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- PDB-6ku1: The structure of EanB/Y353A complex with ergothioneine -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ku1
タイトルThe structure of EanB/Y353A complex with ergothioneine
要素Sulfurtransferase
キーワードTRANSFERASE / mutant / Y353A / product / ergothioneine
機能・相同性
機能・相同性情報


thiosulfate sulfurtransferase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Rhodanese C-terminal signature. / Thiosulphate sulfurtransferase, conserved site / Rhodanese Homology Domain / Rhodanese-like domain / Rhodanese domain profile. / Rhodanese-like domain superfamily / Rhodanese-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LW8 / Sulfurtransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Chlorobium limicola (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Wu, L. / Liu, P.H. / Zhou, J.H.
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2020
タイトル: Single-Step Replacement of an Unreactive C-H Bond by a C-S Bond Using Polysulfide as the Direct Sulfur Source in the Anaerobic Ergothioneine Biosynthesis
著者: Cheng, R. / Wu, L. / Lai, R. / Peng, C. / Naowarojna, N. / Hu, W. / Li, X. / Whelan, S.A. / Lee, N. / Lopez, J. / Zhao, C. / Yong, Y. / Xue, J. / Jiang, X. / Grinstaff, M.W. / Deng, Z. / ...著者: Cheng, R. / Wu, L. / Lai, R. / Peng, C. / Naowarojna, N. / Hu, W. / Li, X. / Whelan, S.A. / Lee, N. / Lopez, J. / Zhao, C. / Yong, Y. / Xue, J. / Jiang, X. / Grinstaff, M.W. / Deng, Z. / Chen, J. / Cui, Q. / Zhou, J.H. / Liu, P.
履歴
登録2019年8月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年8月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_high / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sulfurtransferase
B: Sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,30014
ポリマ－104,4762
非ポリマー82412
水6,539363
1
A: Sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6868
ポリマ－52,2381
非ポリマー4477
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17620 Å2
手法PISA
2
B: Sulfurtransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,6156
ポリマ－52,2381
非ポリマー3765
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area17890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.720, 88.000, 90.570
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.460, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Sulfurtransferase


分子量: 52238.242 Da / 分子数: 2 / 変異: Y353A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chlorobium limicola (バクテリア)
株: DSM 245 / NBRC 103803 / 6330 / 遺伝子: Clim_1149 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: B3ECE3

-
非ポリマー , 5種, 375分子

#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-LW8 / trimethyl-[(2S)-1-oxidanyl-1-oxidanylidene-3-(2-sulfanylidene-1,3-dihydroimidazol-4-yl)propan-2-yl]azanium / (S)-1-カルボキシ-N,N,N-トリメチル-2-(2-メルカプト-1H-イミダゾ-ル-4-イル)エタンアミニウム


分子量: 230.307 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 363 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.64 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M MOPS/HEPES-Na pH7.5, 0.02 M of each alcohol, 12.5%PEG1000, 12.5%PEG3350, 12.5%MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年1月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 46803 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.129 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 1.02 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4266 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
PHENIX1.12精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KTX

6ktx


解像度: 2.25→36.854 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2142 2362 5.06 %
Rwork0.1697 --
obs0.172 46699 99.81 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→36.854 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6814 0 46 363 7223
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.296 Å /
Rfactor%反射
Rfree0.2736 -
Rwork0.2376 -
obs-100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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