterium tumefaciens -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kue
タイトルThe structure of BioZ from Agrobacterium tumefaciens
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
キーワードTRANSFERASE / Structure BioZ
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 3 / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III, C-terminal / 3-Oxoacyl-[acyl-carrier-protein (ACP)] synthase III C terminal / Thiolase-like
類似検索 - ドメイン・相同性
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
類似検索 - 構成要素
生物種Rhizobium radiobacter (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.992 Å
データ登録者Ouyang, S. / Hongxin, G. / Sitao, Z.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Biochemical and structural characterization of the BioZ enzyme engaged in bacterial biotin synthesis pathway.
著者: Zhang, S. / Xu, Y. / Guan, H. / Cui, T. / Liao, Y. / Wei, W. / Li, J. / Hassan, B.H. / Zhang, H. / Jia, X. / Ouyang, S. / Feng, Y.
履歴
登録2019年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年4月21日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,2842
ポリマ－68,2842
非ポリマー00
水7,620423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5610 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area22280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.810, 85.780, 110.480
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase III / BioZ


分子量: 34141.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium radiobacter (バクテリア)
遺伝子: SY94_3983 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: A0A0F4FMM6, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 423 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.45 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: counter-diffusion / 詳細: 0.2M Sodium nitate,20%PEG3,350.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月20日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→55.26 Å / Num. obs: 41976 / % possible obs: 99.46 % / 冗長度: 25.2 % / Biso Wilson estimate: 16.11 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.371 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.99→2.063 Å / Rmerge(I) obs: 1.114 / Num. unique obs: 4100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
xia2データスケーリング
PHENIX1.11.1_2575精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
Cootモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.992→46.443 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2285 2037 4.86 %
Rwork0.181 --
obs0.1833 41943 99.48 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 69.63 Å2 / Biso mean: 20.8793 Å2 / Biso min: 5.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.992→46.443 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4764 0 0 423 5187
Biso mean---31.28 -
残基数----654
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084830
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9436556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058776
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6912918
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9921-2.03840.26641310.20782593100
2.0384-2.08940.24851350.19492625100
2.0894-2.14590.25941310.1927260199
2.1459-2.20910.25731350.19562643100
2.2091-2.28040.26981200.18772666100
2.2804-2.36190.24811470.19322601100
2.3619-2.45640.22431270.19122686100
2.4564-2.56820.24431320.1982612100
2.5682-2.70360.23911290.18772674100
2.7036-2.8730.25831440.19112643100
2.873-3.09470.22281500.1815260098
3.0947-3.40610.19891420.17312685100
3.4061-3.89870.23041310.16412722100
3.8987-4.91110.19011370.15222745100
4.9111-39.980.20591460.1837281098
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20690.6320.54711.81030.93733.0888-0.0601-0.04140.1487-0.2032-0.0370.25990.0866-0.0057-0.04640.05350.016-0.03610.10070.04340.1352-18.298343.36654.2656
21.98231.5099-0.05862.88490.08081.3618-0.15060.15880.2653-0.47510.00070.43970.0699-0.18520.05580.1568-0.0278-0.06830.11920.02650.1484-22.13736.714843.8249
31.95520.1978-0.23361.76830.5552.3661-0.0440.08040.0707-0.04890.01870.0292-0.1560.01810.01240.0634-0.0006-0.00320.04880.0120.0841-6.030753.635158.5691
41.9728-0.404-0.88612.43740.73663.0665-0.036-0.0588-0.12330.1145-0.01220.03710.12130.01110.04490.02610.00230.00290.06250.01550.0565-3.088241.961367.5373
51.48010.73330.19671.21120.20442.0427-0.0550.1061-0.0474-0.10560.05430.05860.1230.1173-0.03380.08330.043-0.02520.0403-0.00430.1021-10.63342.347957.2763
61.76640.41630.01081.0225-0.25440.1458-0.0740.1707-0.1267-0.11220.0847-0.02280.0563-0.02970.00070.1069-0.0107-0.00370.0974-0.00360.09-6.815729.728455.7993
71.3245-0.27550.4871.93670.26051.0215-0.053-0.0395-0.0640.04960.02720.25140.1183-0.07790.02660.0628-0.01110.00570.09070.00950.1085-18.111534.685363.4397
80.93330.06250.34721.68520.39110.59510.0069-0.1551-0.0514-0.1845-0.0503-0.3991-0.2390.2652-0.06420.04550.02090.01910.0314-0.04720.184621.761441.999955.9376
93.21771.5737-0.16021.8043-0.29721.9584-0.22180.0696-0.1057-0.43370.2404-0.5283-0.17920.0567-0.00860.175-0.02490.10610.1388-0.02790.177426.368549.075444.2293
101.24190.2790.21891.1061-0.57641.8375-0.0289-0.0188-0.01990.00750.0083-0.02840.138-0.04080.02520.08430.02320.00940.0538-0.02170.099310.071332.092358.6671
111.8946-0.3093-0.03521.9691-1.12762.96290.0308-0.36980.20290.2363-0.1213-0.3134-0.1780.2560.0570.04190.0313-0.01690.0866-0.04610.11126.958343.744267.6135
120.91910.28320.8020.850.78081.2599-0.08110.25770.3234-0.27270.1979-0.0483-0.3046-0.0733-0.18950.12910.01450.05460.14240.06540.191714.751945.405349.1888
131.3093-0.05510.32491.25490.36960.1474-0.05880.25960.0971-0.20780.0509-0.0616-0.1980.0715-0.01730.1269-0.04040.04040.14820.00330.0847.644449.47453.9439
141.40070.4216-0.19382.4655-2.41442.62930.1932-0.10010.31610.15930.32070.0486-0.5796-0.3509-0.31460.11140.00340.00180.0941-0.030.172713.324861.772462.3605
151.3365-0.3218-0.04942.30270.33231.94390.0211-0.12460.18610.0602-0.0123-0.4667-0.14760.1633-0.0570.1009-0.0183-0.00420.1158-0.01490.217823.826455.441463.6272
162.2577-0.3494-0.50951.70870.10771.6555-0.0757-0.0592-0.06180.12150.0621-0.2012-0.06470.06060.05410.0653-0.0064-0.02870.0684-0.01970.133119.690247.473166.1524
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 29 )A3 - 29
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 30 through 53 )A30 - 53
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 54 through 113 )A54 - 113
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 114 through 132 )A114 - 132
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 133 through 176 )A133 - 176
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 177 through 258 )A177 - 258
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 259 through 328 )A259 - 328
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 2 through 29 )B2 - 29
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 30 through 53 )B30 - 53
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 54 through 113 )B54 - 113
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 114 through 132 )B114 - 132
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 133 through 160 )B133 - 160
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 161 through 219 )B161 - 219
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 220 through 241 )B220 - 241
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 242 through 286 )B242 - 286
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 287 through 328 )B287 - 328

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る